Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,128,437 – 3,128,557 |
Length | 120 |
Max. P | 0.587062 |
Location | 3,128,437 – 3,128,557 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.17 |
Mean single sequence MFE | -43.20 |
Consensus MFE | -28.38 |
Energy contribution | -28.47 |
Covariance contribution | 0.09 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.587062 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 3128437 120 + 23771897 AUGUCGCCUGCUCUUUGCCGCUCACUGUCUGCUGUAUACGCCAGAGAACGAGCACUUCGGCAUUGUGCCGCUGGAGGGCAUGUACUGCUCGAAGCCAGUCGUGGCAUUAAACAGCGGCGG .....(((.((.....)).((((..(.((((.((....)).)))).)..)))).....)))....((((((((..(((((.....)))))...((((....))))......)))))))). ( -44.30) >DroVir_CAF1 34148 120 + 1 AUGCCGACUAUUGUAUUUCGCACACUGCCUGCUCUACACGCCCGAGAACGAACACUUUGGCAUUGUGCCCCUGGAGGGCAUGUACUUCUGCAAGCCGGUGGUGGCCCUCAACAGCGGAGG ...(((.((.(((......((.(((..((.(((......(((.(((........))).)))...((((((.....))))))...........))).))..)))))...))).)))))... ( -37.90) >DroPse_CAF1 13595 120 + 1 GUGUCGCCUGCUGUAUGCCGCCCACUGUCUGCUCUACACCCCAGAGAACGAGCACUUUGGCAUCGUCCCCUUGGAGGGAAUGUAUUUCUCCAAGCCGGUGGUGGCCCUCAACAGCGGCGG ....((((.(((((..((((((.((((....((((.......)))).((((((......)).))))...(((((((..(.....)..))))))).)))))))))).....))))))))). ( -47.00) >DroGri_CAF1 17974 120 + 1 AUGCCAUCUACUGUUUGAAGCACAUUGUCUGCUUUAUACGCCGGAGAACGAACACUUUGGCAUUGUGCCGCUGGAGGGCAUGUAUUUCUCUAAGCCAGUGGUGGCUCUGAACAGUGGUGG ...(((.(((((((((..(((.(((..(..((((.(((((((((((........)))))))...(((((.......)))))))))......))))..)..))))))..)))))))))))) ( -45.70) >DroWil_CAF1 24156 120 + 1 GUGCCGGUUACUCUAUUCAGCCCACUGUCUGCUAUACACGCCCGAUAAUGAACAUUUUGGCAUCGUUCCAUUGGAGGGCAUGUAUUUUACCAAGCCGAUAGUGGCAUUGAAUAGUGGUGG ........((((((((((((.((((((((.((((((((.((((..((((((((...........))).)))))..)))).))))).......))).))))))))..)))))))).)))). ( -42.51) >DroMoj_CAF1 17687 120 + 1 AUGCAAUUUGCUGUAUUCCGCACAUUGUCUGCUCUAUACGCCGGAGAACGAGCACUUUGGCAUUGUGCCACUGGAGGGCAUGUAUUUCUGCAAGCCGGUGGUGGCUCUGAACAGUGGUGG (((((......))))).((((.(((((((.(((......(((((((........))))))).....((((((((...(((........)))...)))))))))))...).)))))))))) ( -41.80) >consensus AUGCCGCCUACUGUAUGCCGCACACUGUCUGCUCUACACGCCAGAGAACGAACACUUUGGCAUUGUGCCACUGGAGGGCAUGUAUUUCUCCAAGCCGGUGGUGGCACUGAACAGCGGUGG ...(((((.(((((.....((.(((..((.(((......(((..((........))..)))..((((((.......))))))..........))).))..))))).....)))))))))) (-28.38 = -28.47 + 0.09)
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