Locus 1196

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,381,984 – 3,382,248
Length 264
Max. P 0.985335
window1876 window1877 window1878 window1879 window1880 window1881

overview

Window 6

Location 3,381,984 – 3,382,100
Length 116
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.16
Mean single sequence MFE -41.78
Consensus MFE -35.76
Energy contribution -37.36
Covariance contribution 1.60
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.00
SVM RNA-class probability 0.985335
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3381984 116 + 23771897
CAGCAUGUCUGCAGUGCGAGUGCGAAUCUUGCACCGUCUAUGGAACUAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUAUGCGGGCAUGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUG
((((((((...(((((((.((((((...)))))))...((((((.((((((((...((((((...))).)))...)))))))).))))))...----...))))))))))))))...... ( -45.70)
>DroSec_CAF1 49392 110 + 1
CAGCAUGUCUGCAGUG------CGAAUCUUGCACCGUCUAUGGAACUAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUCUGCGGGCAUGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUG
((((((((((((((((------(((...))))))....((((((.((((((((....((....))((......)))))))))).))))))...----..))))..)))))))))...... ( -41.70)
>DroSim_CAF1 47544 116 + 1
CAGCAUGUCUGCAGUGCGAGUGCGAAUCUUGCACCGUCUAUGGAACUAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUCUGCGGGCAUGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUG
((((((((...(((((((.((((((...)))))))...((((((.((((((((....((....))((......)))))))))).))))))...----...))))))))))))))...... ( -45.70)
>DroEre_CAF1 48384 116 + 1
CAGCAUGUCUGCAGUGCGAGUGCGAAUCUAGCACCGUCUAUGGAACCAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUCUGCGGGCAUGGGUCUGUAUAG----UAUGUACUGGCGUGCUGAUACUG
((((((((...(((((((.((((.......)))))...((((((.((((((((....((....))((......)))))))))).))))))...----...))))))))))))))...... ( -44.10)
>DroYak_CAF1 48290 112 + 1
CAGCAUGUCUGCAGUGCGAGUGCGAAUCUUGCACCGUCUAUGGAACUAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUCU--------GGGUCUGUAUAGAAUGUAUGUACUGGCAUACUGAUACUG
..((((((((..((.(((.((((((...)))))))))))..)))..)))))(((..(((((..(((((..(((--------(........))).)..)))))..)))))...)))..... ( -31.70)
>consensus
CAGCAUGUCUGCAGUGCGAGUGCGAAUCUUGCACCGUCUAUGGAACUAUGCUCAUCUGCCAUCGCGUGUGUCUGCGGGCAUGGGUCCAUAUAG____UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUG
((((((((((((((((((((.......)))))))....((((((.((((((((....(((((...))).))....)))))))).)))))).........))))..)))))))))...... (-35.76 = -37.36 +   1.60)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 3,382,064 – 3,382,171
Length 107
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.27
Mean single sequence MFE -33.74
Consensus MFE -26.48
Energy contribution -26.48
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.52
SVM RNA-class probability 0.769023
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3382064 107 + 23771897
UGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUGAUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUUCACUGGCAAUCGUAUCAG
..........(((----(((((....))))))))...(((((((((....------(((((...)))))---..((((.....((((((....))))))......))))..))))))))) ( -33.10)
>DroSec_CAF1 49466 107 + 1
UGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUGAUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAG
..........(((----(((((....))))))))...(((((((((....------(((((...)))))---..((((.....((((((....))))))......))))..))))))))) ( -33.10)
>DroSim_CAF1 47624 107 + 1
UGGGUCCAUAUAG----UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUGAUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAG
..........(((----(((((....))))))))...(((((((((....------(((((...)))))---..((((.....((((((....))))))......))))..))))))))) ( -33.10)
>DroEre_CAF1 48464 113 + 1
UGGGUCUGUAUAG----UAUGUACUGGCGUGCUGAUACUGAUACGGAUACUGAUACUGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCAUUAGAGCAGCUCCACUGGCAGGCGUAUCAG
...((((((((((----(((((((....))))..))))).)))))))).((((((((((((...)))))---..(((.......(((((....)))))(((.....))).)))))))))) ( -38.50)
>DroYak_CAF1 48363 113 + 1
-GGGUCUGUAUAGAAUGUAUGUACUGGCAUACUGAUACUGAUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCACCACCGCCGCUUCCUUGCUCAUUAGAGCAGCUCCAAUGGCAAUCGUAUCAG
-..(((.(((((.......))))).))).........(((((((((....------(((((...))))).....((((.....((((((....))))))......))))..))))))))) ( -30.90)
>consensus
