Locus 1382

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 4,020,961 – 4,021,072
Length 111
Max. P 0.628772
window2148

overview

Window 8

Location 4,020,961 – 4,021,072
Length 111
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.27
Mean single sequence MFE -30.77
Consensus MFE -21.35
Energy contribution -19.72
Covariance contribution -1.63
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.07
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.628772
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 4020961 111 + 23771897
GAUAUCCACUUA-CUUAGGUGGCUGGAACCAUCGUCACGUACGAACUUGUUCUCAUCCAAUUUCAUGAGGACAACGACCUGUGGGACUGCGAUCAGAGCUAUUACUCAUAGG-
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>DroPse_CAF1 519 111 + 1
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>DroYak_CAF1 440 107 + 1
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>DroMoj_CAF1 1312 112 + 1
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>DroAna_CAF1 521 107 + 1
UAUAUCAUA-----ACAGGUUGCUGGUACUAUUGUAACAUAUGAGCUGGUGCUCAUCCAAUUCCACGAGGACAACGACCUGUGGGACUGCGAUCAGAGCUACUACUCCUAGU-
.........-----.......((((((((....)))......(((.(((((((((((((.((((((.(((.......))))))))).)).)))..)))).))))))))))))- ( -28.70)
>DroPer_CAF1 519 111 + 1
AAUUUUUCUUUG-UGAAGGUGGCAGGCACCAUUGUUACCUAUGAGCUGGUGCUUAUCCAGUUCCACGAGGAUAACGAUUUGUGGGAUUGCAAUCAGAGCUAUUACUCUUAAG-
......((((((-((.(((((((((......)))))))))..(((((((.......)))))))))))))))....((((.((......))))))((((......))))....- ( -33.60)
>consensus
AAUAUCUAUUU___UAAGGUGGCUGGCACCAUCGUCACCUAUGAGCUGGUGCUCAUCCAAUUCCACGAGGACAACGACCUGUGGGACUGCGAUCAGAGCUAUUACUCAUAGG_
.................(((.((.(((((((((((.....))))..))))))).......((((((.(((.......)))))))))..)).))).(((......)))...... (-21.35 = -19.72 +  -1.63)

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