Locus 136

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	426,404 – 426,534
Length	130
Max. P	0.930103

overview

Window 3

Location	426,404 – 426,494
Length	90
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.38
Mean single sequence MFE	-41.40
Consensus MFE	-19.39
Energy contribution	-19.17
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.930103
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 426404 90 - 23771897
ACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACGCCUCGGUCGGUUCUUUGACGGGCUGCGGGGACUGUUUUAAACA-----------
.((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...))))))).))(((....(((((.((....)).)))))...))).----------- ( -36.00)
>DroVir_CAF1 30061 96 - 1
ACGCUGCGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUGG---GGCGGCUGGAGCGUCUCUUUGCCGGCGUUCGGGGUUUGCUCUGAAAC--AGUGCAACA
(((((.(((((((((((((.(((((....))))).)))))---)))))))).)))))....(((((....(((((((....)))))))..--.).)))).. ( -48.40)
>DroPse_CAF1 59134 87 - 1
ACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG---GGCCUCUCGAGCGGCUCUUUGGGGGCCUUAGGGGUCUGCUAUGAGCA-----------
.(.(((..(..((((((((.(((((....))))).)))))---)))..)..))).)((((...(.(((((.....))))).)...)))).----------- ( -42.40)
>DroYak_CAF1 7839 90 - 1
ACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGCGGACGCCUCGGUCGGUUCUUUGUCGGCUUGCGGGGACUGUUUUAAACA-----------
..(((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...))))))))((((.((((((......)))))))))).........----------- ( -38.30)
>DroMoj_CAF1 15366 98 - 1
ACGCUGCGGACGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUGG---GGCGGCUGGAGCGUCUCUUCGCUGGGUUUCGGGGGCUGCUCUAAGAGCUAAGAAAUGA
(((((.(((.(((((((((.(((((....))))).)))))---)))).))).)))))...(((..(((.(((..(((....)))..))).))).))).... ( -40.90)
>DroPer_CAF1 56731 87 - 1
ACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG---GGCCUCUCGAGCGGCUCUUUGGGGGCCUUAGGGGUCUGCUAUGAGCA-----------
.(.(((..(..((((((((.(((((....))))).)))))---)))..)..))).)((((...(.(((((.....))))).)...)))).----------- ( -42.40)
>consensus
ACGCUGAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG___GGCGCCUCGAGCGGCUCUUUGCCGGCCUUCGGGGUCUGCUAUAAACA___________
........(((...(((((.(((((....))))).)))))...))).....((((((((((............)))).))))))................. (-19.39 = -19.17 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	426,414 – 426,534
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.92
Mean single sequence MFE	-56.07
Consensus MFE	-30.79
Energy contribution	-31.38
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.65
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.732153
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 426414 120 - 23771897
UAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGGAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACGCCUCGGUCGGUUCUUUGACGGGCUGCGGGGACU
.....((((((.......))))))(((...((((..(((((((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...))))))))..))))))...))))...)))..... ( -52.90)
>DroVir_CAF1 30080 117 - 1
UAUGCUGGAGCACUUUACGCUCUAUAGAUUCCUCGCCGGGACGCUGCGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUGG---GGCGGCUGGAGCGUCUCUUUGCCGGCGUUCGGGGUUU
.....((((((.......)))))).(((((((.((((((((((((.(((((((((((((.(((((....))))).)))))---)))))))).))))))......))))))...))))))) ( -62.80)
>DroPse_CAF1 59144 117 - 1
UCUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACAGGUUCCUGGCCGGGACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG---GGCCUCUCGAGCGGCUCUUUGGGGGCCUUAGGGGUCU
((((.((((((.......))))))))))....(((((((((((....))))((.....)).)))))))...(((((.(((---(((((((.(((.....))).)))))))))).))))). ( -52.70)
>DroGri_CAF1 15321 117 - 1
UCUGCUGGAGCAUUUUGCGCUCUAUAGAUUCCUGGCCGGCACGUUGCGGUCGCUUUAUGCGCUCGUCAAUCGGCCCAUGG---GGCGGCUGGAGCGUUUAUUUGCCGGCUUUCGAGGGUU
((((.((((((.......)))))))))).((((((((((((((((.(((((((((((((.((.((.....)))).)))))---)))))))).)))))......)))))))....)))).. ( -55.40)
>DroMoj_CAF1 15387 117 - 1
UUUGCUGGAGCACUUCACGCUCUAUCGAUUUCUGGCCGGGACGCUGCGGACGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUGG---GGCGGCUGGAGCGUCUCUUCGCUGGGUUUCGGGGGCU
...((((((((.......))))).((((..((..((.((((((((.(((.(((((((((.(((((....))))).)))))---)))).))).))))))))...))..))..)))).))). ( -59.90)
>DroPer_CAF1 56741 117 - 1
UCUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACAGGUUCCUGGCCGGGACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG---GGCCUCUCGAGCGGCUCUUUGGGGGCCUUAGGGGUCU
((((.((((((.......))))))))))....(((((((((((....))))((.....)).)))))))...(((((.(((---(((((((.(((.....))).)))))))))).))))). ( -52.70)
>consensus
UCUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACAGAUUCCUGGCCGGGACGCUGAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUGG___GGCGGCUCGAGCGGCUCUUUGCCGGCCUUCGGGGUCU
((((.((((((.......))))))))))((((.(((((((.((((..((.(((((((((.(((((....))))).)))))...)))).))..)))).)))......))))...))))... (-30.79 = -31.38 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:33:33 2006