Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,355,556 – 3,355,676 |
Length | 120 |
Max. P | 0.617303 |
Location | 3,355,556 – 3,355,676 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.33 |
Mean single sequence MFE | -60.32 |
Consensus MFE | -49.27 |
Energy contribution | -49.97 |
Covariance contribution | 0.70 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -2.00 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.617303 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3355556 120 + 23771897 CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCUGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCUGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA .....((((..((.((((((..((((((((((((.......))))))))))))..))))))...))....))))..(((((((.((((((.(((....))).)))))))))...)))).. ( -65.90) >DroSec_CAF1 22737 120 + 1 CCAUCAUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGUUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCUGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGCGCGAACGGAGGA ...........(((((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...(.(((.(((((((....))(((((...)))))...))))).))).)...))).... ( -53.30) >DroSim_CAF1 20425 120 + 1 CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCUGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA .....((((..((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))....))))..(((((((.((((((.(((....))).)))))))))...)))).. ( -61.30) >DroEre_CAF1 21316 120 + 1 CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGUUGCUCGUACAUGGCAGCCGUUGCUCCCGGUGGAAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGCAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA ((..(((....((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))((.(((((((((......((((...))))....)))))))))))..)))..)). ( -58.80) >DroYak_CAF1 21311 120 + 1 CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGCAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCACCACCACCUGGCAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA ((..(((....((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))((.(((((((((......(((.....)))....)))))))))))..)))..)). ( -61.90) >DroAna_CAF1 23451 120 + 1 CCGUCGUAGUACCUUACCGGCGGAGGCAGUUGUUCGUAUAGGGCAGCCGCAGCGCCUGGAGGCAGGGCUCCAGCUGCUCCCGCCCCGCCGCCAGCGAGCGGCAGCUGGGAAAACGGCGGC (((((((..........((((((.(((.(((((((.....))))))).(((((...(((((......))))))))))....)))))))))(((((........)))))....))))))). ( -60.70) >consensus CCAUCGUAGUACCGCACCGGUGGCGGCAGCUGCUCGUACAUGGCAGCCGCUGCUCCCGGUGGAAGGGCACCAGCUGCUCCCGCUCCAGCUCCUGGAAUCGGCAGCUGGGCGAACGGAGGA ((.((((....((.((((((..(((((.((((((.......)))))).)))))..))))))...))((.((.((((((.....((((.....))))...)))))).))))..)))).)). (-49.27 = -49.97 + 0.70)
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