Locus 1649

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,771,501 – 4,771,621
Length 120
Max. P 0.927557
window2553

overview

Window 3

Location 4,771,501 – 4,771,621
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.56
Mean single sequence MFE -48.41
Consensus MFE -43.74
Energy contribution -44.52
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.927557
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4771501 120 - 23771897
GCGAGGCGCUGAUCAGGCGAUUCAUGUCGUCAUGGUCUUUGGUGCCGCUCAUGUCGAUUCCCCUGCGGGCUUGCUGUAGUCUCUGCAGUGAGUUCUCAAUAAGUUCCGCCACAGUCUCGG
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>DroSec_CAF1 34258 120 - 1
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>DroSim_CAF1 33197 120 - 1
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>DroEre_CAF1 23552 120 - 1
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>DroYak_CAF1 30754 120 - 1
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>DroAna_CAF1 24488 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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