Locus 1565

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	4,567,478 – 4,567,638
Length	160
Max. P	0.981852

overview

Window 8

Location	4,567,478 – 4,567,598
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.67
Mean single sequence MFE	-34.87
Consensus MFE	-31.58
Energy contribution	-31.63
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	1.90
SVM RNA-class probability	0.981852
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4567478 120 + 23771897
GGGUAUCAAAUGCGACCGUCUCUAUCGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGGCUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(((((((..(((((((((((((.........(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........)))))).........))))...)))...))))))..))))))). ( -37.77)
>DroPse_CAF1 159651 120 + 1
GCGUAUCAAAUGCAACGGUCUCUAUAGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(.(((((..((((((((((..((((.(.(..(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........))))))...).).))))..)).))....))))))..))))).). ( -33.60)
>DroSim_CAF1 144646 120 + 1
GGGUAUCAAAUGCUACCGUCUCUAUCGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGGCUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(((((((..((((..(((((((.........(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........)))))).........))))...))).....))))..))))))). ( -35.77)
>DroWil_CAF1 128836 120 + 1
GCGUAUCAAAUGCAACGGUCUCUAUAGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(.(((((..((((((((((..((((.(.(..(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........))))))...).).))))..)).))....))))))..))))).). ( -33.60)
>DroAna_CAF1 147203 120 + 1
GCGUAUCAAAUGCAACGGUCUCUAUAGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGGCUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(.(((((..((((((((((..((((.(.(..(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........))))))...).).))))..)).))....))))))..))))).). ( -34.90)
>DroPer_CAF1 161027 120 + 1
GCGUAUCAAAUGCAACGGUCUCUAUAGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
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>consensus
GCGUAUCAAAUGCAACGGUCUCUAUAGCGAACGUGGAGAAUGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCA
(.(((((..((((((..((((((((.(.(..(((((((((((.....)))))(.((((....))))).........))))))...).).))))).....)))..))))))..))))).). (-31.58 = -31.63 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,567,518 – 4,567,638
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.44
Mean single sequence MFE	-35.22
Consensus MFE	-35.12
Energy contribution	-35.12
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.15
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	1.78
SVM RNA-class probability	0.976681
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4567518 120 + 23771897
UGCUCACCAUUCGACCAGGCUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCAGCGAGCGUAUGACGAUUUCCGGCACAAUGCAGGUGAGUUC
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>DroVir_CAF1 167598 119 + 1
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>DroGri_CAF1 164329 120 + 1
UGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCAGCGAGCGUAUGACGAUUUCCGGCACCAUGCAGGUGAGUUC
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>DroWil_CAF1 128876 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 200728 120 + 1
UGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCAGCGAGCGUAUGACGAUUUCCGGCACCAUGCAGGUGAGUAC
((((((((.((((.((((....))))...(((....))).))))........((((.(((.(((.(((.((((...))))....))).))).))).)))).((.....)).)))))))). ( -35.90)
>DroPer_CAF1 161067 120 + 1
UGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCAGCGAGCGUAUGACGAUUUCCGGCACAAUGCAGGUGAGUUC
.(((((((.((((.((((....))))...(((....))).))))........((((.(((.(((.(((.((((...))))....))).))).))).)))).((.....)).))))))).. ( -34.70)
>consensus
UGCUCACCAUUCGACCAGACUACUGGCACAGACUACUCUACGAAACACAAUGGGAACUCGGCAUUUGCAUGAGAUACUCAGCGAGCGUAUGACGAUUUCCGGCACAAUGCAGGUGAGUUC
.(((((((.((((.((((....))))...(((....))).))))........((((.(((.(((.(((.((((...))))....))).))).))).)))).((.....)).))))))).. (-35.12 = -35.12 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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