Locus 1010

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 3,000,239 – 3,000,357
Length 118
Max. P 0.879667
window1561 window1562

overview

Window 1

Location 3,000,239 – 3,000,357
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.20
Mean single sequence MFE -37.90
Consensus MFE -25.29
Energy contribution -28.60
Covariance contribution 3.31
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.508796
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3000239 118 + 23771897
UGUCAGAUCCCACGACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGUAGAUACUGUGGAUGUGAUCUGGCAUAGAGAAGCCCUGCAGAGAGGAAUGAUCCAAGGGCAGGGACUCGAUUCCUAC
(((((((((..(((.((((((..(((.....)))(((......))).)))))).))))))))))))..(((...((((((.....(((....)))....)))))).)))......... ( -45.30)
>DroSec_CAF1 34580 118 + 1
UGUCAGAUCCCACGACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGAAGAUACUGUGGAUGUGAUCUGGCAUAGAGAAGCCCUGCAGAGAGGAAUGAUCCAGAGGCAGGGACUCGAUUCCCAC
(((((((((..(((.((((((..(((.....)))(((......))).)))))).))))))))))))..(((...((((((.....(((....)))....)))))).)))......... ( -45.30)
>DroSim_CAF1 35120 118 + 1
UGUCAGAUCCCACGACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGAAGAUACUGUGGAUGUGAUCUGGCAUAGAGAAGCCCUGCAGAGAGGAAUGAUCCAAGGGCAAGGACUCGAUUCCCAC
(((((((((..(((.((((((..(((.....)))(((......))).)))))).))))))))))))..(((...((.(((.....(((....)))....))).)).)))......... ( -38.80)
>DroEre_CAF1 37195 118 + 1
UGUCAGUUCCGACCACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGUAGAUACUGUGGAUGUGAUCUGGCAUAGAAAAGCCCUGCAGCGAGGAAUGAUCCAGGGGCAGGGAAUCGAUGCCCAC
.(((......)))..((((((..(((.....)))(((......))).)))))).........(((((.((....((((((..(..(((....))).)..))))))..)).)))))... ( -38.30)
>DroYak_CAF1 34936 118 + 1
UGUCAGCACCCACCACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGAAGAUACUGUGUAUGUGAUCUGGCAUGGAAAAUCCCUGCAAGGAGGAAUGAUCCAGUGGCAUGGACUCGAUACCCAC
((((((....(((...(((((..(((.....)))(((......))).)))))...)))..))))))(((....(((((....)).))).(((((((......)))).)))....))). ( -29.40)
>DroPer_CAF1 37361 112 + 1
UGU------CGACGGCCACGGCGCCCACAUUCGCAUCUAAGUACAUUUUUUGCACCUGGUCCACCAUGGAGUUCUCCUGCGUGGAGGCCAAGUCCAGCGGCAGACUCUCGAUCCCGAC
.((------(((.((((...(((........)))..(((.((.((.....)).)).)))(((((((.(((....))))).))))))))).((((........)))).)))))...... ( -30.30)
>consensus
UGUCAGAUCCCACGACCACAGCACCCACAUUGGGAUCCAAGAAGAUACUGUGGAUGUGAUCUGGCAUAGAGAAGCCCUGCAGAGAGGAAUGAUCCAGGGGCAGGGACUCGAUUCCCAC
((((((....((((.((((((..(((.....)))(((......))).)))))).))))..))))))..(((...((((((.....(((....)))....)))))).)))......... (-25.29 = -28.60 +   3.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 3,000,239 – 3,000,357
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.20
Mean single sequence MFE -46.47
Consensus MFE -30.41
Energy contribution -33.38
Covariance contribution 2.98
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.93
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.879667
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 3000239 118 - 23771897
GUAGGAAUCGAGUCCCUGCCCUUGGAUCAUUCCUCUCUGCAGGGCUUCUCUAUGCCAGAUCACAUCCACAGUAUCUACUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUCGUGGGAUCUGACA
(((((....(((.((((((....(((....))).....))))))))).)))))..((((((.((((((((((((((((((((...)))).)))))))))))))..))).))))))... ( -51.70)
>DroSec_CAF1 34580 118 - 1
GUGGGAAUCGAGUCCCUGCCUCUGGAUCAUUCCUCUCUGCAGGGCUUCUCUAUGCCAGAUCACAUCCACAGUAUCUUCUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUCGUGGGAUCUGACA
((.(((.(((((.((((((....(((....))).....))))))...))).........((((..(((((((((((.(((((...)))).).)))))))))))..))))))))).)). ( -47.30)
>DroSim_CAF1 35120 118 - 1
GUGGGAAUCGAGUCCUUGCCCUUGGAUCAUUCCUCUCUGCAGGGCUUCUCUAUGCCAGAUCACAUCCACAGUAUCUUCUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUCGUGGGAUCUGACA
((.(((.(((((.((((((....(((....))).....))))))...))).........((((..(((((((((((.(((((...)))).).)))))))))))..))))))))).)). ( -44.60)
>DroEre_CAF1 37195 118 - 1
GUGGGCAUCGAUUCCCUGCCCCUGGAUCAUUCCUCGCUGCAGGGCUUUUCUAUGCCAGAUCACAUCCACAGUAUCUACUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUGGUCGGAACUGACA
...(((((.((..((((((....(((....))).....))))))....)).))))).(((((...(((((((((((((((((...)))).)))))))))))))))))).......... ( -51.10)
>DroYak_CAF1 34936 118 - 1
GUGGGUAUCGAGUCCAUGCCACUGGAUCAUUCCUCCUUGCAGGGAUUUUCCAUGCCAGAUCACAUACACAGUAUCUUCUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUGGUGGGUGCUGACA
((.((((((((((((.(((....(((....))).....))).))))))............(((...((((((((((.(((((...)))).).))))))))))...))))))))).)). ( -42.90)
>DroPer_CAF1 37361 112 - 1
GUCGGGAUCGAGAGUCUGCCGCUGGACUUGGCCUCCACGCAGGAGAACUCCAUGGUGGACCAGGUGCAAAAAAUGUACUUAGAUGCGAAUGUGGGCGCCGUGGCCGUCG------ACA
(((((((.(....))))(((((((.((((((..(((((.(((((....))).))))))))))))).))......(..((((.((....)).))))..).)))))...))------)). ( -41.20)
>consensus
GUGGGAAUCGAGUCCCUGCCCCUGGAUCAUUCCUCUCUGCAGGGCUUCUCUAUGCCAGAUCACAUCCACAGUAUCUACUUGGAUCCCAAUGUGGGUGCUGUGGUCGUGGGAUCUGACA
((.(((.(((((.((((((....(((....))).....))))))...)))..........(((..(((((((((((.(((((...)))).).)))))))))))..))))).))).)). (-30.41 = -33.38 +   2.98)

alignment

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