Locus 1761

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	5,053,517 – 5,053,626
Length	109
Max. P	0.999717

overview

Window 0

Location	5,053,517 – 5,053,626
Length	109
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.11
Mean single sequence MFE	-38.88
Consensus MFE	-32.96
Energy contribution	-33.76
Covariance contribution	0.80
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.71
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	3.94
SVM RNA-class probability	0.999717
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5053517 109 + 23771897
CUUGGCCUGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGC---AGCAAUGCAACAAAGCCGUCCACUC-GGCCACC-----AAGCCC
(((((..((((.((.((.(((((((((((((((.....))))))))))...(((......)))..))))).---)))).)))).....((((......)-)))..))-----)))... ( -34.50)
>DroSec_CAF1 260016 110 + 1
CUUGGCCUGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGC---AGCAGUGCAACAAAGCCGUCCACUCUGGGCACC-----AAGCCC
(((((..(((((((.((.(((((((((((((((.....))))))))))...(((......)))..))))).---)))))))))........((((.....)))).))-----)))... ( -39.80)
>DroSim_CAF1 281302 110 + 1
CUUGGCCUGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGC---AGCAGUGCAACAAAGCCGUCCACUCUGGGCACC-----AAGCCC
(((((..(((((((.((.(((((((((((((((.....))))))))))...(((......)))..))))).---)))))))))........((((.....)))).))-----)))... ( -39.80)
>DroEre_CAF1 266737 115 + 1
CUUGGCCCGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGC---AGCAGUGCAACAAAGCCGGCCACUCUGGGCUCUGUGCUCCGUGC
..(((((.((...(((....(..((((((((((.....))))))))))..).)))....((((.((((...---.)))))))).....)).)))))....((((.....)).)).... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 270038 113 + 1
CUUGGCCUGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGCAGCAGCAGUGCAACAAAGCCGUCCACUCUGGGCACC-----CAGCCC
...(((.(((((((.((.((((.((((((((((.....))))))))))...........(((....))))))).)))))))))........((((.....))))...-----..))). ( -40.70)
>consensus
CUUGGCCUGCACUGACUCUUGCAGCAUAAUAACAAGAAGUUAUUGUGCCUCUGUCCACAUGCAACUGCAGC___AGCAGUGCAACAAAGCCGUCCACUCUGGGCACC_____AAGCCC
...(((.(((((((.((...((.((((((((((.....))))))))))...........(((....)))))...))))))))).....)))((((.....)))).............. (-32.96 = -33.76 +   0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,053,517 – 5,053,626
Length	109
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.11
Mean single sequence MFE	-41.54
Consensus MFE	-33.64
Energy contribution	-33.92
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.09
SVM RNA-class probability	0.913528
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5053517 109 - 23771897
GGGCUU-----GGUGGCC-GAGUGGACGGCUUUGUUGCAUUGCU---GCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCAGGCCAAG
...(((-----(((((((-(......)))))...((((((((((---..(((((((((.((....))...))).((((((.....))))))..))))))..)).)))))))))))))) ( -39.90)
>DroSec_CAF1 260016 110 - 1
GGGCUU-----GGUGCCCAGAGUGGACGGCUUUGUUGCACUGCU---GCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCAGGCCAAG
((((..-----...)))).........((((....(((((((((---..(((((((((.((....))...))).((((((.....))))))..))))))..)).)))))))))))... ( -41.60)
>DroSim_CAF1 281302 110 - 1
GGGCUU-----GGUGCCCAGAGUGGACGGCUUUGUUGCACUGCU---GCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCAGGCCAAG
((((..-----...)))).........((((....(((((((((---..(((((((((.((....))...))).((((((.....))))))..))))))..)).)))))))))))... ( -41.60)
>DroEre_CAF1 266737 115 - 1
GCACGGAGCACAGAGCCCAGAGUGGCCGGCUUUGUUGCACUGCU---GCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCGGGCCAAG
....((.((.....))))....(((((.((.((.((((.((((.---.((((....))).)..).))).((((.((((((.....)))))).)))))))).)).....)).))))).. ( -41.70)
>DroYak_CAF1 270038 113 - 1
GGGCUG-----GGUGCCCAGAGUGGACGGCUUUGUUGCACUGCUGCUGCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCAGGCCAAG
((((..-----...)))).........((((....(((((((((((..((((....))).)..).))).((((.((((((.....)))))).))))........)))))))))))... ( -42.90)
>consensus
GGGCUU_____GGUGCCCAGAGUGGACGGCUUUGUUGCACUGCU___GCUGCAGUUGCAUGUGGACAGAGGCACAAUAACUUCUUGUUAUUAUGCUGCAAGAGUCAGUGCAGGCCAAG
((((..........)))).........((((....(((((((((.....(((((((((.((....))...))).((((((.....))))))..))))))..)).)))))))))))... (-33.64 = -33.92 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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