UGGGUCCAUAUAG____UAUGUACUGGCAUGCUGAUACUGAUACGGAUAC______UGAUAGCUUAUCA___CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAG
...(((..((((.......))))..))).........((((((((...........(((((...))))).....((((.....((((((....))))))......))))...)))))))) (-26.48 = -26.48 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 3,382,064 – 3,382,171
Length 107
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.27
Mean single sequence MFE -32.68
Consensus MFE -24.72
Energy contribution -24.76
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.76
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.526673
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3382064 107 - 23771897
CUGAUACGAUUGCCAGUGAAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAUCAGUAUCAGCAUGCCAGUACAUA----CUAUAUGGACCCA
(((((((.((((((.((.....(((((....))))).....)))))))---).....).)))))------)..(((((((.(((((..((......))..)))----))))))))).... ( -31.10)
>DroSec_CAF1 49466 107 - 1
CUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAUCAGUAUCAGCAUGCCAGUACAUA----CUAUAUGGACCCA
((((((..((..((.((.(..((((((....))))..))...).))))---..))....)))))------)..(((((((.(((((..((......))..)))----))))))))).... ( -31.70)
>DroSim_CAF1 47624 107 - 1
CUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAUCAGUAUCAGCAUGCCAGUACAUA----CUAUAUGGACCCA
((((((..((..((.((.(..((((((....))))..))...).))))---..))....)))))------)..(((((((.(((((..((......))..)))----))))))))).... ( -31.70)
>DroEre_CAF1 48464 113 - 1
CUGAUACGCCUGCCAGUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCAGUAUCAGUAUCCGUAUCAGUAUCAGCACGCCAGUACAUA----CUAUACAGACCCA
(((((((..(((((.((.....(((((....))))).....)))))))---(((((...))))))))))))..((.((((.(((((..((......))..)))----)))))).)).... ( -32.40)
>DroYak_CAF1 48363 113 - 1
CUGAUACGAUUGCCAUUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGAAGCGGCGGUGGUGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAUCAGUAUCAGUAUGCCAGUACAUACAUUCUAUACAGACCC-
(((((((..((((((((((((...)))))))).))))(((.((...((((((.....)))))).------)).)))))))))).....(((((......)))))...............- ( -36.50)
>consensus
CUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG___UGAUAAGCUAUCA______GUAUCCGUAUCAGUAUCAGCAUGCCAGUACAUA____CUAUAUGGACCCA
((((((((.(((((.((.....(((((....))))).....)))))))...(((((...)))))...........))))))))..................................... (-24.72 = -24.76 +   0.04)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 3,382,100 – 3,382,211
Length 111
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.17
Mean single sequence MFE -31.60
Consensus MFE -25.52
Energy contribution -25.72
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.845641
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3382100 111 + 23771897
AUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUUCACUGGCAAUCGUAUCAGUGUUCCUCCUCCGGCGAUCCGAGAGAUGCGAGAUUCACCU
...(((....------(((((...)))))---))).(((.((((((.((((..(((.((...((((((........))))))...)).)))..))))..)))).)).))).......... ( -30.20)
>DroSec_CAF1 49502 111 + 1
AUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAGUGUUUCUCCUCCGGCAAUCCGAGAGAUGCGAGAUUCACCU
.....(((((------(((((...)))))---..((((.....((((((....))))))......))))....))))).(((..((((((((((....))).)))....))))..))).. ( -32.40)
>DroSim_CAF1 47660 111 + 1
AUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAGUGUUUCUCCUCCGGCAAUCCGAGAGAUGCGAGAUUCACCU
.....(((((------(((((...)))))---..((((.....((((((....))))))......))))....))))).(((..((((((((((....))).)))....))))..))).. ( -32.40)
>DroEre_CAF1 48500 110 + 1
AUACGGAUACUGAUACUGAUAGCUUAUCA---CCGCCGCUUCCUUGCUCAUUAGAGCAGCUCCACUGGCAGGCGUAUCAGUGCUUCUCCUCCGGCAAUCCGAGA-------GAUUCACCU
....((.((((((((((((((...)))))---..(((.......(((((....)))))(((.....))).))))))))))))......((((((....))).))-------).....)). ( -34.40)
>DroYak_CAF1 48402 107 + 1
AUACGGAUAC------UGAUAGCUUAUCACCACCGCCGCUUCCUUGCUCAUUAGAGCAGCUCCAAUGGCAAUCGUAUCAGUGUUUCUCCUCCGGCAAUCCGAGA-------GAUUCACCU
.....(((((------(((((...))))).....((((.....((((((....))))))......))))....))))).(((..((((...(((....))).))-------))..))).. ( -28.60)
>consensus
AUACGGAUAC______UGAUAGCUUAUCA___CCGCCGCUUCCUUGCUCGUUAGAGCAGCUCCACUGGCAAUCGUAUCAGUGUUUCUCCUCCGGCAAUCCGAGAGAUGCGAGAUUCACCU
...(((((........(((((...))))).....((((.....((((((....))))))...((((((........)))))).........)))).)))))................... (-25.52 = -25.72 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 3,382,100 – 3,382,211
Length 111
