Locus 1119

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,277,416 – 3,277,533
Length 117
Max. P 0.777773
window1737

overview

Window 7

Location 3,277,416 – 3,277,533
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.79
Mean single sequence MFE -34.12
Consensus MFE -27.99
Energy contribution -28.03
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.777773
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3277416 117 - 23771897
AAUUUUAUAGUAUGGUGUGGUUGUAUCAUGCCAUAUGAUUCUUCUAGAGAUGGGCAAACUAAAAUUCGACAGGGUUCAUUGGCUUGGCCCUGGGCGAUUUGCGUGGAAGGAUUAUGC
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>DroSec_CAF1 7561 117 - 1
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>DroSim_CAF1 8223 117 - 1
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>DroEre_CAF1 7507 114 - 1
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>DroYak_CAF1 7866 117 - 1
AAUUUUAUAGUGUGUUGCUGUGGUAUCAUGCUAUAUGAUUCUUCUAGAGAUGGGCAAACCAAAAUUCGACAGGGUUCAUUGGCUUGGCCCUGGGCGAUUUGCGUGGAAGGAUUAUGC
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>consensus
AAUUUUAUAGUAUGGAGUGGUGGUAUCAUGCCAUAUGAUUCUUCUAGAGAUGGGCAAACUAAAAUUCGACAGGGUUCAUUGGCUUGGCCCUGGGCGAUUUGCGUGGAAGGAUUAUGC
.........(((((............)))))..((((((((((((......(.(((((.......(((.((((((.((......))))))))..)))))))).))))))))))))). (-27.99 = -28.03 +   0.04)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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