Locus 1106

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	3,234,550 – 3,234,657
Length	107
Max. P	0.971386

overview

Window 0

Location	3,234,550 – 3,234,657
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.42
Mean single sequence MFE	-39.95
Consensus MFE	-35.38
Energy contribution	-35.54
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-5.36
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.34
SVM RNA-class probability	0.944256
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3234550 107 + 23771897
UA------UAGUUUCCUUCUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUUCGAA--AGCCGAUCAGACAUAGCCUAUAAGAGGUUAGGUGUACCAAGGCGAACAA-UCAG--C-G
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>DroGri_CAF1 14818 107 + 1
--------GGAAUUCCUUAUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCACUUUUUCAAUUCAAUCAGACAUAGCCUAUGAGAGGUUAGGUGUACAAAUGGAU-CAAAGCAA--C-A
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>DroWil_CAF1 38118 101 + 1
UA------AUAUAUCCUUAUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUUUGGA-------UUCAGACAUAGCCUAUGAGAGGUUAGGUGUACCAAGGAGAAAAU-ACAA--C--
..------.....(((((....(((((((((((..((((((.((((((..(.....).-------..)))))).))))))..))))))))))).....)))))......-....--.-- ( -39.90)
>DroYak_CAF1 14160 113 + 1
CGUUAUAUCAGUUUCCUUAUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUACGAA--AGCCGAUCAGACAUAGCCUAUAAGAGGUUAGGUGUACCAAGGUGAAAAA-UCAG--C-G
((((.......((.((((....(((((((((((..((((((.((((((......(...--.).....)))))).))))))..))))))))))).....)))).))....-..))--)-) ( -40.22)
>DroMoj_CAF1 13516 105 + 1
--------GCAUUUCCUUAUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUUUGAU--AUAAGAUCAGACAUAGCCUAUGAGAGGUUAGGUGUAGCAAGGGGU-CAA-ACAG--CAG
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>DroAna_CAF1 14532 109 + 1
GA------AAAUUUCCUUAUAGAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUUCGAA--AGUCGAUCAGACAUAGCCUAUAAGAGGUUAGGUGUACCAAGGCGACAAG-ACAUCAC-A
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>consensus
_A______AAAUUUCCUUAUAAAUCUAGCCUCUACUAGGCUUUGUCUGUGCAUUCGAA__AGCCGAUCAGACAUAGCCUAUAAGAGGUUAGGUGUACCAAGGCGAAAAA_ACAG__C_G
..............((((.((.(((((((((((..((((((.((((((...................)))))).))))))..))))))))))).))..))))................. (-35.38 = -35.54 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	3,234,550 – 3,234,657
Length	107
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.42
Mean single sequence MFE	-33.24
Consensus MFE	-29.14
Energy contribution	-29.64
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.56
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.67
SVM RNA-class probability	0.971386
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3234550 107 - 23771897
C-G--CUGA-UUGUUCGCCUUGGUACACCUAACCUCUUAUAGGCUAUGUCUGAUCGGCU--UUCGAAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAGAAGGAAACUA------UA
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>DroGri_CAF1 14818 107 - 1
U-G--UUGCUUUG-AUCCAUUUGUACACCUAACCUCUCAUAGGCUAUGUCUGAUUGAAUUGAAAAAGUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAUAAGGAAUUCC--------
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>DroWil_CAF1 38118 101 - 1
--G--UUGU-AUUUUCUCCUUGGUACACCUAACCUCUCAUAGGCUAUGUCUGAA-------UCCAAAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAUAAGGAUAUAU------UA
--.--....-......((((((......(((.(((((..((((((.((((((..-------..........)))))).))))))..))))).))).....)))))).....------.. ( -33.00)
>DroYak_CAF1 14160 113 - 1
C-G--CUGA-UUUUUCACCUUGGUACACCUAACCUCUUAUAGGCUAUGUCUGAUCGGCU--UUCGUAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAUAAGGAAACUGAUAUAACG
.-.--.(((-....)))(((((......(((.(((((..((((((.((((((....((.--.......)).)))))).))))))..))))).))).....))))).............. ( -35.00)
>DroMoj_CAF1 13516 105 - 1
CUG--CUGU-UUG-ACCCCUUGCUACACCUAACCUCUCAUAGGCUAUGUCUGAUCUUAU--AUCAAAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAUAAGGAAAUGC--------
...--....-...-...(((((.((...(((.(((((..((((((.((((((.......--..........)))))).))))))..))))).)))...)))))))......-------- ( -30.33)
>DroAna_CAF1 14532 109 - 1
U-GUGAUGU-CUUGUCGCCUUGGUACACCUAACCUCUUAUAGGCUAUGUCUGAUCGACU--UUCGAAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUCUAUAAGGAAAUUU------UC
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>consensus
C_G__CUGU_UUGUUCCCCUUGGUACACCUAACCUCUCAUAGGCUAUGUCUGAUCGACU__UUCAAAUGCACAGACAAAGCCUAGUAGAGGCUAGAUUUAUAAGGAAAUUC______U_
.................(((((......(((.(((((..((((((.((((((...................)))))).))))))..))))).))).....))))).............. (-29.14 = -29.64 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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