Locus 1587

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,647,203 – 4,647,358
Length 155
Max. P 0.979649
window2459 window2460 window2461

overview

Window 9

Location 4,647,203 – 4,647,318
Length 115
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.51
Mean single sequence MFE -45.08
Consensus MFE -19.49
Energy contribution -18.92
Covariance contribution -0.57
Combinations/Pair 1.57
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.43
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.507038
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4647203 115 - 23771897
AAGUGGUGCUGGAGUUUGUGCGUAUGGCCACCCACAACGAUGUAGGAUGCCAUCGGUUUGUGCGAAUAUUCUCCAAUCUCUGGAUGGAGGCUGAACUUGUACCGGCUGUUCAUGA
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>DroVir_CAF1 34591 115 - 1
AGGUGGUGCUGGAAUUUGUACGCCUGGCCAUCGACAACAAUGUCGAGGCGCACAAAUUCCCGCGCAUCUUUCCUGAUCUGUGGAUGGAGGGCGAGCUGUUGCCGCAAUCACGCGA
..(((((((.(((((((((.((((......((((((....)))))))))).))))))))).))((.(((.(((........))).))).(((((....))))))).))))).... ( -46.60)
>DroPse_CAF1 24687 115 - 1
AAGUGGUGCUGGAAUUGGUGCGCCUUGCCACCUACAACGAUGUGCGGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCGCUGAACUUUGGAUGGAGGGUGAGCUGGUCCUCGGCUCGAGCGA
.....((((.((((((((((.(((((((((.(......).)).))))))))))))))))).))))....(((((..(((((......)))))((((((.....)))))).))))) ( -52.60)
>DroEre_CAF1 19851 115 - 1
AAGUGGUGCUGCAAUUCGUGCGUAUGGCCACCCACAACGAUGUAGAAUGCCAUCGUUUUCUGCGCAUAUUUUCCAAUCUGUGGAUGGAGGGCGAACUUGUCCCGGUGGGCGAUGA
..((.((((.(((.....))))))).))(.(((((...(.(((((((.((....)).))))))))......((((.((....))))))(((((....)))))..))))).).... ( -32.70)
>DroMoj_CAF1 29928 115 - 1
AAGUUGUGCUGGAAUUUGUGCGCCUGGCCACCGAGAACGAUGUCAAGGCGCACAAAUUCCCGCACAUCUUCCCGGACCUCUGGCUGGAGGGUCAGCUAAUGCCGCAAUCGAAAGA
(((.(((((.((((((((((((((((((...((....))..))).))))))))))))))).))))).)))..(((.....(((((((....)))))))...)))...((....)) ( -51.60)
>DroPer_CAF1 24859 115 - 1
AAGUGGUGCUGGAAUUGGUGCGCCUUGCCACCUACAACGAUGUGCGGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCGCUGAACUUUGGAUGGAGGGUGAGCUGGUCCUCGGCUCGAGCGA
.....((((.((((((((((.(((((((((.(......).)).))))))))))))))))).))))....(((((..(((((......)))))((((((.....)))))).))))) ( -52.60)
>consensus
AAGUGGUGCUGGAAUUUGUGCGCCUGGCCACCCACAACGAUGUAGAGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCCCUGAUCUCUGGAUGGAGGGUGAGCUGGUCCCGGAAUCGAACGA
.(((.((((.((((((((((.((((...((.(......).))....)))))))))))))).))))........((..((((....))))..)).))).................. (-19.49 = -18.92 +  -0.57)

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 4,647,241 – 4,647,358
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.15
Mean single sequence MFE -45.42
Consensus MFE -16.54
Energy contribution -18.18
Covariance contribution 1.64
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.34
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.572358
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4647241 117 + 23771897
AUUGGAGAAUAUUCGCACAAACCGAUGGCAUCCUACAUCGUUGUGGGUGGCCAUACGCACAAACUCCAGCACCACUUCCGGACUCAGUUCCGUGUAGAGUUGUAGGAGUAAUCUGCC
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>DroVir_CAF1 34629 117 + 1
AUCAGGAAAGAUGCGCGGGAAUUUGUGCGCCUCGACAUUGUUGUCGAUGGCCAGGCGUACAAAUUCCAGCACCACCUCCGGACUGACCUCUGUGUAGAGCUGAAUGCAGAUGCGGCC
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>DroPse_CAF1 24725 117 + 1
UUCAGCGAAGAUGCGCAGGAAUCGGUGGCCCCGCACAUCGUUGUAGGUGGCAAGGCGCACCAAUUCCAGCACCACUUCCGGACUGACCUCCGUGUACAGCUGAAUGACGAUCCGGCC
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>DroEre_CAF1 19889 117 + 1
AUUGGAAAAUAUGCGCAGAAAACGAUGGCAUUCUACAUCGUUGUGGGUGGCCAUACGCACGAAUUGCAGCACCACUUCCGGACUGAGUUCCGUGUAGAGCUGCAGCAGUAAUCUGCC
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>DroMoj_CAF1 29966 117 + 1
GUCCGGGAAGAUGUGCGGGAAUUUGUGCGCCUUGACAUCGUUCUCGGUGGCCAGGCGCACAAAUUCCAGCACAACUUCCGGACUGACCUCGGUGUACAGCUGAAUGCAAAUGCGGCC
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>DroPer_CAF1 24897 117 + 1
UUCAGCGAAGAUGCGCAGGAAUCGGUGGCCCCGCACAUCGUUGUAGGUGGCAAGGCGCACCAAUUCCAGCACCACUUCCGGACUGACCUCCGUGUACAGCUGAAUGGCGAUCCGGCC
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>consensus
AUCAGAGAAGAUGCGCAGGAAUCGGUGGCCCCCCACAUCGUUGUAGGUGGCCAGGCGCACAAAUUCCAGCACCACUUCCGGACUGACCUCCGUGUACAGCUGAAUGAAGAUCCGGCC
...........(((((.........(((((.((((((....)))))).))))).))))).......((((...((...((((......)))).))...))))............... (-16.54 = -18.18 +   1.64)

