Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,332,363 – 3,332,480 |
Length | 117 |
Max. P | 0.961967 |
Location | 3,332,363 – 3,332,480 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 95.21 |
Mean single sequence MFE | -23.32 |
Consensus MFE | -22.66 |
Energy contribution | -23.02 |
Covariance contribution | 0.36 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.97 |
SVM decision value | 1.53 |
SVM RNA-class probability | 0.961967 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3332363 117 + 23771897 UUAAAGUAUCAUUUAAUUCGGGAUUUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCGUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACAAAAUGCUAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUCUUACACA .....((((((((((.............))))))))))((((((......((((((((.(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).).)))))))......)))))). ( -24.42) >DroSec_CAF1 20276 117 + 1 UUAAAGUAUCAUUUAAUUCGGGAUUUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCGUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACAAAAUGCUAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUCUUACACG .....((((((((((.............))))))))))((((((......((((((((.(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).).)))))))......)))))). ( -24.42) >DroSim_CAF1 13082 117 + 1 UUAAAGUAUCAUUUAAUUCGGGAUUUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCGUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACAAAAUGCCAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUCUUACACG .....((((((((((.............))))))))))((((((......((((((((.(((((.(((..((((.....))))..))).))))).).)))))))......)))))). ( -22.12) >DroEre_CAF1 20734 117 + 1 UUAAAGCAUCACUUAAUUCUGGAAUUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCAUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACGAAAUGCUAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUUUUACACG ....((((...((.......))...)))).........((((((....(((((....(.(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).)...)))))......)))))). ( -21.00) >DroYak_CAF1 15710 117 + 1 UCAAAGUAUCAUUUAAUUCUGAAACUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCAUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACAAAAUGCUAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUUUUACACG .....((((((((((.............))))))))))((((((....(((((....(.(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).)...)))))......)))))). ( -24.62) >consensus UUAAAGUAUCAUUUAAUUCGGGAUUUGCUAAAUGAUAUGUGUGACUUAGCGUAUGGGCCAUAAAAAUUAAGCAUACAAAAUGCUAAAUGUUUAUUGAUUUAUGCAAAUUCUUACACG .....((((((((((.............))))))))))((((((....(((((....(.(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).)...)))))......)))))). (-22.66 = -23.02 + 0.36)
Location | 3,332,363 – 3,332,480 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.21 |
Mean single sequence MFE | -19.91 |
Consensus MFE | -18.80 |
Energy contribution | -18.08 |
Covariance contribution | -0.72 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.94 |
SVM decision value | 1.16 |
SVM RNA-class probability | 0.924248 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3332363 117 - 23771897 UGUGUAAGAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUAGCAUUUUGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUACGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAAAUCCCGAAUUAAAUGAUACUUUAA (((((..((....((........(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).........))....)))))))((((((((((...........))))))))))...... ( -18.93) >DroSec_CAF1 20276 117 - 1 CGUGUAAGAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUAGCAUUUUGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUACGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAAAUCCCGAAUUAAAUGAUACUUUAA .((((..((....((........(((((.(((.(((((.....))))).))).))))).........))....)))))).((((((((((...........))))))))))...... ( -18.73) >DroSim_CAF1 13082 117 - 1 CGUGUAAGAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUGGCAUUUUGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUACGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAAAUCCCGAAUUAAAUGAUACUUUAA .(((((((((((.(((((..((((.......)))).......)))))..))))))).((((......))))....)))).((((((((((...........))))))))))...... ( -19.00) >DroEre_CAF1 20734 117 - 1 CGUGUAAAAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUAGCAUUUCGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUAUGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAAUUCCAGAAUUAAGUGAUGCUUUAA .((((....(((((((((.....(((((.(((.(((((.....))))).))).)))))......))))).)))).)))).((((((((((...........))))))))))...... ( -21.30) >DroYak_CAF1 15710 117 - 1 CGUGUAAAAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUAGCAUUUUGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUAUGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAGUUUCAGAAUUAAAUGAUACUUUGA .((((....(((((((((.....(((((.(((.(((((.....))))).))).)))))......))))).)))).)))).((((((((((...........))))))))))...... ( -21.60) >consensus CGUGUAAGAAUUUGCAUAAAUCAAUAAACAUUUAGCAUUUUGUAUGCUUAAUUUUUAUGGCCCAUACGCUAAGUCACACAUAUCAUUUAGCAAAUCCCGAAUUAAAUGAUACUUUAA .(((((((((((.(((((......(((....)))........)))))..))))))).((((......))))....)))).((((((((((...........))))))))))...... (-18.80 = -18.08 + -0.72)
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