Locus 995

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,176,015 – 4,176,174
Length 159
Max. P 0.977878
window1763 window1764

overview

Window 3

Location 4,176,015 – 4,176,135
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.72
Mean single sequence MFE -52.58
Consensus MFE -44.39
Energy contribution -44.70
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.867337
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4176015 120 + 20766785
UGGUGCAGCCGGAGGUGACGGUGGAGACGACGCACUCGGACAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGCCAUGCCCGGCAGGGCGGUGCGCAGCUAUA
((.(((..(((..((((.((.((....)).)))))))))...))).))(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).)))))... ( -55.20)
>DroVir_CAF1 1426 120 + 1
UCGUGCAGCCGGAGGUGACCGUGGAGACGACACACUCGGACAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGACGUGCGGUGCGCAGCUACA
(((..(..((((..(((((((((.......)))........(((....(((((..((((..(((....)))..))))..))))).)))))))))..))))..)..)))............ ( -49.40)
>DroWil_CAF1 3377 120 + 1
UGGUUCAACCGGAGGUUACUGUGGAGACCACCCACUCGGAUAGUAAUACCACCAAGGUAACGGCCACGGCCAAUAUCAAGGUGGAGCUGGUCACACCCGGACGAGCCGUACGCAGUUAUA
.(((((..((((((....))(((..(((((((((((..((((....((((.....))))..(((....)))..))))..))))).).))))).)))))))..)))))............. ( -46.60)
>DroYak_CAF1 3342 120 + 1
UGGUGCAGCCGGAGGUGACGGUGGAGACGACCCACUCGGACAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGCCAUGCCCGGCAGGGCGUUGCGCAGCUAUA
((.(((..(((..((((..((((....).))))))))))...))).))(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((.((((((....)))))).)).)))))... ( -56.00)
>DroAna_CAF1 3417 120 + 1
UGGUGCAGCCGGAGGUGACGGUGGAGACGACGCACUCGGACAGUAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUGACGCCCGGACGGGCGAUGCGCAGCUACA
((.(((..(((..((((.((.((....)).)))))))))...))).))(((((..((((..(((....)))..))))..)))))((((((((.(((((....))))).))).)))))... ( -53.50)
>DroPer_CAF1 3785 120 + 1
UUGUCCAGCCGGAGGUGACGGUGGAGACGACGCACUCGGACAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGGCGGGCGGUGCGCAGCUAUA
((((((.((((.......)))).(((........))))))))).....(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).)))))... ( -54.80)
>consensus
UGGUGCAGCCGGAGGUGACGGUGGAGACGACGCACUCGGACAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGACGGGCGGUGCGCAGCUAUA
...(((..(((..((((....((....))...)))))))...)))...(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).)))))... (-44.39 = -44.70 +   0.31)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 4,176,055 – 4,176,174
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.77
Mean single sequence MFE -42.68
Consensus MFE -39.75
Energy contribution -39.53
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.80
SVM RNA-class probability 0.977878
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4176055 119 + 20766785
CAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGCCAUGCCCGGCAGGGCGGUGCGCAGCUAUAACUUUACGAGUUAGCACUAGCACUAGUUCCUGUAGC-UAU
..((....(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).))))).((((((...))))))))..((((((........)).))-)). ( -47.30)
>DroVir_CAF1 1466 119 + 1
CAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGACGUGCGGUGCGCAGCUACAACUUUACGAGUUAGCCCUGGCACUAGUUCCUGUAGC-CAU
..((.(((..(((..((((..(((....)))..))))..)))(((((((((...(((.((..((((...)))).((((..((((...)))))))))).))))))))))))))).))-... ( -43.30)
>DroPse_CAF1 3318 113 + 1
CAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGGCGGGCGGUGCGCAGCUAUAACUUUACGAGUUAGC------ACUAGUUCCUGUAGC-CAU
(((.(((.(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).))))).((((((...))))))..------....))).)))....-... ( -45.80)
>DroWil_CAF1 3417 115 + 1
UAGUAAUACCACCAAGGUAACGGCCACGGCCAAUAUCAAGGUGGAGCUGGUCACACCCGGACGAGCCGUACGCAGUUAUAACUUUACGAGUUAGCACU-----UAGUUCCUGUAGUAUCC
........(((((..((((..(((....)))..))))..))))).(((.(((.......))).))).((((((((...((((((...))))))((...-----..))..)))).)))).. ( -30.50)
>DroAna_CAF1 3457 113 + 1
CAGUAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUGACGCCCGGACGGGCGAUGCGCAGCUACAACUUUACAAGUUAGC------ACUAGUUCCUGUAGC-CAU
(((.(((.(((((..((((..(((....)))..))))..)))))((((((((.(((((....))))).))).)))))..................------....))).)))....-... ( -43.40)
>DroPer_CAF1 3825 113 + 1
CAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGGCGGGCGGUGCGCAGCUAUAACUUUACGAGUUAGC------ACUAGUUCCUGUAGC-CAU
(((.(((.(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).))))).((((((...))))))..------....))).)))....-... ( -45.80)
>consensus
CAGCAACACCACCAAGGUGACGGCCACGGCCAACAUCAAGGUGGAGCUGGUCACGCCCGGACGGGCGGUGCGCAGCUAUAACUUUACGAGUUAGC______ACUAGUUCCUGUAGC_CAU
(((.(((.(((((..((((..(((....)))..))))..)))))(((((((..(((((....)))))..)).))))).((((((...))))))............))).)))........ (-39.75 = -39.53 +  -0.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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