alignment

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Window 1

Location 4,647,241 – 4,647,358
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.15
Mean single sequence MFE -48.37
Consensus MFE -21.93
Energy contribution -22.30
Covariance contribution 0.37
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.89
Structure conservation index 0.45
SVM decision value 1.84
SVM RNA-class probability 0.979649
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4647241 117 - 23771897
GGCAGAUUACUCCUACAACUCUACACGGAACUGAGUCCGGAAGUGGUGCUGGAGUUUGUGCGUAUGGCCACCCACAACGAUGUAGGAUGCCAUCGGUUUGUGCGAAUAUUCUCCAAU
((.(((..(((((..((...((((.((((......))))...))))))..)))))(((..((.(((((..((.(((....))).))..))))).....))..)))....)))))... ( -32.30)
>DroVir_CAF1 34629 117 - 1
GGCCGCAUCUGCAUUCAGCUCUACACAGAGGUCAGUCCGGAGGUGGUGCUGGAAUUUGUACGCCUGGCCAUCGACAACAAUGUCGAGGCGCACAAAUUCCCGCGCAUCUUUCCUGAU
((((((....)).......(((....))))))).(((.(((((..((((.(((((((((.((((......((((((....)))))))))).))))))))).))))...))))).))) ( -45.60)
>DroPse_CAF1 24725 117 - 1
GGCCGGAUCGUCAUUCAGCUGUACACGGAGGUCAGUCCGGAAGUGGUGCUGGAAUUGGUGCGCCUUGCCACCUACAACGAUGUGCGGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCGCUGAA
(((......))).((((((......((((......))))((((..((((.((((((((((.(((((((((.(......).)).))))))))))))))))).))))..)))))))))) ( -54.70)
>DroEre_CAF1 19889 117 - 1
GGCAGAUUACUGCUGCAGCUCUACACGGAACUCAGUCCGGAAGUGGUGCUGCAAUUCGUGCGUAUGGCCACCCACAACGAUGUAGAAUGCCAUCGUUUUCUGCGCAUAUUUUCCAAU
(((((....)))))(((((.((((.((((......))))...)))).))))).....((((((((((....))).(((((((........)))))))...))))))).......... ( -41.20)
>DroMoj_CAF1 29966 117 - 1
GGCCGCAUUUGCAUUCAGCUGUACACCGAGGUCAGUCCGGAAGUUGUGCUGGAAUUUGUGCGCCUGGCCACCGAGAACGAUGUCAAGGCGCACAAAUUCCCGCACAUCUUCCCGGAC
((((.....((((......))))......)))).(((((((((.(((((.((((((((((((((((((...((....))..))).))))))))))))))).))))).))).)))))) ( -59.00)
>DroPer_CAF1 24897 117 - 1
GGCCGGAUCGCCAUUCAGCUGUACACGGAGGUCAGUCCGGAAGUGGUGCUGGAAUUGGUGCGCCUUGCCACCUACAACGAUGUGCGGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCGCUGAA
(((......))).((((((......((((......))))((((..((((.((((((((((.(((((((((.(......).)).))))))))))))))))).))))..)))))))))) ( -57.40)
>consensus
GGCCGAAUCCUCAUUCAGCUCUACACGGAGGUCAGUCCGGAAGUGGUGCUGGAAUUUGUGCGCCUGGCCACCCACAACGAUGUAGAGGGCCACCGAUUCCUGCGCAUCUUCCCUGAU
.........................((((......))))((((..((((.((((((((((.((((...((.(......).))....)))))))))))))).))))..))))...... (-21.93 = -22.30 +   0.37)

alignment

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