Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,822,712 – 3,822,845 |
Length | 133 |
Max. P | 0.935480 |
Location | 3,822,712 – 3,822,808 |
---|---|
Length | 96 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 75.03 |
Mean single sequence MFE | -48.98 |
Consensus MFE | -26.91 |
Energy contribution | -27.08 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.32 |
Mean z-score | -2.03 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 1.24 |
SVM RNA-class probability | 0.935480 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3822712 96 - 23771897 ACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGGGCAGUGGGAAUGUGC .(((.(((((((...((((((((---((((.....((((((.((....))))------))))))))))))))))..((.....))))))))).)))......... ( -56.20) >DroPse_CAF1 24782 87 - 1 ------CUCAGCACCGCCGCUGU---GGCCUGUUGCCCGGCUGCUCCGGCUG------CUGCUGCGGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC ------.(((((.(((((((((.---.((..((.(((.((.....))))).)------).))..)))))))))(((((.....))).)).)))---))....... ( -43.40) >DroEre_CAF1 22830 96 - 1 ACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGGUGCAGCUGGGCAGUGGGAAUGUGC .(((.(((((((.(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------))))))........((((....)))).))))))).)))......... ( -58.60) >DroWil_CAF1 32731 93 - 1 ACACCACUUAACACUGCUGCUGUGGUGGCUUGUUGUGAGCCAGCCGCUGAUC---------CGGCUGUGGCAGCAUUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC ...........(((.......((((((((((.....)))))).))))...((---------(((((.((((.((((....)))).))))))))---)))..))). ( -34.30) >DroAna_CAF1 21680 105 - 1 ACGCCGCUCAGAACCGCCGCUGUGGUGGCCUGCUGGCUGCCAGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCCGCAGAGGCAGCACUAUGGUGCAGCUGGGCUGUGGGAAUGUGC .(((.((((((....(((.((((((((((..(((((...)))))(((.......))))))))))))).))).((((....))))..)))))).)))......... ( -58.00) >DroPer_CAF1 25116 87 - 1 ------CUCAGCACCGCCGCUGU---GGCCUGUUGCCCGGCUGCUCCGGCUG------CUGCUGCGGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU---GGAAUGUGC ------.(((((.(((((((((.---.((..((.(((.((.....))))).)------).))..)))))))))(((((.....))).)).)))---))....... ( -43.40) >consensus ACGCCGCUCAGCACCGCCGCUGU___GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCUG______CGGCGGCAGCGGCGGCACUGUGAUGCAGCUGAGCU___GGAAUGUGC ......((((((..((((((...........(((((...))))).(((((..........))))).))))))(((......))).)))))).............. (-26.91 = -27.08 + 0.17)
Location | 3,822,752 – 3,822,845 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.11 |
Mean single sequence MFE | -51.92 |
Consensus MFE | -42.78 |
Energy contribution | -43.08 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -2.35 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.825909 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3822752 93 + 23771897 GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCA---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU (((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -52.60) >DroSec_CAF1 22448 93 + 1 GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU (((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70) >DroSim_CAF1 22133 93 + 1 GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU (((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70) >DroEre_CAF1 22870 93 + 1 GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU (((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -51.70) >DroYak_CAF1 22910 93 + 1 GCCGCCG------CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCA---ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU (((((((------((((....)).))).(((....))).---..(((((((((....((((((...)))))))))))))))...))))))............ ( -52.60) >DroAna_CAF1 21720 99 + 1 GCGGCGGCGGCAGCAGCAGCCGCUGGCAGCCAGCAGGCCACCACAGCGGCGGUUCUGAGCGGCGUGGCCGCA---GCCGCCCUAGGUGGCUACAAUCCGAAC (((((.(((.(..(((..(((((((...(((....))).....)))))))....)))...).))).)))))(---((((((...)))))))........... ( -51.20) >consensus GCCGCCG______CCGCAGCUGCUGGCAGCCAACAGGCC___ACGGCGGCGGUGCUGAGCGGCGUGGCCGCUGCUGCCGCCCUCGGCGGCUACAAUCCAAAU ((((((........(((.(((((((...(((....))).....))))))).)))..(((.((((((((....)))).)))))))))))))............ (-42.78 = -43.08 + 0.31)
Location | 3,822,752 – 3,822,845 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 102 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.11 |
Mean single sequence MFE | -56.23 |
Consensus MFE | -43.18 |
Energy contribution | -43.93 |
Covariance contribution | 0.75 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.87 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.607639 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3822752 93 - 23771897 AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC ............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).((((((((((---.((.((((((...)))))))).))))------)))))). ( -55.70) >DroSec_CAF1 22448 93 - 1 AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC ............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70) >DroSim_CAF1 22133 93 - 1 AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC ............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70) >DroEre_CAF1 22870 93 - 1 AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC ............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).(((((((((.---.((.((((((...))))))))..)))------)))))). ( -58.70) >DroYak_CAF1 22910 93 - 1 AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU---UGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG------CGGCGGC ............((((((...)))))).((((((((...))))))..)).((((((((((---.((.((((((...)))))))).))))------)))))). ( -55.70) >DroAna_CAF1 21720 99 - 1 GUUCGGAUUGUAGCCACCUAGGGCGGC---UGCGGCCACGCCGCUCAGAACCGCCGCUGUGGUGGCCUGCUGGCUGCCAGCGGCUGCUGCUGCCGCCGCCGC ...(((....(((....))).((((((---.(((((...(((((.(((........)))(((..(((....)))..)))))))).))))).)))))).))). ( -49.90) >consensus AUUUGGAUUGUAGCCGCCGAGGGCGGCAGCAGCGGCCACGCCGCUCAGCACCGCCGCCGU___GGCCUGUUGGCUGCCAGCAGCUGCGG______CGGCGGC ............(((((((..((((((.((((((((...))))))..))...))))))......(((((((((...)))))))..))........))))))) (-43.18 = -43.93 + 0.75)
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