Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,771,695 – 4,771,815 |
Length | 120 |
Max. P | 0.999960 |
Location | 4,771,695 – 4,771,815 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.56 |
Mean single sequence MFE | -48.55 |
Consensus MFE | -46.03 |
Energy contribution | -46.95 |
Covariance contribution | 0.92 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -3.13 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 4.90 |
SVM RNA-class probability | 0.999960 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4771695 120 + 23771897 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUUGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA ....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... ( -50.70) >DroSec_CAF1 34452 120 + 1 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAUUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA ....((((((((((((.....((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))..))))((((((....))))))))))))))...... ( -52.90) >DroSim_CAF1 33391 120 + 1 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAUUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA ....((((((((((((.....((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))..))))((((((....))))))))))))))...... ( -52.90) >DroEre_CAF1 23746 120 + 1 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGUUGGUGGCAAUGAGUCCGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAG ....((((((((.((..((((((((..((((.((....((....))....))))))..(((....))))))))))).((((((((((.......))))))))))))))))))))...... ( -47.30) >DroYak_CAF1 30948 120 + 1 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA ....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... ( -52.70) >DroAna_CAF1 24688 120 + 1 AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCCGCACACAACUACGAGCUGUUCGAUUUUGAUUCCGGAGCCAAUGGCAACGAGUCUGACUGUUACCAGAGCUGCUCGAGCGAA ..((((((((((.(((((((.((((...(((((((....))...(((...((((...))))...))).....)))))...))))...))).))))(((....))).)))))))...))). ( -34.80) >consensus AAUCGGGGCAGCAUCAGUUCCGCCAACAGCUUCGCCUCUGCCCACAACUACGAGCUCUUCGAUUUCGAUGGCGGAGCUGGUGGCAAUGAGUCUGAUUGCUAUCAGAGCUGCUCCAGCGAA ....((((((((.........((((.((((((((((...((.(........).))...(((....))).)))))))))).))))......((((((....))))))))))))))...... (-46.03 = -46.95 + 0.92)
Location | 4,771,695 – 4,771,815 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.56 |
Mean single sequence MFE | -47.77 |
Consensus MFE | -43.71 |
Energy contribution | -44.05 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.38 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 3.12 |
SVM RNA-class probability | 0.998508 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4771695 120 - 23771897 UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCAAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....))))))....((((((.(((((..(((.(((....)))...(((((......)))))...)))..))))).)))))).......)))))))))).. ( -47.00) >DroSec_CAF1 34452 120 - 1 UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGAAUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....))))))((((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...)))))))))))))).. ( -51.80) >DroSim_CAF1 33391 120 - 1 UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGAAUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....))))))((((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...)))))))))))))).. ( -51.80) >DroEre_CAF1 23746 120 - 1 CUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCGGACUCAUUGCCACCAACUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....))))))...........((..((((((((((....)))..(((((((..(((....)))..))).))))..)))))))..))..)))))))))).. ( -43.00) >DroYak_CAF1 30948 120 - 1 UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....))))))....((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).)))))).......)))))))))).. ( -50.20) >DroAna_CAF1 24688 120 - 1 UUCGCUCGAGCAGCUCUGGUAACAGUCAGACUCGUUGCCAUUGGCUCCGGAAUCAAAAUCGAACAGCUCGUAGUUGUGUGCGGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .....((((((((((.(((((((((.....)).)))))))(((.(((((.(..(((...(((.....)))...)))..).))))).))))))))))(((((........))))).))).. ( -42.80) >consensus UUCGCUGGAGCAGCUCUGAUAGCAAUCAGACUCAUUGCCACCAGCUCCGCCAUCGAAAUCGAAGAGCUCGUAGUUGUGGGCAGAGGCGAAGCUGUUGGCGGAACUGAUGCUGCCCCGAUU .(((..((.(((((((((((....)))))).(((((((((.(((((.((((.(((....)))...(((((......)))))...)))).))))).))))))...))).)))))))))).. (-43.71 = -44.05 + 0.34)
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