Locus 1092

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	3,195,588 – 3,195,748
Length	160
Max. P	0.757416

overview

Window 9

Location	3,195,588 – 3,195,708
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.89
Mean single sequence MFE	-40.59
Consensus MFE	-23.66
Energy contribution	-23.58
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-2.01
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.662751
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3195588 120 - 23771897
CGUGGACACCCACAAGCGGGUGCUACGUAUCUUCUGUCGGGAAAAAGCUCCAGUGGGUGGCAUAUCCGUUAAGGAGCAUUUCGAGAUUAAUGUGGCUCCUAUUACAAUAGCCAUAACGAA
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>DroVir_CAF1 16096 120 - 1
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>DroGri_CAF1 17773 120 - 1
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>DroWil_CAF1 14704 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 14238 120 - 1
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>DroAna_CAF1 13980 120 - 1
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>consensus
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,195,628 – 3,195,748
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.94
Mean single sequence MFE	-45.41
Consensus MFE	-26.84
Energy contribution	-26.73
Covariance contribution	-0.10
Combinations/Pair	1.53
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.49
SVM RNA-class probability	0.757416
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3195628 120 - 23771897
GCGAUGUUUUGCUGGCCACUGAAAUCCAAAAAGACAUGCCCGUGGACACCCACAAGCGGGUGCUACGUAUCUUCUGUCGGGAAAAAGCUCCAGUGGGUGGCAUAUCCGUUAAGGAGCAUU
((.......(((((.((((((...........((((....(((((.(((((......)))))))))).......))))(((......))))))))).)))))..(((.....)))))... ( -41.20)
>DroVir_CAF1 16136 120 - 1
GCGAUGUGCUGCUGGCCACGGAAAUACAGAAGGAUAUGCCCGUGGACACGCACAAGCGUGUGCUGCGCAUCUUUUGCCGCGAGAAGCCGCCCGUAGGCGGCAUUUCAGUUAAAGAUCACU
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>DroGri_CAF1 17813 120 - 1
GGGAUGUCCUGCUCGCCACAGAGAUACAGAAGGAUAUGCCCGUGGACACGCAUAAGCGGGUGUUGCGCAUCUUCUGUCGCGAGAAGCCGCCAGUGGGUGGCAUUUCGGUUAAGGAUCACU
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>DroWil_CAF1 14744 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 14278 120 - 1
GUGACGUUCUGCUGGCCACGGAGAUACAGAAAGACAUGCCCGUGGAUACGCAUAAGCGUGUGCUACGCAUCUUUUGCCGCGAGAAGCCGCCGGUUGGCGGCAUUUCCGUAAAGGACCACU
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>DroAna_CAF1 14020 120 - 1
GGGAUGUGCUAUUGGCCACGGAGAUUCAGAAGGACAUGCCGGUGGACACUCACAAGCGAGUGCUCCGCAUCUUCUGCAGGGAGAAGGCACCAGUCGGUGGUAUAUCCGUGAAGGAGCACU
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>consensus
GCGAUGUCCUGCUGGCCACGGAAAUACAGAAGGACAUGCCCGUGGACACGCACAAGCGUGUGCUACGCAUCUUCUGCCGCGAGAAGCCGCCAGUGGGUGGCAUUUCCGUUAAGGAGCACU
...(((((((.(((............))).)))))))...(((((.(((((......))))))))))....((((.....((((.((((((....)))))).)))).....))))..... (-26.84 = -26.73 +  -0.10)

alignment

secondary structure

dotplot

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