Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,339,013 – 3,339,133 |
Length | 120 |
Max. P | 0.506785 |
Location | 3,339,013 – 3,339,133 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.39 |
Mean single sequence MFE | -49.88 |
Consensus MFE | -35.06 |
Energy contribution | -34.87 |
Covariance contribution | -0.19 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.61 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | -0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.506785 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3339013 120 + 23771897 AAAUUGCCAGCACCACAGAAGCAGUGCGAGAACUGCAGCAACAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCCCAUCUCUUGGGAGUGGAAGAACUACUGCAGGCGCAUUCGCUGCAGGAACUCC .........((((..(....)..))))(((..(((((((...(((((.(((((.((((.((((....)))).)))).)))).)...)))))..(((....)))...)))))))...))). ( -45.40) >DroVir_CAF1 6767 120 + 1 AGAUCGCCGGCACGACGGAAUCGGUGCGUGAGCUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCGCAUUUGCUGGGCGUUGAAGAGCUGCUGCAGGCCCAUUCGCUGCAGGAGCUGC ....(((((((.........((((.(.(((((((((....)))))))))).))))(((((((....)))))))))).))))......((((.((((((.(......))))))).)))).. ( -54.20) >DroGri_CAF1 6442 120 + 1 AAAUUGCCAGCACAACGGAAUCGGUGCGUGAACUGCAGCAACAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGCCCGCAUCUACUGGGUGUUGAGGAGCUGUUGCAGGCGCACUCGCUGCAGGAGUUGC .......((((((..(((..((((.(.((((((((......))))))))).))))(((((((....))))))).))).)))))).(.((((.((((((.((....)))))))).)))).) ( -50.90) >DroWil_CAF1 4795 120 + 1 AGAUUGCCAGUACCACAGAGUUGGUGAGGGAACUGCAACAGCAAUUUGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCACAUUUAUUGGGUGUCGAGGAGUUGCUGCAGGCGCACUCCUUGCAAGAAUUGC ......((..(((((......)))))..))..........(((((((...((((((((((((....))))))).)))))((.(((((((((((.....))).)))))))))).))))))) ( -40.60) >DroMoj_CAF1 4125 120 + 1 AGAUCGCCAGCACGACGGAAUCAGUGCGAGAGCUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCACAUCUAUUGGGUGUCGAGGAGCUGCUGCAGGCCCAUUCACUGCAGGAGCUGC .((.((((.((((..........))))..(((((((....))))))).....((((((((((....))))))).)))))))))..(.((((.((((((.........)))))).)))).) ( -50.80) >DroAna_CAF1 4557 120 + 1 AGAUAGCCGGCACCACGGAGUCCGUGCGUGAGCUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGACGUGGGCCCACAUCUGCUGGGUGUGGAGGAGCUGUUGCAGGCUCACUCCCUCCAGGAGCUGC .......((((..(((((...))))).(((((((...(((((((((((((..((....))..)))(((((((.....)))))))..)))))))))).)))))))(((.....))))))). ( -57.40) >consensus AGAUUGCCAGCACCACGGAAUCGGUGCGUGAACUGCAGCAGCAGUUCGCCUCCGAGGAUGUGGGUCCACAUCUACUGGGUGUCGAGGAGCUGCUGCAGGCGCACUCGCUGCAGGAGCUGC ............((((.............(((((((....)))))))((((....(((((((....)))))))...))))))))...((((.((((((.........)))))).)))).. (-35.06 = -34.87 + -0.19)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:00:29 2006