Locus 1461

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,237,696 – 4,237,810
Length 114
Max. P 0.887215
window2273 window2274

overview

Window 3

Location 4,237,696 – 4,237,810
Length 114
Sequences 5
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.61
Mean single sequence MFE -26.72
Consensus MFE -24.82
Energy contribution -24.90
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.95
SVM RNA-class probability 0.887215
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4237696 114 + 23771897
UUGCGUUUUUCAGAUGACUCUGUACCCAGUCUAUCUAAAUUUCUGGUUUUCAGAUACUAGAAUAUGCGUGCAAUUUGCGGAUUUGGACAGAUUUUGGACCCGAAAAAAAACUAA
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>DroSec_CAF1 6662 114 + 1
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>DroSim_CAF1 6702 114 + 1
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...(((((((((((....)))).(((((((((.((((((((((((((........))))))...((((.......)))))))))))).))))..)))))......))))))).. ( -28.80)
>DroEre_CAF1 6843 114 + 1
UUUCGUUUUUCAGCUGACUCUGUGUCCAGUCUAUCUAAAUUUCUGGUCUUUAGAUACUAGAAUAUGCGUGCAAUUUGCGGAUUUGGACAGAUUUUGGACCCGAAAAAAAACUAA
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>DroYak_CAF1 6718 114 + 1
UUGCGUUUUUCAGCUGACUCUGUGUCCAAUCUAUUUAAAUUUCUGGUCUUCAGAUACUAGAAUAUGCGUAGAAUUUGCGGAUUUGGACAGAUUUUGGACCCGAAAAAAAACUAA
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>consensus
UUGCGUUUUUCAGAUGACUCUGUGUCCAGUCUAUCUAAAUUUCUGGUCUUCAGAUACUAGAAUAUGCGUGCAAUUUGCGGAUUUGGACAGAUUUUGGACCCGAAAAAAAACUAA
....(((((((((......))).(((((((((.((((((((((((((........))))))...((((.......)))))))))))).))))..)))))......))))))... (-24.82 = -24.90 +   0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 4,237,696 – 4,237,810
Length 114
Sequences 5
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.61
Mean single sequence MFE -24.49
Consensus MFE -20.18
Energy contribution -20.26
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.796246
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4237696 114 - 23771897
UUAGUUUUUUUUCGGGUCCAAAAUCUGUCCAAAUCCGCAAAUUGCACGCAUAUUCUAGUAUCUGAAAACCAGAAAUUUAGAUAGACUGGGUACAGAGUCAUCUGAAAAACGCAA
...((..((((((((((......(((((((...((.((.....))........(((((..((((.....))))...)))))..))...)).)))))...)))))))))).)).. ( -24.60)
>DroSec_CAF1 6662 114 - 1
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>DroSim_CAF1 6702 114 - 1
UUAGUUUUUUUUCGGGUCCAAAAUCUGUCCAAAUCCGCAAAUUGCACGCAUAUUCUAGUAUCUGAAGACCAGAAAUUUAGAUAGACUGGACACAGAGUCAUCUGAAAAACUCAA
..(((((((......(((((...((((((.((((..((.....))...............((((.....)))).)))).)))))).))))).((((....)))))))))))... ( -25.50)
>DroEre_CAF1 6843 114 - 1
UUAGUUUUUUUUCGGGUCCAAAAUCUGUCCAAAUCCGCAAAUUGCACGCAUAUUCUAGUAUCUAAAGACCAGAAAUUUAGAUAGACUGGACACAGAGUCAGCUGAAAAACGAAA
((((((....(((..(((((...((((((.((((..((.....)).......((((.((........)).)))))))).)))))).)))))...)))..))))))......... ( -23.00)
>DroYak_CAF1 6718 114 - 1
UUAGUUUUUUUUCGGGUCCAAAAUCUGUCCAAAUCCGCAAAUUCUACGCAUAUUCUAGUAUCUGAAGACCAGAAAUUUAAAUAGAUUGGACACAGAGUCAGCUGAAAAACGCAA
...((..((((((((.(........(((((((.((.((.........)).((((..(((.((((.....)))).)))..))))))))))))).......).)))))))).)).. ( -21.16)
>consensus
UUAGUUUUUUUUCGGGUCCAAAAUCUGUCCAAAUCCGCAAAUUGCACGCAUAUUCUAGUAUCUGAAGACCAGAAAUUUAGAUAGACUGGACACAGAGUCAUCUGAAAAACGCAA
...((((((......(((((...((((((.((((..((.........))...........((((.....)))).)))).)))))).))))).(((......))))))))).... (-20.18 = -20.26 +   0.08)

alignment

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secondary structure

Postscript

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