Locus 1652

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	4,772,600 – 4,772,800
Length	200
Max. P	0.999324

overview

Window 7

Location	4,772,600 – 4,772,720
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.83
Mean single sequence MFE	-49.62
Consensus MFE	-45.12
Energy contribution	-45.20
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.80
SVM RNA-class probability	0.997139
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4772600 120 + 23771897
GGAGGAAAAGUACGGCAGGGAUCUGCAGAUCAUACUGGAGGAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCUGCGAUCUUCCUGAAUACGGAAGAUCU
..............(((((((.((((........((((..((((.((((((((.......))))).)))...))))..))))..)))).)))))))((((((((.......)))))))). ( -50.70)
>DroSec_CAF1 35357 120 + 1
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...(((((.((...((...((((....))))...((((..((((.((((((((.......))))).)))...))))..))))..)).)))))))..((((((((.......)))))))). ( -50.10)
>DroSim_CAF1 34296 120 + 1
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...(((((.((...((...((((....))))...((((..((((.((((((((.......))))).)))...))))..))))..)).)))))))..((((((((.......)))))))). ( -50.10)
>DroEre_CAF1 24651 120 + 1
GGAGGAGAAGUACGGCAGGGAUCUGCAGAUCAUACUGGAGGAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCU
...(((((.((...((...((((....))))...((((..((((.((((((((.......))))).)))...))))..))))..)).)))))))..((((((((.......)))))))). ( -50.10)
>DroYak_CAF1 31853 120 + 1
GGAGGAGAAGUACGGCAGGGAUCUGCAGAUCAUACUGGAGGAGUUCUGCCACCCAAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCU
...(((((.((...((...((((....))))...((((..((((.((((((((.......))))).)))...))))..))))..)).)))))))..((((((((.......)))))))). ( -50.10)
>DroAna_CAF1 25593 120 + 1
GGAGGAAAAGUACGGACGGGACUUGCAGAUCAUUCUCGAGGAAUUCUGCCACCCGAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAAGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCU
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>consensus
GGAGGAGAAGUACGGCAGGGAUCUGCAGAUCAUACUGGAGGAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCU
(((((........(((((((.(((.(((......))).)))..))))))).......(((((...)))))((((((......)))))).)))))..((((((((.......)))))))). (-45.12 = -45.20 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	4,772,600 – 4,772,720
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.83
Mean single sequence MFE	-47.67
Consensus MFE	-44.55
Energy contribution	-44.30
Covariance contribution	-0.25
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.23
SVM RNA-class probability	0.990794
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4772600 120 - 23771897
AGAUCUUCCGUAUUCAGGAAGAUCGCAGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUCCUCCAGUAUGAUCUGCAGAUCCCUGCCGUACUUUUCCUCC
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>DroSec_CAF1 35357 120 - 1
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.((((((((.......))))))))..(((((((..((((..((((.((......)))))).....))))..))...........((((((....((((....)))))))))))))))... ( -47.80)
>DroSim_CAF1 34296 120 - 1
AGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUCCUCCAGUAUGAUCUGUAGAUCCCUGCCGUACUUCUCCUCC
.((((((((.......))))))))..(((((((..((((..((((.((......)))))).....))))..))...........((((((....((((....)))))))))))))))... ( -47.80)
>DroEre_CAF1 24651 120 - 1
AGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUCCUCCAGUAUGAUCUGCAGAUCCCUGCCGUACUUCUCCUCC
.((((((((.......))))))))..(((((((..((((..((((.((......)))))).....))))..))...........((((((....((((....)))))))))))))))... ( -49.80)
>DroYak_CAF1 31853 120 - 1
AGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUUGGGUGGCAGAACUCCUCCAGUAUGAUCUGCAGAUCCCUGCCGUACUUCUCCUCC
.((((((((.......))))))))..(((((.((((((......))))))....((((((.......))))))...........((((((....((((....)))))))))))))))... ( -48.70)
>DroAna_CAF1 25593 120 - 1
AGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCUUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUCGGGUGGCAGAAUUCCUCGAGAAUGAUCUGCAAGUCCCGUCCGUACUUUUCCUCC
.((((((((.......))))))))(((((...((((((......))))))((.((...)).))..((((..(((((((((.....))))..)))))....)))))))))........... ( -46.40)
>consensus
AGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUCCUCCAGUAUGAUCUGCAGAUCCCUGCCGUACUUCUCCUCC
.((((((((.......))))))))..((((((.(((....(((...((((..((((((((.......))))))...(((.....))).))..))))....)))....))).))))))... (-44.55 = -44.30 +  -0.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,772,640 – 4,772,760
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.22
Mean single sequence MFE	-50.22
Consensus MFE	-47.78
Energy contribution	-47.95
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.13
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.51
SVM RNA-class probability	0.999324
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4772640 120 + 23771897
GAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCUGCGAUCUUCCUGAAUACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGCAUGCGCGAC
..((((.((((........))))(((((((((((((......)))))).((((.((((((((((.......)))))))).))..))))..........)))))))))))((....))... ( -50.10)
>DroSec_CAF1 35397 120 + 1
GAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGUAUGCGCGAC
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>DroSim_CAF1 34336 120 + 1
GAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGUAUGCGCGAC
.......((((((.......))))))((((((((((......)))))(.((((.((((((((((.......)))))))).))..)))).)...........))))).(((....)))... ( -49.00)
>DroEre_CAF1 24691 120 + 1
GAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUAGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGCAUGCGCGAC
