Locus 1385

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,024,985 – 4,025,105
Length 120
Max. P 0.680724
window2154 window2155

overview

Window 4

Location 4,024,985 – 4,025,105
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -37.56
Consensus MFE -25.34
Energy contribution -24.68
Covariance contribution -0.66
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.671570
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4024985 120 + 23771897
CUCAUAAUUGGCAUCCAGCAGACCAACGAUCUGCGGAUAAUCCAUCGCGGCGUUAAGUUUUCCUGCAAGUUUACUCUGCAGGAACUACAGCAGCGCUGGUAUGCUCUGCUGUAUGAGCCU
........(((.((((.(((((.......)))))))))...)))....(((........((((((((((....)).)))))))).((((((((.((......)).))))))))...))). ( -44.90)
>DroVir_CAF1 5044 120 + 1
CUGGUUAUUGGCAUACAGCAAACAAACGAUCUACGCAUGAUUCAUCGCGGCAUCAAGUUCUCCUGCAAAUUUACCCUGCAGGAGCUGCAGCAGCGCUGGUAUGCCCUACUGUAUGAACCA
..((((...((((((((((........(((...((((((...))).)))..)))..((.((((((((.........))))))))..))......))).)))))))...(.....))))). ( -36.60)
>DroGri_CAF1 4806 120 + 1
CUCGUUAUUGGCAUACAGCAAACAAACGAUUUGCGAAUGAUUCAUCGUGGCGUCAAGUUCUCCUGUAAAUUUACGCUGCAGGAGCUGCAGCAGCGUUGGUACGCGCUGCUGUACGAACCA
.((((..(((((.(((.((((((....).)))))((.....))...)))..)))))...((((((((.........))))))))..((((((((((......)))))))))))))).... ( -39.40)
>DroWil_CAF1 4386 120 + 1
CUUAUUAUUGGUGUACAACAAACAAAUGAUUUGCGUAUGAUUCAUCGGGGAGUGAAGUUCUCUUGCAAGUUUACAUUGCAAGAACUGCAGCAGCGUUGGUAUGCCCUGCUGUACGAGCCA
.(((((.((((((.........(((.....))).........))))))..))))).((((((((((((.......))))))))..((((((((.((......)).)))))))).)))).. ( -30.67)
>DroMoj_CAF1 5546 120 + 1
CUUGUUAUUGGUAUACAGCAAACCAACGACCUCCGCAUGAUACAUCGGGGCGUCAAAUUCUCCUGUAAAUUUACUCUGCAAGAGUUGCAGCAGCGCUGGUACGCCCUGCUGUAUGAGCCA
...((..(((((.........)))))..))....((.(.(((((.(((((((((.....((.(((((.....((((.....))))))))).)).....).)))))))).))))).))).. ( -36.50)
>DroAna_CAF1 5664 120 + 1
CUUAUAAUUGGAAUACAGCAGACCAACGACUUGAGAAUCAUCCAUCGCGGAGUGAAGUUCUCCUGCAAGUUUACAAUUCAGGAACUGCAGCAGCGCUGGUAUGCUCUGCUGUAUGAGCCG
.........((.(((((((((((((.((.((.(((((((((((.....))).)))..)))))(((((.((((.........))))))))).)))).))).....))))))))))...)). ( -37.30)
>consensus
CUUAUUAUUGGCAUACAGCAAACAAACGAUCUGCGAAUGAUUCAUCGCGGCGUCAAGUUCUCCUGCAAAUUUACACUGCAGGAACUGCAGCAGCGCUGGUAUGCCCUGCUGUAUGAGCCA
.......(((.....))).........((((((((.((.....))))))).)))..(((((((((((.........)))))))..((((((((.((......)).)))))))).)))).. (-25.34 = -24.68 +  -0.66)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,024,985 – 4,025,105
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -39.61
Consensus MFE -24.36
Energy contribution -23.75
Covariance contribution -0.60
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.680724
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4024985 120 - 23771897
AGGCUCAUACAGCAGAGCAUACCAGCGCUGCUGUAGUUCCUGCAGAGUAAACUUGCAGGAAAACUUAACGCCGCGAUGGAUUAUCCGCAGAUCGUUGGUCUGCUGGAUGCCAAUUAUGAG
.(((...((((((((.((......)).)))))))).((((((((.((....))))))))))........)))....(((..(((((((((((.....)))))).))))))))........ ( -49.90)
>DroVir_CAF1 5044 120 - 1
UGGUUCAUACAGUAGGGCAUACCAGCGCUGCUGCAGCUCCUGCAGGGUAAAUUUGCAGGAGAACUUGAUGCCGCGAUGAAUCAUGCGUAGAUCGUUUGUUUGCUGUAUGCCAAUAACCAG
((((((((((((((((((((..((((...))))...((((((((((.....))))))))))......)))))(((((.............)))))....)))))))))).....))))). ( -42.82)
>DroGri_CAF1 4806 120 - 1
UGGUUCGUACAGCAGCGCGUACCAACGCUGCUGCAGCUCCUGCAGCGUAAAUUUACAGGAGAACUUGACGCCACGAUGAAUCAUUCGCAAAUCGUUUGUUUGCUGUAUGCCAAUAACGAG
((((..((((((((((((((....(((((((..........))))))).......((((....)))))))).(((((.............)))))..).)))))))))))))........ ( -36.62)
>DroWil_CAF1 4386 120 - 1
UGGCUCGUACAGCAGGGCAUACCAACGCUGCUGCAGUUCUUGCAAUGUAAACUUGCAAGAGAACUUCACUCCCCGAUGAAUCAUACGCAAAUCAUUUGUUUGUUGUACACCAAUAAUAAG
(((...(((((((((((.........((....))..(((((((((.(....))))))))))..........)))(((((............)))))....)))))))).)))........ ( -28.30)
>DroMoj_CAF1 5546 120 - 1
UGGCUCAUACAGCAGGGCGUACCAGCGCUGCUGCAACUCUUGCAGAGUAAAUUUACAGGAGAAUUUGACGCCCCGAUGUAUCAUGCGGAGGUCGUUGGUUUGCUGUAUACCAAUAACAAG
(((...(((((((((.....(((((((((.(((((.((((((.(((.....))).))))))....(((..(......)..)))))))).)).)))))))))))))))).)))........ ( -39.60)
>DroAna_CAF1 5664 120 - 1
CGGCUCAUACAGCAGAGCAUACCAGCGCUGCUGCAGUUCCUGAAUUGUAAACUUGCAGGAGAACUUCACUCCGCGAUGGAUGAUUCUCAAGUCGUUGGUCUGCUGUAUUCCAAUUAUAAG
.((...((((((((((.....(((((((((((((((((....))))))).....))))(((((..(((.(((.....)))))))))))....)))))))))))))))).))......... ( -40.40)
>consensus
UGGCUCAUACAGCAGGGCAUACCAGCGCUGCUGCAGCUCCUGCAGAGUAAACUUGCAGGAGAACUUGACGCCGCGAUGAAUCAUGCGCAAAUCGUUGGUUUGCUGUAUGCCAAUAACAAG
.((.((((.((((((.((......)).))))))...((((((.............))))))..............))))..(((((((((((.....)))))).)))))))......... (-24.36 = -23.75 +  -0.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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