Locus 1339

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,881,759 – 3,881,869
Length 110
Max. P 0.804915
window2090

overview

Window 0

Location 3,881,759 – 3,881,869
Length 110
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.70
Mean single sequence MFE -38.02
Consensus MFE -26.49
Energy contribution -27.13
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -1.39
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.63
SVM RNA-class probability 0.804915
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3881759 110 - 23771897
AGCAUAAUGCUCUACCAGGAGCAGGUCCUUUGUGGCGGAAAACUUAGCCCGGAGGAUCUGCACUGCGUGCACUCGUAUGUCGUGCAACACGUGCUGAAAGUCGAGGCCAG
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>DroPse_CAF1 1310 110 - 1
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>DroSec_CAF1 1283 110 - 1
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>DroEre_CAF1 1302 110 - 1
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>DroYak_CAF1 1281 110 - 1
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>DroPer_CAF1 7669 110 - 1
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>consensus
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.......(((((......)))))(((((((((.(((..........))))))))))))(((((.((((((....)))))).)))))........................ (-26.49 = -27.13 +   0.64)

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