Locus 140

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 429,018 – 429,114
Length 96
Max. P 0.725061
window198

overview

Window 8

Location 429,018 – 429,114
Length 96
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.79
Mean single sequence MFE -41.18
Consensus MFE -25.26
Energy contribution -24.65
Covariance contribution -0.61
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725061
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 429018 96 + 23771897
UGGCUUGCAGCUGGGCAGGAGCUCGUGCGUGUGGCUCCGGGUCAGCAGCUGUGGGGUCGAGGGCUGGUGCUCCAGCCAUUCCUAAAAAUGC-AUUGA--
.((((..(((((((((.((((((((....)).))))))..)))..))))))..).)))(((((((((....)))))).)))..........-.....-- ( -40.20)
>DroVir_CAF1 34386 90 + 1
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....((((.(---(((---(((.....)))))(((((.((((((...((((((....)).))))))))))..)))))...)).))))....-.....-- ( -37.10)
>DroPse_CAF1 61955 99 + 1
GGGCUUGCAUCCAGGCAGUAGUUCAUGGGUGUGGCUGCGCGUCAGCAGCUGUGGUGUGGAUGGUUGGUGCUCCAGCCACUCCUGGAAGGCGCAAAAGAG
(.((((...((((((.(((.(((((((...(..(((((......)))))..)..)))))))((((((....))))))))))))))))))).)....... ( -41.80)
>DroEre_CAF1 10314 97 + 1
UGGCUUGCAGCUGGGCAGGAGUUCGUGCGUGUGGCUGCGGGUCAGCAGCUGUGGGGUCGAGGGCUGGUGCUCCAGCCAUUCCUAAAAACGGGAUUAG--
(((((((((((((.(((.(....).))).)..))))))))))))....((((.(((.....((((((....))))))...)))....))))......-- ( -42.40)
>DroYak_CAF1 10513 97 + 1
GGGCUUGCAGCUGGGCAGGAGCUCGUGCGUGUGGCUGCGGGUCAGCAGCUGUGGGGUCGAGGGCUGGUGCUCCAGCCAUUCCUGUAGAAGAGGUUAG--
...((.((..((..(((((((((((..(.((..(((((......)))))..)).)..))))((((((....)))))).)))))))...))..)).))-- ( -43.80)
>DroPer_CAF1 59539 99 + 1
GGGCUUGCAUCCAGGCAGUAGUUCAUGGGUGUGGCUGCGCGUCAGCAGCUGUGGUGUGGAUGGUUGGUGCUCCAGCCACUCCUGGAAGGCGCAAAAGAG
(.((((...((((((.(((.(((((((...(..(((((......)))))..)..)))))))((((((....))))))))))))))))))).)....... ( -41.80)
>consensus
GGGCUUGCAGCUGGGCAGGAGCUCAUGCGUGUGGCUGCGCGUCAGCAGCUGUGGGGUCGAGGGCUGGUGCUCCAGCCAUUCCUGAAAAGGG_AUUAG__
.(((((((......)))..))))....(.((..(((((......)))))..)).)......((((((....))))))...................... (-25.26 = -24.65 +  -0.61)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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