Locus 1392

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>3L_DroMel_CAF1 4048718 105 + 23771897
-AUCG---AUGUUCUGCUGCAUUCGAUUAGUUUAUAGCUCCAGCAGCAGAACCUCCUCAUGCUAGAGAAUGUUGAGCAGGGA---GGAGUCCAUCAUCCGAUCGUCGUACAA
-..((---((((((((((((....(((((.....))).))..))))))))))((((((.((((.((.....)).))))..))---))))..............))))..... ( -32.50)
>DroVir_CAF1 4847 98 + 1
-C-----ACAGUUCCGCUGCCGC-----GCUUUAUAGCUCCAGCAGCAGAACCUCCUCAUGCUAGAGUAUAUUCAGCAGCGA---UGAGUCCAUCAUGCGAUCAUCGUACAG
-.-----...((((.(((((.(.-----(((....))).)..))))).)))).......((((.(((....)))))))((((---(((.(((.....).))))))))).... ( -28.60)
>DroGri_CAF1 5048 97 + 1
GCUAC--ACGGUUCUGCUGCC----------UUAUAGCUCUAGCAGCAGAACUUCCUCAUGCUAGAGUAUAUUUAGCAGAGA---UGAGUCCAUCAUGCGAUCAUCAUACAA
((...--..(((((((((((.----------...........)))))))))))..(((.(((((((.....))))))))))(---(((.....))))))............. ( -30.50)
>DroWil_CAF1 2943 107 + 1
-UUUC---AAGUUCUGCUGCUGUC-AUUGAUUUAGAGCUCCAACAGCAGAACCUCUUCAUGCUAGAGUAUAUUGAGUAGAGAUGAUGAGUCCAUCAUGCGAUCAUCGUAGAG
-((((---..(((((((((.((..-.((......))....)).)))))))))(((...((((....))))...)))..))))(((((....)))))((((.....))))... ( -26.50)
>DroMoj_CAF1 5646 108 + 1
-CUAUAUGGAGUUCUGCUGCCGAUGAUAGUCUUAAAGCUCCAGCAGCAGAACCUCCUCAUGCUAGAGUAUAUUUAACAGCGA---CGAGUCCAUCAUGCGAUCAUCGUAUAG
-....(((((((((((((((...((..(((......))).))))))))))))(((.((.((.((((.....)))).))..))---.)))))))).(((((.....))))).. ( -30.10)
>DroAna_CAF1 2666 94 + 1
-GACU---GUGUUCUGCUGC-----------UUAUAGCUCCAGCAGCAGAACCUCCUCAUGCUAGAGAAUAUUCAGCAGCGA---UGAGUCCAUCAUCCUGUCGUCGUACAA
-(((.---..((((((((((-----------(.........)))))))))))...(((......)))........((((.((---(((.....))))))))).)))...... ( -31.70)
>consensus
_CUAC___AAGUUCUGCUGCCG______G_UUUAUAGCUCCAGCAGCAGAACCUCCUCAUGCUAGAGUAUAUUCAGCAGCGA___UGAGUCCAUCAUGCGAUCAUCGUACAA
..........((((((((((......................))))))))))(((.((.((((.((.....)).))))..))....)))....................... (-17.63 = -17.85 +   0.22) 

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Window 3

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>3L_DroMel_CAF1 4048718 105 - 23771897
UUGUACGACGAUCGGAUGAUGGACUCC---UCCCUGCUCAACAUUCUCUAGCAUGAGGAGGUUCUGCUGCUGGAGCUAUAAACUAAUCGAAUGCAGCAGAACAU---CGAU-
.....((((.(((....))).).((((---((..((((...........)))).))))))((((((((((......................)))))))))).)---))..- ( -32.45)
>DroVir_CAF1 4847 98 - 1
CUGUACGAUGAUCGCAUGAUGGACUCA---UCGCUGCUGAAUAUACUCUAGCAUGAGGAGGUUCUGCUGCUGGAGCUAUAAAGC-----GCGGCAGCGGAACUGU-----G-
..(((((((((((........)).)))---))).)))........(((......)))..(((((((((((((..(((....)))-----.)))))))))))))..-----.- ( -37.80)
>DroGri_CAF1 5048 97 - 1
UUGUAUGAUGAUCGCAUGAUGGACUCA---UCUCUGCUAAAUAUACUCUAGCAUGAGGAAGUUCUGCUGCUAGAGCUAUAA----------GGCAGCAGAACCGU--GUAGC
.............(((((.........---(((((((((.........))))).))))..(((((((((((..........----------))))))))))))))--))... ( -30.40)
>DroWil_CAF1 2943 107 - 1
CUCUACGAUGAUCGCAUGAUGGACUCAUCAUCUCUACUCAAUAUACUCUAGCAUGAAGAGGUUCUGCUGUUGGAGCUCUAAAUCAAU-GACAGCAGCAGAACUU---GAAA-
......(((((((........)).)))))........((((....((((.......))))((((((((((((...............-..))))))))))))))---))..- ( -29.13)
>DroMoj_CAF1 5646 108 - 1
CUAUACGAUGAUCGCAUGAUGGACUCG---UCGCUGUUAAAUAUACUCUAGCAUGAGGAGGUUCUGCUGCUGGAGCUUUAAGACUAUCAUCGGCAGCAGAACUCCAUAUAG-
.(((.((.....)).)))((((((((.---(((.(((((.........)))))))).)))((((((((((((((((.....).))....))))))))))))))))))....- ( -34.70)
>DroAna_CAF1 2666 94 - 1
UUGUACGACGACAGGAUGAUGGACUCA---UCGCUGCUGAAUAUUCUCUAGCAUGAGGAGGUUCUGCUGCUGGAGCUAUAA-----------GCAGCAGAACAC---AGUC-
...........((((((((.....)))---)).)))(((....(((((......))))).(((((((((((.........)-----------)))))))))).)---))..- ( -33.30)
>consensus
CUGUACGAUGAUCGCAUGAUGGACUCA___UCGCUGCUAAAUAUACUCUAGCAUGAGGAGGUUCUGCUGCUGGAGCUAUAAA_C______CGGCAGCAGAACUC___AGAG_
...........((.((((.((((.......................)))).)))).))..(((((((((((....................))))))))))).......... (-18.73 = -19.23 +   0.50) 

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