| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 3,347,941 – 3,348,061 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.731398 |
| Location | 3,347,941 – 3,348,061 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 83.61 |
| Mean single sequence MFE | -49.20 |
| Consensus MFE | -33.54 |
| Energy contribution | -33.30 |
| Covariance contribution | -0.24 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -2.66 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.43 |
| SVM RNA-class probability | 0.731398 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3347941 120 + 23771897 AGAUCUGAUUGCCUGGAUCAACGAGAUGCUGGCCAAGAUCACUGCCCCUGAACUUGCCAACAGUGUAGCGGGAGCAGAGCUUCUCCUGGCCAGCACCAAGGAUCAUGACACGGAGAUUCG .(((((........))))).....(.((((((((((((.(.((((.((((.(((.......)))....)))).)))).)..)))..))))))))).)..(((((..........))))). ( -39.80) >DroVir_CAF1 15695 120 + 1 CGAUCUGGUCGCCUGGAUCAACGAGAUGCUGGCCAAGAUUACGGCGCCCGAGCUGGCCAACAGUGUGGCCGGCGCGGAGCUGUUGCUCGCCAGCAUCAAGGAUCAUCAUGCCGAGAUACG (((((((((......((((.....(((((((((..((...(((((..(((.((((((((......)))))))).))).)))))..)).)))))))))...)))).....))).)))).)) ( -57.70) >DroGri_CAF1 15376 120 + 1 CGAUCUGAUUGCCUGGAUCAAUGAGAUGCUGGCCAAGAUUACGGCUCCCGAGCUGGCAACAAGUGUGGCCGGUGCGGAACUACUCCUUGCCAGCAUCAAGGAUCAUCAUGCCGAGAUACG .(((((((((.....)))).....(((((((((.(((.....((.(((...((((((.((....)).))))))..))).))....))))))))))))..)))))................ ( -41.40) >DroWil_CAF1 13758 120 + 1 CGAUCUGAUUGCCUGGAUCAAUGAGAUGUUGGCCAAGAUUACAGCCCCCGAACUGGCCAACAGUGUGGCUGGAGCUGAACUUCUCUUGGCUAGCAUCAAGGAUCAUCAUGCCGAAAUUCG .(((((((((.....)))).....((((((((((((((...(((((((((.((((.....)))).)))..)).))))......))))))))))))))..)))))................ ( -44.20) >DroMoj_CAF1 13053 120 + 1 UGAUCUGAUUGCCUGGAUCAAUGAGAUGCUGGCCAAGAUCACGGCUCCGGAGCUGGCCACCAGUGUGGCCGGUGCGGAGUUGUUGCUGGCCAGUAUUAAGGAUCAUCAUGCCGAGAUCCG ((((((........))))))....(((((((((((.(...(((((((((..(((((((((....))))))))).)))))))))..))))))))))))..(((((.((.....))))))). ( -63.00) >DroAna_CAF1 13423 120 + 1 CGACCUCAUCGCCUGGAUCAACGAGAUGCUGGCCAAGAUCACAGCCCCCGAGCUGGCCACCAGCGUGGCUGGAGCUGAGCUCCUUUUGGCCAGCACCAAGGAUCAUGACACGGAGAUCCG ..............(((((..((.(.((((((((((((...((((......))))(((((....))))).(((((...))))))))))))))))).)..(........).))..))))). ( -49.10) >consensus CGAUCUGAUUGCCUGGAUCAACGAGAUGCUGGCCAAGAUCACGGCCCCCGAGCUGGCCAACAGUGUGGCCGGAGCGGAGCUGCUCCUGGCCAGCAUCAAGGAUCAUCAUGCCGAGAUACG .(((((........))))).....(((((((((((......(((((.....((((.....))))..)))))(((......)))...)))))))))))..(((((..........))))). (-33.54 = -33.30 + -0.24)
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