Locus 1082

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,160,413 – 3,160,525
Length 112
Max. P 0.987212
window1674

overview

Window 4

Location 3,160,413 – 3,160,525
Length 112
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.58
Mean single sequence MFE -45.58
Consensus MFE -35.46
Energy contribution -35.85
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.93
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 2.07
SVM RNA-class probability 0.987212
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3160413 112 - 23771897
CCUUAAGGUUGGCGUGGCUGGACAGCCACCGCCCGCUAUUACGUGGCUUCAUGAGGGCGAGGUCAUUGCUCCGGGUGGACGCUUUGAGGUGGGUCAUCUUACCGGUCU-------UUUU
((........(((((((((....)))).(((((((((((...))))).....(.((((((.....))))))))))))))))))....((((((....))))))))...-------.... ( -42.10)
>DroGri_CAF1 7888 90 - 1
UCUCAAGGUGGGCGUUGCUGGACAGCCACCACCCGCCAUUACUUGGUUGCAUGAGGGUGAAGUCAUCCCGCCGGGCGGUCGCUUUGAGGU-----------------------------
((((((((((((((((....))).)))(((.(((((((.....)))).....(.(((((....))))))...))).))))))))))))).----------------------------- ( -36.80)
>DroSec_CAF1 7393 101 - 1
CCUCAAAGUGGGCGUGGCUGGACAGCCACCGCCCGCUAUUACGUGGCUCCAUGAGGGCGAGGUCAUCGCUCCAGGUGGACGCUUUGAGGUGGGUCAUCU------------------UU
(((((((((((((((((((....))))).)))))(((((...)))))(((((..((((((.....)))).))..))))).)))))))))..........------------------.. ( -49.00)
>DroEre_CAF1 8468 119 - 1
CUUAAAAGUGGGUGUGGCUGGACAGCCACCGCCCGCUAUUACGUGGCUCCAUGAGGGCGAGGUCAUUGCUCCGGGUGGACGCUUUGAGGUGGGUAGUCUUACCCUGCUCUACCCCUUUU
..(((.(((((((((((((....))))).)))))))).)))((((....)))).((((((.....)))).))(((((((.((...(.((((((....))))))).)))))))))..... ( -52.50)
>DroYak_CAF1 8005 115 - 1
CCUCAAAGUGGGUGUGGCUGGACAGCCACCGCCCGCUAUUACGUGGCUCCAUGAGGGCGAGGUCAUCGCUCCGGGUGGACGCUUUGAGGUGGGUAAUAUUACCCUGCUGUUACCC----
((((((((((....(((((....)))))(((((((......((((....)))).((((((.....))))))))))))).)))))))))).((((((((.........))))))))---- ( -55.50)
>DroPer_CAF1 24010 112 - 1
UCUGAAGGUCGGCAUUGCCGGACAGCCGCCGCCGGCCAUUAGCUGGCUCCAUGAGGGCGAAGUGAUUGCCCCUGGUGGACGAUUCGAGGUAUUUUACUAUACACGUAU-------UUUU
..(((((..((((...))))..).((((((((((((.....)))))).......((((((.....))))))..))))).)..))))..((((......))))......-------.... ( -37.60)
>consensus
CCUCAAAGUGGGCGUGGCUGGACAGCCACCGCCCGCUAUUACGUGGCUCCAUGAGGGCGAGGUCAUCGCUCCGGGUGGACGCUUUGAGGUGGGUAAUCUUACCC__CU_________UU
(((((((((((((((((((....))))).)))))))).......((((((((..((((((.....)))).))..))))).))))))))).............................. (-35.46 = -35.85 +   0.39)

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