Locus 1750

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 5,043,957 – 5,044,055
Length 98
Max. P 0.721708
window2703

overview

Window 3

Location 5,043,957 – 5,044,055
Length 98
Sequences 5
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.51
Mean single sequence MFE -27.85
Consensus MFE -25.92
Energy contribution -26.12
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.19
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.40
SVM RNA-class probability 0.721708
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 5043957 98 + 23771897
AAAAAUGUGCCAUGGCCAUGGGAGGUGGGUCAGCCACAAAACGCUCUCAACUGCGUGCCAAAGAUUUAUUGUGGUGAUUUAUUUACCGCCCACCGUUC
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>DroSec_CAF1 250481 98 + 1
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......((((..(((...(((.((((((((((.((((((.((((........))))............)))))))))))))))).))).)))..)))) ( -28.12)
>DroSim_CAF1 271399 98 + 1
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......((((..(((...(((.((((((((((.((((((.((((........))))............)))))))))))))))).))).)))..)))) ( -28.12)
>DroEre_CAF1 253932 98 + 1
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..............((...(((.(((((....(((((((.((((........))))............)))))))..........)))))))).)).. ( -25.66)
>DroYak_CAF1 260351 98 + 1
AAAAAUGUGCUAAGGCCAUGGGAGGUGGGUCAGCCACAAAACGCUCUCAACUGCGUGCCAAAGAUUUAUUGUGGUGAUUUAUUUACCGCCCCCUCUUC
....(((.((....)))))(((.(((((((((.((((((.((((........))))............)))))))))).......))))))))..... ( -28.73)
>consensus
AAAAAUGUGCUAUGGCCAUGGGAGGUGGGUCAGCCACAAAACGCUCUCAACUGCGUGCCAAAGAUUUAUUGUGGUGAUUUAUUUACCGCCCACUGUAC
....(((.((....)))))(((.(((((((..(((((((.((((........))))............))))))).....))))))).)))....... (-25.92 = -26.12 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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