Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,640,394 – 4,640,514 |
Length | 120 |
Max. P | 0.585200 |
Location | 4,640,394 – 4,640,514 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.06 |
Mean single sequence MFE | -38.63 |
Consensus MFE | -26.15 |
Energy contribution | -25.72 |
Covariance contribution | -0.44 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -1.88 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.585200 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4640394 120 + 23771897 CAGUUCCAACUGAGCCCGGUAGCAGUCGUACUUGAUGUACUGAGUGCAGUACAGUGAAUGUGAGAUAAGUUCCUGCAGCAUGUGGGGUGAAAAUUCCCUAUAUCUGAUGUUGAAGCUGAA (((((.((((.((((......(((.((((((.....)))).)).)))..((((.....))))......))))...(((.((((((((........)))))))))))..)))).))))).. ( -37.20) >DroVir_CAF1 26019 120 + 1 CAGCUCCAGCUGGGCGCGAUAGCAAUCAUAUUUGAUGUACUGUGUGCAGUAGAGCGAGUGCGAGAUCAGCUCCUGCAGCAUGUGCGGGGAGAACUCUCGGUAGCGAAUGUUGAAGCUGAA (((((.((((....((((((....))).((((((.(.(((((....))))).).))))))(((((....((((((((.....))).)))))...)))))...)))...)))).))))).. ( -42.80) >DroGri_CAF1 15764 120 + 1 CAAUUCUAGCUGGGCGCGAUAACAAUCGUAUUUGAUGUACUGUGUGCAGUAGAGCGAAUGCGAGAUCAGCUCCUGCAACAUGUGCGGCGAGAACUCCCUGUAGCGUAUGUUGAAACUGAA ...(((.(((...(((((((.....(((((((((.(.(((((....))))).).))))))))).)))..((((((((.....))))).)))...........))))..))))))...... ( -37.60) >DroWil_CAF1 14315 120 + 1 CAGUUCCAAUUGAGCGCGAUAGCAAUCAUAUUUGAUGUACUGAGUGCAGUACAACGAGUGUGAUAUAAGCUCCUGUAGCAUGUGUGGCGAGAAUUCUCGAUAGCGUAUAUUGAAGCUAAA .((((.((((.((((((....)).((((((((((.(((((((....))))))).))))))))))....)))).......((((....((((....))))...))))..)))).))))... ( -39.70) >DroMoj_CAF1 20218 120 + 1 CAGUUCCAGCUGGGCGCGAUAGCAAUCGUAUUUGAUGUACUGUGUACAGUAGAGCGAAUGUGAUAUGAGCUCCUGCAGCAUAUGCGGUGAGAAUUCUCUGUAGCGUAUGUUGAAACUGAA (((((.(((..((((((....)).((((((((((.(.(((((....))))).).))))))))))....)))))))((((((((((...(((....)))....)))))))))).))))).. ( -42.50) >DroAna_CAF1 12458 120 + 1 GAGCUCCAAUUGGGCCCGAUAGCAGUCGUACUUAAUGUACUGCGUGCAAUACAGUGAGUGCGAAAUAAGUUCCUGCAGCAUGUGAGGUGAGAAUUCUCGGUAGCGGAUAUUGAAACUGAA ..(((((......(((..(((((..(((((((((.((((.((....)).)))).))))))))).....((....)).)).)))..)))(((....))))).)))................ ( -32.00) >consensus CAGUUCCAACUGGGCGCGAUAGCAAUCGUAUUUGAUGUACUGUGUGCAGUACAGCGAAUGCGAGAUAAGCUCCUGCAGCAUGUGCGGUGAGAAUUCUCGGUAGCGUAUGUUGAAACUGAA (((((.((((....(((........(((((((((.(.(((((....))))).).)))))))))......((((((((.....))))).)))...........)))...)))).))))).. (-26.15 = -25.72 + -0.44)
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