Locus 1176

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,367,844 – 3,367,958
Length 114
Max. P 0.735704
window1841

overview

Window 1

Location 3,367,844 – 3,367,958
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.10
Mean single sequence MFE -38.64
Consensus MFE -29.80
Energy contribution -29.12
Covariance contribution -0.68
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.735704
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3367844 114 + 23771897
GAGAGCCCUCUG--UGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAA-AACCCCUGCACCACAC---UCUAUAUGGGAGCCAAGUGGGCGGGGUUGGACUCUUGGUGGCAUAUU
(((....)))((--(((..(((..((....((((((......)))))).((((-...((((((.((((.(---(((.....))))....)))))))))))))).))..)))..))))).. ( -39.40)
>DroSec_CAF1 35170 114 + 1
GAGAGCCCUGUG--UGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAA-AACCCCUGCACCGCAC---UCUAUAUGGGAGCCAAGUGGGCGGGGUUGGACUCUUGGUGGCAUAUU
.........(((--(((..(((..((....((((((......)))))).((((-...((((((.((((.(---(((.....))))....)))))))))))))).))..)))..)))))). ( -38.40)
>DroSim_CAF1 32835 114 + 1
GAGAGCCCUCUG--UGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAA-AACCCCUGCACCGCAC---UCUAUAUGGGAGCCAAGUGGGCGGGGUUGGACUCUUGGUGGCAUAUU
(((....)))((--(((..(((..((....((((((......)))))).((((-...((((((.((((.(---(((.....))))....)))))))))))))).))..)))..))))).. ( -39.00)
>DroEre_CAF1 33892 118 + 1
GAGAGGCCUCUG--UGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAAAAACCCCUGCACUACACUACUCUAUAUGGGAGCCAAGUGGGCGGGGUUGGUCUCUUGGGGGCCUAUU
...((((((((.--((((......))))..((((((......)))))).((((....((((((.((((....((((.....))))....))))))))))))))......))))))))... ( -40.70)
>DroYak_CAF1 33838 116 + 1
GAGAGCCCUCUGUGUGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAA-AACCCCUGCACUACAC---UCGAUAUGGGAGCUAAGUGGGCGGGGUUCGUCUUUGGGGGGUAUACA
(((....))).(((((((((.....))...((((((......))))))(((((-(((((((((.((((.(---((.......)))....))))))))))...)).)))))).))))))). ( -35.70)
>consensus
GAGAGCCCUCUG__UGCUGCUAUAAGCAAAUAUAUGUAAAACCGUAUGCCCAA_AACCCCUGCACCACAC___UCUAUAUGGGAGCCAAGUGGGCGGGGUUGGACUCUUGGUGGCAUAUU
(((....)))....((((......))))...............(((((((....((((((.((.((((.....(((.....))).....))))))))))))..((.....))))))))). (-29.80 = -29.12 +  -0.68) 

alignment

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