Locus 1773

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,062,037 – 5,062,231
Length 194
Max. P 0.997657
window2744 window2745 window2746 window2747

overview

Window 4

Location 5,062,037 – 5,062,151
Length 114
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.30
Mean single sequence MFE -36.98
Consensus MFE -33.12
Energy contribution -33.24
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.81
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.69
SVM RNA-class probability 0.972054
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5062037 114 + 23771897
UUUUGACUCUCGAUCCCUGGCCGCUUGCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUU
....((.(((((((.(((((((....(((....)))......)))..................((((....)))).(((.((((--...))))))).)))).))))))).)).... ( -35.10)
>DroSec_CAF1 268500 114 + 1
UUUUGACUCUUGAUCCCCGGCCGCUUUCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUU
((((((.((((((..(((((..((((.(((..((((.(((((....))))).)))).......((((....)))).....))))--))))))))..)))))).))))))....... ( -33.00)
>DroSim_CAF1 289808 114 + 1
UUUUGACUCUCGAUCCCCGGCCGCUUCCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUU
((((((.((((((..(((((..(((.((((..((((.(((((....))))).)))).......((((....)))).....))))--))))))))..)))))).))))))....... ( -37.90)
>DroEre_CAF1 275341 114 + 1
UUUUGACUCUCGAUCCCCGGCCGCUUGCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGGCUCGGGAAUCGGGAUACGCUU
((((((.((((((.((((((..(((((((....)))....((((((.....))).........((((....)))).....))))--))))))))).)))))).))))))....... ( -39.40)
>DroYak_CAF1 279097 116 + 1
UUUUGACUCUCGAUCCCCGGCCGCUUGCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGGAGAGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUU
....((.(((((((.(((((((....(((....)))......)))..................((((....)))).(((.((((.....))))))).)))).))))))).)).... ( -39.50)
>consensus
UUUUGACUCUCGAUCCCCGGCCGCUUGCAGAAAUGCUAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG__AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUU
....((.(((((((.(((((......(((((..(((.((((..(((.....)))....)))).)))....))))).(((.((((.....)))))))))))).))))))).)).... (-33.12 = -33.24 +   0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 5,062,037 – 5,062,151
Length 114
Sequences 5
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.30
Mean single sequence MFE -34.70
Consensus MFE -33.04
Energy contribution -33.48
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.95
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.960124
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5062037 114 - 23771897
AAGCGAAUCCCGAUUCCCGAGUCCCGGACU--CCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGCAAGCGGCCAGGGAUCGAGAGUCAAAA
...........(((((.(((.((((((...--((.((....))....(((((((((....((((.(((((....))))).))))))).)))))))))).))))))).))))).... ( -31.40)
>DroSec_CAF1 268500 114 - 1
AAGCGAAUCCCGAUUCCCGAGUCCCGGACU--CCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGAAAGCGGCCGGGGAUCAAGAGUCAAAA
...........(((((..((..(((((...--((.((..(((.(((((((.((((((((.....))))).)))......))))))))))...)))))))))..))..))))).... ( -30.70)
>DroSim_CAF1 289808 114 - 1
AAGCGAAUCCCGAUUCCCGAGUCCCGGACU--CCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGGAAGCGGCCGGGGAUCGAGAGUCAAAA
....((.((.(((((((((.(((.(....(--((((.....((((....)))).......((((.(((((....))))).))))..))))).).)))))))))))).)).)).... ( -35.70)
>DroEre_CAF1 275341 114 - 1
AAGCGUAUCCCGAUUCCCGAGCCCCGGACU--CCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGCAAGCGGCCGGGGAUCGAGAGUCAAAA
...........(((((.(((.((((((...--((.((....))....(((((((((....((((.(((((....))))).))))))).)))))))))))))).))).))))).... ( -37.70)
>DroYak_CAF1 279097 116 - 1
AAGCGAAUCCCGAUUCCCGAGUCCCGGACUCUCCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGCAAGCGGCCGGGGAUCGAGAGUCAAAA
....((.((.(((((((((.((((.((.....)).).))).((....(((((((((....((((.(((((....))))).))))))).)))))).))))))))))).)).)).... ( -38.00)
>consensus
AAGCGAAUCCCGAUUCCCGAGUCCCGGACU__CCAGUGACAGCAAAUGUUUGCGAAUUUUAUGCGAAUUACGCCUAAUUAGCAUUUCUGCAAGCGGCCGGGGAUCGAGAGUCAAAA
....((.((.(((((((((.(((..((.....)).((..(((.(((((((.((((((((.....))))).)))......))))))))))...)))))))))))))).)).)).... (-33.04 = -33.48 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 5,062,073 – 5,062,191
