Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,761,844 – 4,761,958 |
Length | 114 |
Max. P | 0.884045 |
Location | 4,761,844 – 4,761,958 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.80 |
Mean single sequence MFE | -40.67 |
Consensus MFE | -36.24 |
Energy contribution | -36.10 |
Covariance contribution | -0.14 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 0.93 |
SVM RNA-class probability | 0.884045 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4761844 114 - 23771897 ------ACGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC ------.....(((.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).).....((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..)))))))).)).. ( -38.60) >DroSec_CAF1 24625 114 - 1 ------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC ------(((....(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).).....((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..))))))))))).. ( -40.30) >DroSim_CAF1 21944 114 - 1 ------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC ------(((....(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).).....((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..))))))))))).. ( -40.30) >DroEre_CAF1 13839 114 - 1 ------CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGGCGACGUGAACGCGC ------......(((((((.....(((.(((......))))))....(((((((((......)))..))))))......(((((.....)))))....)))))))(((.((....))))) ( -40.50) >DroYak_CAF1 20765 114 - 1 ------CCGGGCCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGGCGACGUGAACGCGC ------.(((((((.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).)....(((((.(((.(((((((...)))))..))....))).)))))))))))(((.((....))))) ( -45.10) >DroAna_CAF1 14660 120 - 1 UGGCAAGCAGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAGCGAGC ..((..((.....(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).)......(((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..)))))))))..)) ( -39.20) >consensus ______CCGGACCGGGCUAAAUUACGAUGCAUUUAAUUGCUCGGAUUUGGUGCACAGAUUUAUGUCCGCGCCACUAAGUGGCCUGCUUAAGGCUUAAAUGGCCCGACGACGUGAACGGGC .............(.((((((((.(((.(((......)))))))))))))).)...(.((((((((((.((((......(((((.....)))))....)))).))..))))))))).... (-36.24 = -36.10 + -0.14)
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