Locus 1589

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,648,150 – 4,648,256
Length 106
Max. P 0.824933
window2464

overview

Window 4

Location 4,648,150 – 4,648,256
Length 106
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.34
Mean single sequence MFE -30.71
Consensus MFE -23.01
Energy contribution -25.85
Covariance contribution 2.84
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.84
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.824933
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4648150 106 + 23771897
AAUUUGUGGACUU-AGCAAUUUGUGGCG-------------AUGUGUUUGUGUUUGGGUUAAGCAAACUAAAACACAGACACCAAAUUGCUGGGGUUUAUCGAGUGUGACUUAUUAACGA
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>DroSec_CAF1 20574 106 + 1
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>DroSim_CAF1 21149 106 + 1
AAUUUGUGGACUU-AGCAAUUUGUGGCG-------------AUGUGUUUGUGUUUGGGUUAAGCAAACUAAAACACAGACACCAAAUUGCUUGGGUUUAUCGAGUGUGACUUAUUAACGA
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>DroEre_CAF1 20796 106 + 1
AAUUUGUGGACUU-AGCAAUUUGUGGCG-------------AUGUGUUUGUGUUUGGGCUAAGCAAACUAAAACACAGACACCAAAUUUCUUGGGUUUAUCGAGUGUGACUUAUUAACGA
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>DroYak_CAF1 24035 106 + 1
AAUUUGUGGACUU-AGCAAUUUGUGGCG-------------AUGUGUUUGUGUUUGGGUUAAGCAAACUAAAACACAGACAGCAAAUUGCUUGGGUUUAUUGAGUGUGACUUAUUAACAA
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>DroAna_CAF1 20730 107 + 1
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>consensus
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alignment

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