Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,703,457 – 3,703,561 |
Length | 104 |
Max. P | 0.578007 |
Location | 3,703,457 – 3,703,561 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 104 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.17 |
Mean single sequence MFE | -34.13 |
Consensus MFE | -24.64 |
Energy contribution | -23.73 |
Covariance contribution | -0.91 |
Combinations/Pair | 1.48 |
Mean z-score | -1.09 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.578007 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3703457 104 - 23771897 GCUAGGAAACUAUGUACAAUGUGGUGCUUCGUGCCUCAGGGUACGCGUCCUGCGUCACUCAUACGCCGCAUGGACCGCUUAUAGUGUACCACGAAAGACCAGGC (((((....))).))....((((((((...(((((....)))))((((((((((.(........).)))).))).))).......))))))))........... ( -36.40) >DroSec_CAF1 98696 104 - 1 GCUAGGAAACUAUGUACAAUGUGGUGCUUCGUGCCCCAAGGUACCCAUCCUGCGUCACUCAUACGGCGCGUGGACAGCACAGAGUGUACCACGAAAGACCUGGC ((((((.......(((((.((((.((....(((((....)))))...(((((((((........)))))).))))).))))...)))))..(....).)))))) ( -39.50) >DroSim_CAF1 94357 104 - 1 GCUAGGAAACUAUGUACAAUGUGGUGCUUCGUGCCCCAAGGUACCCGUCCUGCGUCACUCAUGCGCCGCGUGGACCGCACAGAGUGUACCACGAAAGACCUGGC ((((((.......(((((.....((((...(((((....)))))..((((((((.(.(....).).)))).)))).))))....)))))..(....).)))))) ( -38.30) >DroEre_CAF1 93493 104 - 1 GCUAGGAAACUAUGCACAAUGUGGUGCUUCGUGCCCCAGGGAACGCGUCCUGCGUCACUCAUACGCCGCGUGGACCCCACAGUCUGUGCCACGAAACACCAGGC (((((....))).))....(.(((((.((((((.....(((..(((((...((((.......)))).)))))..)))(((.....))).)))))).))))).). ( -38.80) >DroYak_CAF1 81460 104 - 1 GCUAGGAAACUAUGUACAAUGUGCUGCUUCGUGCCCCAGGGAACGCGUUCUGCGUCACUCAUACGCCGCGUGCACCACACAGAGUGUGCCACGAAACACCAGGC (((.((.......((((...))))((.((((((((....)).(((((....((((.......)))))))))((((.((.....)))))))))))).)))).))) ( -28.90) >DroAna_CAF1 98697 100 - 1 GCUAUGAAACUACG----AGUUUUUGGUGUAUACCCCAGGGUAUGGUAUCUAUGUCACUCAUCCGCCGUGUGGUACAUAUAUAGUAUCAAACUGUGUGCGAUGC ((((.(((((....----.))))))))).((((((....))))))..............((((((((((.((((((.......)))))).)).).))).)))). ( -22.90) >consensus GCUAGGAAACUAUGUACAAUGUGGUGCUUCGUGCCCCAGGGUACGCGUCCUGCGUCACUCAUACGCCGCGUGGACCGCACAGAGUGUACCACGAAAGACCAGGC (((((....))).))....((((((((...(((((....)))))..((((((((.(........).)))).))))..........))))))))........... (-24.64 = -23.73 + -0.91)
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