Locus 1097

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	3,203,266 – 3,203,404
Length	138
Max. P	0.999547

overview

Window 6

Location	3,203,266 – 3,203,364
Length	98
Sequences	5
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.39
Mean single sequence MFE	-40.40
Consensus MFE	-36.62
Energy contribution	-38.02
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	3.71
SVM RNA-class probability	0.999547
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3203266 98 - 23771897
UGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUAUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGACGAGUAUGCGGCACAGGCC
((((((.(((((((((((..(((...))).......(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).)))))))))))))).)))))).... ( -48.50)
>DroSec_CAF1 22145 98 - 1
UGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUAUACAGGUGCACCAUCUGCCCGUCAACGAGUAUGCGGCACAGGCC
((((((.(((((((((.((((((...)))).))...(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).)))..))))))))).)))))).... ( -41.50)
>DroEre_CAF1 21414 98 - 1
UGCGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGAUGGGCAUUGUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGACGAGUAUGCGGCACAGACC
((.(((.(((((((((((..(((...))).......(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).)))))))))))))).))).)).... ( -45.50)
>DroYak_CAF1 20544 98 - 1
UGCGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUGUACAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGACAAGUAUGCGGCACAGACC
...((((.((....(((((..((.((((((......(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).)))))))))))..))))))))))). ( -40.10)
>DroAna_CAF1 21601 98 - 1
UGUGUCUUGUACUCGUCAUUGGCGUUGUCGUACUCGGCAUGCAAGUGAGCGUUGUAUAGAUGCACCAUUUGUCCCUCAACGAGAAUCCUGCAGAGACC
...(((((((((((((((((.((((.((((....)))))))).)))))(((((.....)))))................)))).....)))).)))). ( -26.40)
>consensus
UGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUGUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGACGAGUAUGCGGCACAGACC
((((((.(((((((((((..(((...))).......(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).)))))))))))))).)))))).... (-36.62 = -38.02 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,203,284 – 3,203,404
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.50
Mean single sequence MFE	-44.20
Consensus MFE	-36.24
Energy contribution	-35.00
Covariance contribution	-1.24
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.75
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.862272
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3203284 120 - 23771897
UUCAAUGAAUUGAGCAGUAUCGAAGGCCUGAAUAACGCGAUGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUAUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGAC
.((((....))))(.((((.(((..(((.....(((((((.(((.....)))))).)))))))....))))))).)(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).))).... ( -41.20)
>DroSec_CAF1 22163 120 - 1
CUCAAUGAAUUGAGCAGUAUCGAAGGCCUGAAUGACGCGAUGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUAUACAGGUGCACCAUCUGCCCGUCAAC
(((((....))))).((((.(((..(((..(((((((....(((.....))).))))))))))....)))))))..(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).))).... ( -41.30)
>DroEre_CAF1 21432 120 - 1
CUCAAUGAAUUGAGCAGUGUCGAAGGCCUGGAUGACGCGAUGCGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGAUGGGCAUUGUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGAC
(((((....)))))(((((((((.(((..(...(((((...))))).....)..))).)))))))))......((.(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).))).)). ( -47.80)
>DroYak_CAF1 20562 120 - 1
CUCAAUAAAUUGAGCAGUGUCAAAGGCCUGGAUGACGCGAUGCGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUGUACAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGAC
(((((....)))))(((((((((.(((..(...(((((...))))).....)..))).)))))))))......((.(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).))).)). ( -47.50)
>DroAna_CAF1 21619 120 - 1
UUCGAUAAACUGGGCCGUAUCGAACGCCUGGAUGACUCGGUGUGUCUUGUACUCGUCAUUGGCGUUGUCGUACUCGGCAUGCAAGUGAGCGUUGUAUAGAUGCACCAUUUGUCCCUCAAC
...(((((((..(((.((.....)))))..).......(((((((((.((((.(((((((.((((.((((....)))))))).))))).))..))))))))))))).))))))....... ( -43.20)
>consensus
CUCAAUGAAUUGAGCAGUAUCGAAGGCCUGGAUGACGCGAUGUGUCUUGUACUCGUCGUUGGCAUUGUCGUACUCCGCGUGCAGGUGGGCAUUGUAUAGGUGCACCAUCUGCCCGCCGAC
(((((....)))))..(((.(((..(((..(((((((.(.(((.....)))).))))))))))....))))))...(((.(((((((((((((.....))))).)))))))).))).... (-36.24 = -35.00 +  -1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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