| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,088,373 – 4,088,478 |
| Length | 105 |
| Max. P | 0.549543 |
| Location | 4,088,373 – 4,088,478 |
|---|---|
| Length | 105 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.29 |
| Mean single sequence MFE | -51.43 |
| Consensus MFE | -32.38 |
| Energy contribution | -32.80 |
| Covariance contribution | 0.42 |
| Combinations/Pair | 1.35 |
| Mean z-score | -1.48 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.549543 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 4088373 105 - 23771897 GCUAGCAUAGCCAGUGGA------GUUGUGCUUCCAGGUGCCCGUGGGCGAGCUGAUGGGUGUUCCCGGAGCAGUGGCUGCCCGUCGG---------GUAUACGGUGAAGCCGGAGCGCA ((.(((((((((....).------))))))))(((..(((((((((((((.((((.((((....))))...))))...)))))).)))---------))))..((.....)))))..)). ( -48.10) >DroSec_CAF1 32398 114 - 1 GCUAACAUAGCCAGUGGA------GUUGUGCUUCCAGGUGCCAGUGGGCGAGCUGAUGGGUGUUCCCGGAGCAGUGGCUGCCCGUCGGGGUGUGGUGGCAUACGGUGAAGCCGGAGCGCA ((((...))))..(((..------..((((((.(((..(.((..((((((.((((.((((....))))...))))...))))))..)).)..))).))))))(((.....)))...))). ( -45.50) >DroEre_CAF1 33286 114 - 1 GCUGGCAUAGCCAGUGGA------GUUGUGCUUCCAGGUGCCCGUGGGCGAGCUGAUGGGUGUUCCUGGAGCGGUGGCCGCCCUUCGGGGAGUGGUCGCAUACGGUGAAGCUGGAGCGCA ((((((...))))))...------..((((((((((((.((((((.((....)).))))))...))))))...((((((.(((....)))...))))))...(((.....))).)))))) ( -55.30) >DroYak_CAF1 33851 114 - 1 GCUGGCAUAACCAGUGGA------GUUGUGCUUCCAGGUGCCCGUAGGCGAACUGAUGGGUGUUCCUGGAGCGGUGGCUGCCCUCCGGGGAGUGGUCGCAUACGGUGAGGCUGGAGCGCA (((((.....)))))...------..((((((.((((.(.((((((.(((((((....))).(((((((((.(((....))))))))))))....)))).))))).).).)))))))))) ( -52.40) >DroMoj_CAF1 37500 120 - 1 GGCGACGUAGCCAUUGUGGCUGUUGUUGUGCCACCAGGUGCCAGUGGGCGAGCUGAUAGGUGUGCCUGGUGCAGUGGUCGCUCGCCGGGGCGUCGUUGCAUACGGCGAUACUGGAGCGCA ((((((..((((.....))))))))))((((..((((((.((.((((((((((((.((((....))))...))))..)))))))).)).))(((((((....))))))).)))).)))). ( -56.50) >DroAna_CAF1 29822 114 - 1 ACUGGUGUAGCCGGUGGA------GCUGUGCUUCCAGGUGCCUGUCGGCGAGCUUAUAGGUGUACCCGGAGCAGUGGCUGCCCUCCGCGGAGUGGUGGCAUAGGGCGAAGCUGGCGCAUA ....((((.((((((...------(((.((((.((.(((((((((.((....)).))))))..))).))))))...((..(((((....))).))..))....)))...)))))))))). ( -50.80) >consensus GCUGGCAUAGCCAGUGGA______GUUGUGCUUCCAGGUGCCCGUGGGCGAGCUGAUGGGUGUUCCCGGAGCAGUGGCUGCCCGCCGGGGAGUGGUCGCAUACGGUGAAGCUGGAGCGCA .(((((...(((................(((.(((.((.((((((.((....)).))))))...)).))))))(((((..(((((....))).))..)).))))))...)))))...... (-32.38 = -32.80 + 0.42)
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