Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,415,903 – 4,416,023 |
Length | 120 |
Max. P | 0.813180 |
Location | 4,415,903 – 4,416,023 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.96 |
Mean single sequence MFE | -38.02 |
Consensus MFE | -33.10 |
Energy contribution | -32.02 |
Covariance contribution | -1.08 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -1.72 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.66 |
SVM RNA-class probability | 0.813180 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4415903 120 + 23771897 AAUGAGAAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUACCAGCUGCAGUGGGAUGAGGCCGACUACGGCGGCAUCGGGGUGUUGCGUCUGCCCCCCGAC ..(((......))).......(((((((((((......)))))))))))((((....)))).((((((((.((......)).)))...))))).((((((.((.......)).)))))). ( -40.20) >DroVir_CAF1 1 116 + 1 ----AGAAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGCUACGUUUGGUUUGGUACGACUAUCAGCUGCAAUGGGAUGAGGCUGACUACGGCGGCAUCGGGGUGCUCCGUCUGCCCCCGGAU ----.............(((.(((((((((((......))))))))))).)))......((((((.((......)).))))))...(((.((((.((((....))))..)))).)))... ( -38.40) >DroGri_CAF1 1 114 + 1 ------AAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUAUCAGCUGCAAUGGGAUGAGGCUGACUACGGCGGCAUUGGGGUGCUACGUCUGCCCCCGGAU ------...........(((.(((((((((((......))))))))))).))).........(((((..(((...........)))..))))).((((((.((.......)))))))).. ( -35.80) >DroWil_CAF1 1 114 + 1 ------AAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUAUCAGCUACAAUGGGAUGAGGCUGAUUACGGCGGCAUUGGUGUACUACGACUGCCGCCCGAU ------...........(((.(((((((((((......))))))))))).)))((...(((((((.((......)).)))))))...((((((((((........))).))))))))).. ( -39.60) >DroYak_CAF1 1 112 + 1 --------AAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUACCAGCUGCAGUGGGAUGAGGCCGACUACGGCGGCAUCGGGGUGUUGCGUCUGCCCCCCGAC --------.............(((((((((((......)))))))))))((((....)))).((((((((.((......)).)))...))))).((((((.((.......)).)))))). ( -39.40) >DroMoj_CAF1 1 114 + 1 ------AAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUAUCAGCUGCAAUGGGAUGAGGCUGACUACGGCGGAAUCGGGGUGUUGCGACUGCCCCCGGAU ------.....((....(((.(((((((((((......))))))))))).)))((.((.((((((.((......)).))))))....)))))).((((((.((.......)))))))).. ( -34.70) >consensus ______AAAAAUCAAAUUAUGAAAUCAAACGUUUGGUUACGUUUGGUUUGGUACGACUAUCAGCUGCAAUGGGAUGAGGCUGACUACGGCGGCAUCGGGGUGCUGCGUCUGCCCCCCGAU .................(((.(((((((((((......))))))))))).)))...((((........))))((((..((((....))))..))))((((.((.......)))))).... (-33.10 = -32.02 + -1.08)
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