Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,825,057 – 4,825,168 |
Length | 111 |
Max. P | 0.532738 |
Location | 4,825,057 – 4,825,168 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 5 |
Columns | 115 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.78 |
Mean single sequence MFE | -28.51 |
Consensus MFE | -23.20 |
Energy contribution | -23.88 |
Covariance contribution | 0.68 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.37 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | -0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.532738 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4825057 111 - 23771897 CGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC .(((((.....(((((((((((((((..(((((....----..)))))..))))))..))))))))))))))(((((.......)))))....((((....)))).......... ( -29.30) >DroSec_CAF1 52727 111 - 1 UCUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC ((((((.....(((((((((((((((..(((((....----..)))))..))))))..)))))))))............))))))((((.(..((((....))))...).)))). ( -29.13) >DroSim_CAF1 55177 115 - 1 UCUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAAGCAAGCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC ((((((.....(((((((((((((((..(((((((.....)).)))))..))))))..)))))))))............))))))((((.(..((((....))))...).)))). ( -30.03) >DroEre_CAF1 53828 111 - 1 UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAGUUGAGUGCCUGAACAAUUUGGAGUAAGUACCAGUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUGCCC .....................(((((.((((((((((----(..(((...(((((..(((...(((........))).)))...)))))..)))..)))).))).)))).))))) ( -26.80) >DroYak_CAF1 53667 111 - 1 UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA----GCAUUUGAGUGCUCGAACAAUUUGGAGUAAGUACCAGUGUCAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC ...........(((((((((.(((((..(((((....----..)))))..)))))...)))))))))....((((.((((((((((((......))))).))))))))))).... ( -27.30) >consensus UGUUAUUAUUAUUCAAAUUGGGGGCAAGCGGGUCUAA____GCAUUUGAGUGCCCCAACAAUUUGGAGUAACUACCUAUGUGAGAGGUAAAAACAUUUUAUGAUGCUGUAUACCC ...((((((..(((((((((((((((..((((((.......).)))))..))))))..)))))))))((...(((((.......)))))...)).....)))))).......... (-23.20 = -23.88 + 0.68)
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