Locus 1220

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	3,463,993 – 3,464,151
Length	158
Max. P	0.945926

overview

Window 8

Location	3,463,993 – 3,464,111
Length	118
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	88.33
Mean single sequence MFE	-30.19
Consensus MFE	-19.42
Energy contribution	-20.23
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.655178
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3463993 118 + 23771897
UAGCGUAAGGAAUCCAUAAAUUUAAAAUGAAGCCGUCGUAGUAAAUCGCUUCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGUAGAAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCC
..(((...((....(((.........)))...))..))).((((((((.((((...((..((((((((..(((.((....)).)))..)))))).--..))..))..)))))))))))). ( -21.20)
>DroSec_CAF1 11161 117 + 1
UAGCGUACGGAAU-CAUAAAUUUAAAAUGAAGCCGUCGUGGUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCC
..(((.((((..(-(((.........))))..)))))))((((((((((((((((..((((..(((....))).)))).))))))))((((.(((--.......))).)))))))))))) ( -38.00)
>DroSim_CAF1 11266 117 + 1
UAGCGUACGGAAU-CAUAAAUUUAAAAUGAAGCCGUCGUGGUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCC
..(((.((((..(-(((.........))))..)))))))((((((((((((((((..((((..(((....))).)))).))))))))((((.(((--.......))).)))))))))))) ( -38.00)
>DroYak_CAF1 11627 109 + 1
CAGC-----------AUAAAUUUAAAAUGAAGGUGUCGUGGUAAAUCGCUCUGCAAAUUGCAAAAGAACACUAAGCGAUUGCCGAGCAUUCUAAAAAAAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCC
..((-----------((...(((.....))).))))...((((((((((((.((((.((((.............)))))))).))))((((.................)))))))))))) ( -23.55)
>consensus
UAGCGUACGGAAU_CAUAAAUUUAAAAUGAAGCCGUCGUGGUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA__AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCC
..........................((((.....))))((((((((((((((((..((((...((....))..)))).))))))))((((.................)))))))))))) (-19.42 = -20.23 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	3,464,033 – 3,464,151
Length	118
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.54
Mean single sequence MFE	-24.93
Consensus MFE	-21.89
Energy contribution	-22.45
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.36
SVM RNA-class probability	0.945926
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3464033 118 + 23771897
GUAAAUCGCUUCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGUAGAAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCCACUGCAACCAUUAUCCUAAUUACACAGCCACACACCCAAC
((((.........(((((..((((((((..(((.((....)).)))..)))))).--..))..)).)))(((((((.((....))))))))).......))))................. ( -19.60)
>DroSec_CAF1 11200 118 + 1
GUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCCACUGCAACCAUUAUCCUAAUUACACAGCCACACACCCAAC
((((...((((((((..((((..(((....))).)))).))))))))........--............(((((((.((....))))))))).......))))................. ( -28.00)
>DroSim_CAF1 11305 118 + 1
GUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA--AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCCACUGCAACCAUUAUCCUAAUUACACAGCCACACACCCAAC
((((...((((((((..((((..(((....))).)))).))))))))........--............(((((((.((....))))))))).......))))................. ( -28.00)
>DroYak_CAF1 11656 120 + 1
GUAAAUCGCUCUGCAAAUUGCAAAAGAACACUAAGCGAUUGCCGAGCAUUCUAAAAAAAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCCAGUGCAACCAUUAUCCUAAUUACACAGCCACACACCCAAC
((((...((((.((((.((((.............)))))))).))))......................(((((((.((....))))))))).......))))................. ( -24.12)
>consensus
GUAAAUCGCUCCGCAAAUUGUAAUAGAACCCUAAGCGACUGCGGAGCAUUCUAUA__AAUAUGAUAUUGAAUGGUUUGCCACUGCAACCAUUAUCCUAAUUACACAGCCACACACCCAAC
((((...((((((((..((((...((....))..)))).))))))))......................(((((((.((....))))))))).......))))................. (-21.89 = -22.45 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,464,033 – 3,464,151
Length	118
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.54
Mean single sequence MFE	-34.17
Consensus MFE	-30.29
Energy contribution	-31.10
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	0.92
SVM RNA-class probability	0.882299
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3464033 118 - 23771897
GUUGGGUGUGUGGCUGUGUAAUUAGGAUAAUGGUUGCAGUGGCAAACCAUUCAAUAUCAUAUU--UAUAGAAUUCUACGCAGUCGCUUAGGGUUCUAUUACAAUUUGCGAAGCGAUUUAC
.....(((.((.(((.(((((....((((((((((((....)).))))))....)))).....--.(((((((((((.((....)).)))))))))))......))))).))).)).))) ( -30.80)
>DroSec_CAF1 11200 118 - 1
GUUGGGUGUGUGGCUGUGUAAUUAGGAUAAUGGUUGCAGUGGCAAACCAUUCAAUAUCAUAUU--UAUAGAAUGCUCCGCAGUCGCUUAGGGUUCUAUUACAAUUUGCGGAGCGAUUUAC
((((((((.((.((((((((((((......)))))))).))))..))))))))))........--..((((.((((((((((.....(((....))).......)))))))))).)))). ( -35.40)
>DroSim_CAF1 11305 118 - 1
GUUGGGUGUGUGGCUGUGUAAUUAGGAUAAUGGUUGCAGUGGCAAACCAUUCAAUAUCAUAUU--UAUAGAAUGCUCCGCAGUCGCUUAGGGUUCUAUUACAAUUUGCGGAGCGAUUUAC
((((((((.((.((((((((((((......)))))))).))))..))))))))))........--..((((.((((((((((.....(((....))).......)))))))))).)))). ( -35.40)
>DroYak_CAF1 11656 120 - 1
GUUGGGUGUGUGGCUGUGUAAUUAGGAUAAUGGUUGCACUGGCAAACCAUUCAAUAUCAUAUUUUUUUAGAAUGCUCGGCAAUCGCUUAGUGUUCUUUUGCAAUUUGCAGAGCGAUUUAC
((((((((.((.((((((((((((......))))))))).)))..))))))))))(((..........((((((((.(((....))).))))))))(((((.....)))))..))).... ( -35.10)
>consensus
GUUGGGUGUGUGGCUGUGUAAUUAGGAUAAUGGUUGCAGUGGCAAACCAUUCAAUAUCAUAUU__UAUAGAAUGCUCCGCAGUCGCUUAGGGUUCUAUUACAAUUUGCGGAGCGAUUUAC
((((((((.((.((((((((((((......)))))))).))))..))))))))))............((((.((((((((((.....(((....))).......)))))))))).)))). (-30.29 = -31.10 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

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