Locus 978

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,128,704 – 4,128,815
Length 111
Max. P 0.603595
window1741

overview

Window 1

Location 4,128,704 – 4,128,815
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.24
Mean single sequence MFE -46.57
Consensus MFE -29.20
Energy contribution -29.43
Covariance contribution 0.23
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.603595
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4128704 111 - 20766785
GGUACGUUGAACAGGCCGGGAUUCCCACUGAUUCCCACCACUCCGGGAAGUGUGGGAAGUCUCGGCGGGGGCGGCGCACCCGCUCCAACCCCGGGCGGAUGGAUCAGUCCA
(((.(((((..(..((((((((((((((...(((((........)))))..))))).)))))))))..)..))))).)))(((.((......)))))..((((....)))) ( -54.00)
>DroSec_CAF1 499 111 - 1
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...........(((((((((((((((((((...(((........)))))))...)))))))))))).(((((((.....))))))).....)))..((((......)))). ( -47.70)
>DroEre_CAF1 502 111 - 1
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..............(((((((((.((((...(((((((.(((......))))))))))...)))).((((.(((.....))))))))))))).)))((((......)))). ( -44.30)
>DroWil_CAF1 34537 102 - 1
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>DroYak_CAF1 522 111 - 1
GGUACGUUGAACAGGCCGGGAUUCCCACUGAUUCCCACCACACCGGGCAGUGUGGGAAGUCGCGGUGGAGGCGGCGCACCCGCUCCAACCCCUGGGGGAUGGAUCAGUCCA
(((.(((((.....((((.(((((((((.....(((........)))....))))).)))).)))).....))))).))).(.((((.(((....))).)))).)...... ( -45.50)
>DroAna_CAF1 480 111 - 1
GGGACGUUAAACAGUCCCCCGUUGCCACUAAUGCCCACCACGCCGGGCAGAGUGGGCAAUCGGGGUGGAGGUGGUGCAGCUCCUGGCGAGCCAGGUGGGUGGAUCAGCCCA
(((((........)))))(((((((((((..(((((........))))).))).))))).)))..(((.(.((((.((.(((((((....))))).)).)).)))).)))) ( -53.50)
>consensus
GGUACGUUGAACAGGCCGGGAUUCCCACUGAUUCCCACCACUCCGGGCAGUGUGGGAAGUCGCGGCGGAGGCGGCGCACCCGCUCCAACCCCUGGCGGAUGGAUCAGUCCA
(((.(((((.....((((((((((((((.....(((........)))....))))).))))))))).....))))).)))................((((......)))). (-29.20 = -29.43 +   0.23) 

alignment

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