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.46
Mean single sequence MFE -42.34
Consensus MFE -36.82
Energy contribution -37.10
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.42
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 2.73
SVM RNA-class probability 0.996647
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5062073 118 + 23771897
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCG
.......(((.....))).........((((....)))).......((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).))))))). ( -46.30)
>DroSec_CAF1 268536 118 + 1
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCG
.......(((.....))).........((((....)))).......((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).))))))). ( -46.30)
>DroSim_CAF1 289844 118 + 1
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCG
.......(((.....))).........((((....)))).......((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).))))))). ( -46.30)
>DroEre_CAF1 275377 115 + 1
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG--AGUCCGGGGCUCGGGAAUCGGGAUACGCUUGG---CAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGAGCUCCG
.......(((.....))).........((((....)))).......((--((..(((((((((..((((((((...(((...---.....)))))))))))..)))))))).)..)))). ( -36.10)
>DroYak_CAF1 279133 117 + 1
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGGAGAGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGG---CAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUUCAGGGCUCCG
...(((((((.....))).........((((....)))).....)))).(((((((..(((((..((((((((...(((...---.....)))))))))))..)))))..).)))))).. ( -36.70)
>consensus
UAAUUAGGCGUAAUUCGCAUAAAAUUCGCAAACAUUUGCUGUCACUGG__AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCG
.......(((.....))).........((((....)))).......((..(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).))))))). (-36.82 = -37.10 +   0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 5,062,113 – 5,062,231
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.99
Mean single sequence MFE -49.20
Consensus MFE -40.22
Energy contribution -40.50
Covariance contribution 0.28
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.88
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 2.90
SVM RNA-class probability 0.997657
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5062113 118 + 23771897
GUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCGGGAUGCCAAUCUGGCCAAUCUGGCCUAUCAACGGCUCAUC
(((.((((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).))))))))))))(((.....((((.....)))).......)))..... ( -56.70)
>DroSec_CAF1 268576 109 + 1
GUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCGGGAUGCCAAU---------CUGGCCUAUCAACGGCUCAUC
(((.((((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).)))))))))((((((...---------..)))..)))...)))..... ( -51.30)
>DroSim_CAF1 289884 109 + 1
GUCACUGG--AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCGGGAUGCCAAU---------CUGGCCUAUCAACGGCUCAUC
(((.((((--(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).)))))))))((((((...---------..)))..)))...)))..... ( -51.30)
>DroEre_CAF1 275417 115 + 1
GUCACUGG--AGUCCGGGGCUCGGGAAUCGGGAUACGCUUGG---CAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGAGCUCCGGGAUGCCAAUCUGGCCAAUCUGGCCUAUCAACGGCUCAUC
(((.((((--((..(((((((((..((((((((...(((...---.....)))))))))))..)))))))).)..)))))))))(((.....((((.....)))).......)))..... ( -46.50)
>DroYak_CAF1 279173 117 + 1
GUCACUGGAGAGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGG---CAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUUCAGGGCUCCGGCAUGCCAAUCUGACCAAUCUGGCCUAUCAAAGGCUCAUC
((((...(.(((((((..(((((..((((((((...(((...---.....)))))))))))..)))))..).)))))))((....))....))))......(((((.....))))).... ( -40.20)
>consensus
GUCACUGG__AGUCCGGGACUCGGGAAUCGGGAUUCGCUUGGCGGCAGUCAGCUUUUGAUUUACGAGUUCCAGGGCUCCGGGAUGCCAAUCUG_CCAAUCUGGCCUAUCAACGGCUCAUC
(((.((((..(((((((((((((..((((((((...(((.(((....))))))))))))))..)))))))).)))))))))...((((............))))........)))..... (-40.22 = -40.50 +   0.28)

alignment

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secondary structure

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