..((((.((((........))))(((((((((((((......))))))((((..((((((((((.......)))))))).)).))))...........)))))))))))((....))... ( -49.40)
>DroYak_CAF1 31893 120 + 1
GAGUUCUGCCACCCAAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGCAUGCGCGAC
..((((.((((........))))(((((((((((((......)))))).((((.((((((((((.......)))))))).))..))))..........)))))))))))((....))... ( -49.90)
>DroAna_CAF1 25633 120 + 1
GAAUUCUGCCACCCGAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAAGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGGAUGCGGGAC
...........((((...(((.((((((((((((((......)))))).((((.((((((((((.......)))))))).))..))))..........))))))))..)))...)))).. ( -53.90)
>consensus
GAGUUCUGCCACCCCAUGCUGGUGGCCGGCCUGCUCACCCAGGAGCAGCUCUCCGCGAUCUUCCUGAACACGGAAGAUCUGCUCGAGAACAACCAGACGCUGGCCGAGCGCAUGCGCGAC
.......((((((.......))))))((((((((((......)))))(.((((.((((((((((.......)))))))).))..)))).)...........))))).(((....)))... (-47.78 = -47.95 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,772,640 – 4,772,760
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.22
Mean single sequence MFE	-56.17
Consensus MFE	-53.65
Energy contribution	-53.82
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.03
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	3.39
SVM RNA-class probability	0.999129
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4772640 120 - 23771897
GUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUAUUCAGGAAGAUCGCAGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUC
(((((.((((((((((.((((.(...(((.((((((..((.((((((((.......)))))))))).)))))).)))))))).))))).((....))....)))).).)))))....... ( -56.50)
>DroSec_CAF1 35397 120 - 1
GUCGCGCAUACGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUC
..((.((....(((((.((((.(...(((.((((((..((.((((((((.......)))))))))).)))))).)))))))).)))))..))))((((((.......))))))....... ( -55.50)
>DroSim_CAF1 34336 120 - 1
GUCGCGCAUACGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUC
..((.((....(((((.((((.(...(((.((((((..((.((((((((.......)))))))))).)))))).)))))))).)))))..))))((((((.......))))))....... ( -55.50)
>DroEre_CAF1 24691 120 - 1
GUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCUAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUC
(((((.((((((((((.((((.(...(((.(((((((.((.((((((((.......))))))))))))))))).)))))))).))))).((....))....)))).).)))))....... ( -57.20)
>DroYak_CAF1 31893 120 - 1
GUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUUGGGUGGCAGAACUC
(((((.(((((....((((.(.(((((.(..(((..((((((.(((.(((((.((.....)).)))))))).))))))..)))..).))))))))))....))).)).)))))....... ( -57.20)
>DroAna_CAF1 25633 120 - 1
GUCCCGCAUCCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCUUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUCGGGUGGCAGAAUUC
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>consensus
GUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCUGGGUGAGCAGGCCGGCCACCAGCAUGGGGUGGCAGAACUC
...(((....))).(((((...........((((((..((.((((((((.......)))))))))).))))))(((((......))))))))))((((((.......))))))....... (-53.65 = -53.82 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	4,772,680 – 4,772,800
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.94
Mean single sequence MFE	-54.35
Consensus MFE	-50.63
Energy contribution	-51.30
Covariance contribution	0.67
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.00
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.81
SVM RNA-class probability	0.997178
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4772680 120 - 23771897
GCAGGUCGUCGUCGCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUAUUCAGGAAGAUCGCAGAGAGCUGCUCCU
((((.((((((.(((((((...((......))..))))))).)).)).(((((((((((((...)))))......))))).((((((((.......)))))))))))..)).)))).... ( -54.90)
>DroSec_CAF1 35437 120 - 1
GCAGGUCGUCGUCGCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUACGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCU
((((.((....((((..(((((..((((((...(((((((((((.((....)).))))..)).))))).)))))).)))))((((((((.......)))))))))))).)).)))).... ( -55.20)
>DroSim_CAF1 34376 120 - 1
GCAGGUCGUCAUCUCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUACGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCU
((.(((((.(((.((((((...)))))).))).)..((((((.......)))))))))).))....(((.((((((..((.((((((((.......)))))))))).)))))).)))... ( -52.50)
>DroEre_CAF1 24731 120 - 1
GCAGGUCGUCGUCGCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCUAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCU
((.(((((..(.(((((((...((......))..))))))).)(((....))).))))).))....(((.(((((((.((.((((((((.......))))))))))))))))).)))... ( -54.60)
>DroYak_CAF1 31933 120 - 1
GCAGGUCGUCGUCGCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCU
((((.((....((((..(((((..((((((...(((((((((((.((....)).))))..)).))))).)))))).)))))((((((((.......)))))))))))).)).)))).... ( -55.20)
>DroAna_CAF1 25673 120 - 1
GCAGGUCGUCGUCCCCCUGCUCCAGGGACAUAUCCAGGGCGUCCCGCAUCCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCUU
((((.(((.((((((((((...))))).........))))).)((((....((((((((((...)))))......))))).((((((((.......)))))))))))).)).)))).... ( -53.70)
>consensus
GCAGGUCGUCGUCGCCCUGCUCCAGGGACAUGUCCAGGGCGUCGCGCAUGCGCUCGGCCAGCGUCUGGUUGUUCUCGAGCAGAUCUUCCGUGUUCAGGAAGAUCGCGGAGAGCUGCUCCU
((((.((..(((.....(((((..((((((...(((((((((((.((....)).))))..)).))))).)))))).)))))((((((((.......)))))))))))..)).)))).... (-50.63 = -51.30 +   0.67)

alignment

secondary structure

dotplot

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