Locus 1516

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,357,727 – 4,357,834
Length 107
Max. P 0.985766
window2359

overview

Window 9

Location 4,357,727 – 4,357,834
Length 107
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.09
Mean single sequence MFE -38.98
Consensus MFE -32.54
Energy contribution -32.98
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.10
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.02
SVM RNA-class probability 0.985766
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4357727 107 + 23771897
CUGGGAAAUGCCCUGAAUAUUU-UGCGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
..((...(((.((....(((((-((......))))))).(((((((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))))))))).)))...)) ( -41.10)
>DroSec_CAF1 8407 107 + 1
CUGCGAAAUGCCCUGAAUAUUU-UGCGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
.........(((.....(((((-((......))))))).(((((((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))))))))))........ ( -40.40)
>DroSim_CAF1 8392 107 + 1
CUGCGAAAUGCCCUGAAUAUUU-UGCGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGUCAUAAACC
..((((((((.......)))))-)))(.((.........(((((((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))))))))).)....... ( -39.90)
>DroEre_CAF1 8453 107 + 1
CUGGGAAAUGCCCUGAAUAUUU-UGUGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCAGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
..((...(((.((....(((((-((......))))))).((((((((.(((((..((((((((((....)))))..)))))..)).))))))))))))).)))...)) ( -36.50)
>DroYak_CAF1 8540 107 + 1
CUAGGAAAUGCCCUGAAUAUUU-UGCGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
.........(((.....(((((-((......))))))).(((((((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))))))))))........ ( -40.40)
>DroAna_CAF1 5587 108 + 1
CUAUGAAAUGUGCUGAAUAUUUUUUCGUCCUAAAAUGUAAUGCCGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
.......(((.(((..(((((((........))))))).(((.(((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))).)))))))))..... ( -35.60)
>consensus
CUGGGAAAUGCCCUGAAUAUUU_UGCGUCCUCAAAAUAAAUGACGGCGGGGGGUGCGUGAUUGGGCCAACUUAAAUUCACGUGCUACCCGCUGUUAUGGCCAUAAACC
.........(((.....(((((.((......))))))).(((((((((((..(..((((((((((....)))))..)))))..)..))))))))))))))........ (-32.54 = -32.98 +   0.45)

alignment

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secondary structure

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