Locus 1332

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,860,530 – 3,860,643
Length 113
Max. P 0.971114
window2075 window2076 window2077

overview

Window 5

Location 3,860,530 – 3,860,631
Length 101
Sequences 6
Columns 101
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.95
Mean single sequence MFE -22.32
Consensus MFE -15.79
Energy contribution -17.18
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.45
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.08
SVM RNA-class probability 0.572448
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3860530 101 + 23771897
ACAAACGCACCCGUGCACUGCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUUU
......(((....)))..((((.(((((((((((((.(((((((.((..(((......)))..))))))))).....)))).)))).)))))))))..... ( -25.70)
>DroGri_CAF1 66297 89 + 1
----------ACAUGCUCUGAGUAUAUGUGAGUA--UCUGUGUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUUU
----------...(((((.........(((((((--((((...(((..((.....)).)))....)))))))))))...))))).(((....)))...... ( -21.10)
>DroSec_CAF1 59781 96 + 1
-----GGCAACCGUGCACUGCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUUU
-----.(((....)))..((((.(((((((((((((.(((((((.((..(((......)))..))))))))).....)))).)))).)))))))))..... ( -24.20)
>DroSim_CAF1 60398 96 + 1
-----CGCACCCGUGCACUGCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUUU
-----.(((....)))..((((.(((((((((((((.(((((((.((..(((......)))..))))))))).....)))).)))).)))))))))..... ( -25.70)
>DroEre_CAF1 62045 83 + 1
A------------------GCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUUU
.------------------.(((((.((.(((.....(((((((.((..(((......)))..)))))))))....)))))..)))))............. ( -17.90)
>DroYak_CAF1 62092 99 + 1
A--GUCAUACACACACACUGCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUUU
.--...((((((.(.....).)))))).((((.((..(((((((((((..((((((...........)))).....))..)))))).)))))))))))... ( -19.30)
>consensus
_____CGCACCCGUGCACUGCGUGUAUCUAUGUCGUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUUU
..................((((.(((((((((((((.(((((((.((..(((......)))..))))))))).....)))).)))).)))))))))..... (-15.79 = -17.18 +   1.39)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 6

Location 3,860,553 – 3,860,643
Length 90
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.33
Mean single sequence MFE -22.88
Consensus MFE -11.59
Energy contribution -11.98
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.559097
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3860553 90 + 23771897
GUAUCUAUGUC-GUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUU-UUGGCAUGCUC----------------------------CU
.....((((((-(..(((((((.((..(((......)))..)))))))))...........(((((....)))))...-.)))))))...----------------------------.. ( -19.80)
>DroPse_CAF1 68818 119 + 1
GUAUCUAUAGCUUUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUU-UUGGCAUGCCCACAGAUACAGAUACAGAUGCAGAAUGGGCU
........(((((((((((((((((((((((..............................(((((....)))))...-..((....)).....)))))))))))))))))))...)))) ( -32.40)
>DroGri_CAF1 66310 88 + 1
AUAUGUGAGUA---UCUGUGUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUU-UUGGCAUGCGC----------------------------GU
.((((((((((---((((...(((..((.....)).)))....)))))))))).)))).((.((.(((((...)))))-.))))......----------------------------.. ( -17.90)
>DroEre_CAF1 62050 90 + 1
GUAUCUAUGUC-GUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUU-UUGGCAUGCUC----------------------------CU
.....((((((-(..(((((((.((..(((......)))..))))))))).............(((....))).....-.)))))))...----------------------------.. ( -17.40)
>DroYak_CAF1 62113 90 + 1
GUAUCUAUGUC-GUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUU-UUGGCAUGCUC----------------------------CU
.....((((((-(..(((((((.((..(((......)))..))))))))).............(((....))).....-.)))))))...----------------------------.. ( -17.40)
>DroPer_CAF1 69340 120 + 1
GUAUCUAUAGCUUUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCAUACGAUAUCGUAUAUUUUUGGCAUGCCCACAGAUACAGAUACAGAUGCAGAAUGGGCU
........(((((((((((((((((((((((..............................(((((....)))))......((....)).....)))))))))))))))))))...)))) ( -32.40)
>consensus
GUAUCUAUGUC_GUUGUAUCUGUGUUUGUAUAUCAUUACUUAUCAGAUACUUAUUAUGAGCACACGAUAUCGUAUAUU_UUGGCAUGCUC____________________________CU
(((((((........(((((((.((..(((......)))..))))))))).............(((....))).......))).))))................................ (-11.59 = -11.98 +   0.39)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 3,860,553 – 3,860,643
Length 90
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.33
Mean single sequence MFE -21.43
Consensus MFE -15.01
Energy contribution -15.26
Covariance contribution 0.25
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.83
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.67
SVM RNA-class probability 0.971114
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3860553 90 - 23771897
AG----------------------------GAGCAUGCCAA-AAUAUACGAUAUCGUAUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAC-GACAUAGAUAC
..----------------------------((((((((...-.............)))))))).......(((((((....(((......))).....)))))))...-........... ( -18.79)
>DroPse_CAF1 68818 119 - 1
AGCCCAUUCUGCAUCUGUAUCUGUAUCUGUGGGCAUGCCAA-AAUAUACGAUAUCGUAUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAAAGCUAUAGAUAC
.((.......))....(((((((((.((((((((((((...-.............)))))))))).....(((((((....(((......))).....)))))))...)).))))))))) ( -29.99)
>DroGri_CAF1 66310 88 - 1
AC----------------------------GCGCAUGCCAA-AAUAUACGAUAUCGUGUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACACACAGA---UACUCACAUAU
..----------------------------(((((((....-............)))))))........((((((((........((.....))........))))---))))....... ( -14.28)
>DroEre_CAF1 62050 90 - 1
AG----------------------------GAGCAUGCCAA-AAUAUACGAUAUCGUGUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAC-GACAUAGAUAC
..----------------------------((((((((...-.............)))))))).......(((((((....(((......))).....)))))))...-........... ( -17.79)
>DroYak_CAF1 62113 90 - 1
AG----------------------------GAGCAUGCCAA-AAUAUACGAUAUCGUGUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAC-GACAUAGAUAC
..----------------------------((((((((...-.............)))))))).......(((((((....(((......))).....)))))))...-........... ( -17.79)
>DroPer_CAF1 69340 120 - 1
AGCCCAUUCUGCAUCUGUAUCUGUAUCUGUGGGCAUGCCAAAAAUAUACGAUAUCGUAUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAAAGCUAUAGAUAC
.((.......))....(((((((((.((((((((((((.................)))))))))).....(((((((....(((......))).....)))))))...)).))))))))) ( -29.93)
>consensus
AG____________________________GAGCAUGCCAA_AAUAUACGAUAUCGUAUGCUCAUAAUAAGUAUCUGAUAAGUAAUGAUAUACAAACACAGAUACAAC_GACAUAGAUAC
..............................((((((((.................)))))))).......(((((((....(((......))).....)))))))............... (-15.01 = -15.26 +   0.25)

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