| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 4,138,054 – 4,138,171 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.795663 |
| Location | 4,138,054 – 4,138,171 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.49 |
| Mean single sequence MFE | -43.88 |
| Consensus MFE | -25.50 |
| Energy contribution | -26.54 |
| Covariance contribution | 1.04 |
| Combinations/Pair | 1.20 |
| Mean z-score | -2.00 |
| Structure conservation index | 0.58 |
| SVM decision value | 0.60 |
| SVM RNA-class probability | 0.795663 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4138054 117 - 20766785 UCAGCCGGCUGUGCAGAGCUCCUCGCUAUGCUUUGUAUUUGCAGCCGA-GCAGCAUCCUCCACUGCGAUGGCCAAAAACCAACACUCGCU-UUGCGGCUAGUGGGGCACG-UUUGCAUGC ...((((((((((((((((..........)))))))....))))))).-)).(((..((((((((((.(((.......))).)...(((.-..))))).)))))))....-..))).... ( -41.70) >DroSec_CAF1 3174 120 - 1 UCAGCCGGCUGUGCAGAGCUCCUCGCUGUGCUUUGUAUUUGCAGCCGGAGAAGCAUCCUCCACUGCCAUGGCCAAAAAGCAACACUCGUUUUUGUCUCUAGUGGGGCACGGUUUGCAUGC ...((((((((((((((((.(......).)))))))....))))))((((.......))))........)))......((((.((.(((....(((((....)))))))))))))).... ( -40.30) >DroSim_CAF1 2869 110 - 1 UCAGCCGGCUGUGCAGAGCUCCUCGCUGUGCUUUGUAUUUGCAGCCGGAGAG--------CACUGCGAUGACCAAGAAGCAACACUCGUU-UUGUGGCUAGUGGGGCACG-UUUGCAUGC ....(((((((((((((((.(......).)))))))....))))))))...(--------((..(((.((.(((...(((..(((.....-..))))))..)))..))))-).))).... ( -39.00) >DroEre_CAF1 3169 116 - 1 UAAACUGGCUGUGCAGAGAUCCUAGCUGCGCUUUGC-UUUGCAGCAAG-GGAGCUUCCUCCUCUGCGAUCGCCAAGAGCCACCACUUGUU-UUGCGGCAAGUGGGGCAAG-UUUGCAUGC (((((((((..(((((((..(((.((((((......-..)))))).))-)(((....))))))))))...)))....(((.((((((((.-.....))))))))))).))-))))..... ( -51.40) >DroYak_CAF1 3074 113 - 1 UAAACUGGCUGUGCAGAGCUCCUAGUUACGCUUUGCAUUUGCAGCA-G-GGGGCUUCCUCCUCUGCGAUAGCCAGGA---ACCACUUGUU-UUGCAACUAGUGGGUCCAG-UUCGCAUGC ..(((((((((((((((((..........)))))))).((((((.(-(-((((...))))))))))))))))).(((---.(((((.(((-....))).))))).)))))-))....... ( -47.00) >consensus UCAGCCGGCUGUGCAGAGCUCCUCGCUGUGCUUUGUAUUUGCAGCCGG_GAAGCAUCCUCCACUGCGAUGGCCAAGAACCAACACUCGUU_UUGCGGCUAGUGGGGCACG_UUUGCAUGC ....(((((((((((((((..........)))))))....))))))))...............(((((..(((.........((((.(((.....))).)))).))).....)))))... (-25.50 = -26.54 + 1.04)
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