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.17
Mean single sequence MFE -36.44
Consensus MFE -28.32
Energy contribution -29.40
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.56
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.20
SVM RNA-class probability 0.629058
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3382100 111 - 23771897
AGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUCGCCGGAGGAGGAACACUGAUACGAUUGCCAGUGAAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAU
..(((.....))).(((..(((....)))..)))(((..((((((((.((((((.((.....(((((....))))).....)))))))---).....).)))))------)).))).... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 49502 111 - 1
AGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAU
.((((..((((....(((.(((....))))))))))..))))(((((.((((((.((.....(((((....))))).....)))))))---)((((...)))).------)))))..... ( -35.60)
>DroSim_CAF1 47660 111 - 1
AGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAU
.((((..((((....(((.(((....))))))))))..))))(((((.((((((.((.....(((((....))))).....)))))))---)((((...)))).------)))))..... ( -35.60)
>DroEre_CAF1 48500 110 - 1
AGGUGAAUC-------UCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAGCACUGAUACGCCUGCCAGUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGAAGCGGCGG---UGAUAAGCUAUCAGUAUCAGUAUCCGUAU
..((...((-------(..(((....)))..)))...))((((((((..(((((.((.....(((((....))))).....)))))))---(((((...)))))))))))))........ ( -38.20)
>DroYak_CAF1 48402 107 - 1
AGGUGAAUC-------UCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAUUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGAAGCGGCGGUGGUGAUAAGCUAUCA------GUAUCCGUAU
..((...((-------(..(((....)))..)))...))(((((((..((..((((((..(((((((....)))).....)))..))))))..))....)))))------))........ ( -37.10)
>consensus
AGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGAAGCGGCGG___UGAUAAGCUAUCA______GUAUCCGUAU
.((((..((((....(((.(((....))))))))))..))))(((((..(((((.((.....(((((....))))).....)))))))...(((((...)))))......)))))..... (-28.32 = -29.40 +   1.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 3,382,131 – 3,382,248
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.17
Mean single sequence MFE -41.33
Consensus MFE -34.21
Energy contribution -35.29
Covariance contribution 1.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 1.77
SVM RNA-class probability 0.976608
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3382131 117 - 23771897
CUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGG---CUGAAGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUCGCCGGAGGAGGAACACUGAUACGAUUGCCAGUGAAGCUGCUCUAACGAGCAAGGA
...(((((((.....)))))))....(((((((---(....((((..((((....(((.(((....))))))))))..)))).........))))))))...(((((....))))).... ( -42.42)
>DroSec_CAF1 49533 117 - 1
CUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGG---CUGAAGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGA
...(((((((.....)))))))....(((((((---(....((((..((((....(((.(((....))))))))))..)))).........))))))))...(((((....))))).... ( -42.42)
>DroSim_CAF1 47691 117 - 1
CUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGG---CUGAAGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGA
...(((((((.....)))))))....(((((((---(....((((..((((....(((.(((....))))))))))..)))).........))))))))...(((((....))))).... ( -42.42)
>DroEre_CAF1 48537 110 - 1
CUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGG---CUGAAGGUGAAUC-------UCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAGCACUGAUACGCCUGCCAGUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGA
...(((((((.....)))))))....(((((((---(.(..((((..((-------((((((....)))..)))))..))))......)..))))))))...(((((....))))).... ( -40.90)
>DroYak_CAF1 48436 113 - 1
GUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGGCGGCUGAAGGUGAAUC-------UCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAUUGGAGCUGCUCUAAUGAGCAAGGA
((((((((((.....))))))).((.((.(((((((((((..(.....)-------..)))).)))))))..)).)).......)))..((((((((((((...)))))))).))))... ( -38.50)
>consensus
CUAGUGAUUGAGUUCCAGUCGCAUUGUCACUGG___CUGAAGGUGAAUCUCGCAUCUCUCGGAUUGCCGGAGGAGAAACACUGAUACGAUUGCCAGUGGAGCUGCUCUAACGAGCAAGGA
...(((((((.....)))))))....(((((((........((((..((((....(((.(((....))))))))))..))))..........)))))))...(((((....))))).... (-34.21 = -35.29 +   1.08)

alignment

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