Locus 114

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	382,473 – 382,574
Length	101
Max. P	0.819307

overview

Window 2

Location	382,473 – 382,574
Length	101
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.02
Mean single sequence MFE	-22.48
Consensus MFE	-22.04
Energy contribution	-21.80
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.29
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.819307
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 382473 101 + 23771897
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUGGCUUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCUA
.(((((((.......(((((.....)))))(((((((((((.....))))...))))))))))))))...(((((.....((((.....))))..))))). ( -22.10)
>DroSec_CAF1 36569 101 + 1
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUAGCUUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCUA
.(((((((.......(((((.....)))))(((((((((((.....))))...))))))))))))))...(((((.....((((.....))))..))))). ( -22.10)
>DroSim_CAF1 37321 101 + 1
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUGGCUUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCUA
.(((((((.......(((((.....)))))(((((((((((.....))))...))))))))))))))...(((((.....((((.....))))..))))). ( -22.10)
>DroEre_CAF1 39992 101 + 1
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUGGCCUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCUU
.((((((((.(((..(((((.....)))))((..(((((((.....))))))).)))))))))))))......((((((.((((.....)))))))))).. ( -23.10)
>DroYak_CAF1 38529 101 + 1
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUGGCCUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCCU
.((((((((.(((..(((((.....)))))((..(((((((.....))))))).)))))))))))))...((.((((((.((((.....)))))))))))) ( -23.00)
>consensus
AAGAUUGCGGCAGUUUAAAUUAAUUAUUUAGCAAGCUGGAAAAUUAUUCUAGUGGCUUGUGCGAUUUAUCAGCGUGUUAUGUAUUAUGUAUGCUAAUGCUA
.((((((((.(((..(((((.....)))))((..(((((((.....))))))).)))))))))))))......((((((.((((.....)))))))))).. (-22.04 = -21.80 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	382,473 – 382,574
Length	101
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.02
Mean single sequence MFE	-13.29
Consensus MFE	-12.65
Energy contribution	-12.41
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.17
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.554265
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 382473 101 - 23771897
UAGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAAGCCACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
..((((((((..................)))))).....((((((((.....(((.....)))..))))).(((((.....)))))...))).))...... ( -12.57)
>DroSec_CAF1 36569 101 - 1
UAGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAAGCUACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
..((((((((..................)))))).....(((((((((....(((.....))).)))))).(((((.....)))))...))).))...... ( -14.37)
>DroSim_CAF1 37321 101 - 1
UAGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAAGCCACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
..((((((((..................)))))).....((((((((.....(((.....)))..))))).(((((.....)))))...))).))...... ( -12.57)
>DroEre_CAF1 39992 101 - 1
AAGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAGGCCACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
..((((((((..................))))))..........(((...((((.(((((....((....))....))))).))))....)))))...... ( -13.27)
>DroYak_CAF1 38529 101 - 1
AGGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAGGCCACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
.(((((((((..................))))))........(((((.....(((.....)))..)))))....................)))........ ( -13.67)
>consensus
UAGCAUUAGCAUACAUAAUACAUAACACGCUGAUAAAUCGCACAAGCCACUAGAAUAAUUUUCCAGCUUGCUAAAUAAUUAAUUUAAACUGCCGCAAUCUU
..((((((((..................)))))).....((((((((.....(((.....)))..))))).(((((.....)))))...))).))...... (-12.65 = -12.41 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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