Locus 1764

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	5,055,540 – 5,055,763
Length	223
Max. P	0.925688

overview

Window 5

Location	5,055,540 – 5,055,643
Length	103
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.33
Mean single sequence MFE	-32.42
Consensus MFE	-29.02
Energy contribution	-28.54
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.25
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.03
SVM RNA-class probability	0.547159
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5055540 103 - 23771897
G---CUGG-------------GUGUGUUAUAUGUUUGCAGGAGGUAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
(---(.((-------------(((.((((...(((.(((((.((((...(((((........))))).((((((....))))))..))))))))).)))...)))))))))..)).... ( -30.60)
>DroSec_CAF1 262015 103 - 1
G---CUGG-------------GUGUGCUAUAUGUUUGCAGGAGGCAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
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>DroSim_CAF1 283325 103 - 1
G---CUGG-------------GUGUGCUAUAUGUUUGCAGGAGGCAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
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>DroEre_CAF1 268805 118 - 1
GGUGCUGGGUGGUGCUGGGUGGUGUG-UGUGUGUUUGCAGGAGACAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
((..((....))..))((((((...(-.(((.(((.((((..((((((((((((........))))).((((((....)))))).....)))))))..)))).))))))).)))))).. ( -37.20)
>DroYak_CAF1 272410 110 - 1
GGUGCUGUAUG----U-----GUGUGUUGUGUGUUUGCGGGCGGCAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
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>consensus
G___CUGG_____________GUGUGCUAUAUGUUUGCAGGAGGCAGGGGUCAUGAGUUACUGUGGCGACAAACACAUGUUUGUAAUAUCCCUGUUGAUUGUUGACUGCCUUCGCUUUU
.......................(((......(((.((((..((((((((((((........))))).((((((....)))))).....)))))))..)))).)))......))).... (-29.02 = -28.54 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,055,643 – 5,055,763
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.06
Mean single sequence MFE	-33.66
Consensus MFE	-27.76
Energy contribution	-28.88
Covariance contribution	1.12
Combinations/Pair	1.02
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.17
SVM RNA-class probability	0.925688
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5055643 120 - 23771897
AACAUUUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGGGGUCACAGGCAAAAAUGAAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUUGACAAAUGUGGAGGUGGC
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>DroSec_CAF1 262118 120 - 1
AACAUUUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGGGGUCACAGGCAAAAAUGGAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUGUGUGUGUGCGUGGGUAUUGACAAAUGUGGAGGUGGC
.((((((((((((((((((((((.(((((((((......)))))))))....))).))))))...)))))))(((((.((((..(....)..))))....)))))))))))......... ( -35.70)
>DroSim_CAF1 283428 120 - 1
AACAUUUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGGGGUCACAGGCAAAAAUGGAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUGUGUGUGUGCGUGGGUAUUGACAAAUGUGGAGGUGGC
.((((((((((((((((((((((.(((((((((......)))))))))....))).))))))...)))))))(((((.((((..(....)..))))....)))))))))))......... ( -35.70)
>DroEre_CAF1 268923 116 - 1
AACAUUUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGAGGUCACAGGCAAAAACGGAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUAUGUGUGU----GGGUAUUGACAAAUGUGAAGGUGGU
.(((((((((((((((((((....(((((((((......))))))))).))))).((....)).))))))))(((((.(((.(((....))----).))))))))))))))......... ( -34.00)
>DroYak_CAF1 272520 114 - 1
AAAAUGUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGAGGUCACAGGCUAAAAUGGAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUAUGUAUGU------GUAUUGACAAAUGUGGAGGUGGU
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>consensus
AACAUUUUUGGUGUUUUUCGCUUGUUUUGCUUGGGGUCACAGGCAAAAAUGGAGGACGGAAGUGGGCGCCAAGUCAAAUAUGUGUGUGUGUG_GUGGGUAUUGACAAAUGUGGAGGUGGC
.((((((((((((((((((((((.(((((((((......)))))))))....))).))))))...)))))))(((((.(((.(..(......)..).))))))))))))))......... (-27.76 = -28.88 +   1.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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