Locus 9

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	869,419 – 869,530
Length	111
Max. P	0.996101

overview

Window 9

Location	869,419 – 869,530
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.75
Mean single sequence MFE	-49.38
Consensus MFE	-25.60
Energy contribution	-25.77
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.31
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	2.65
SVM RNA-class probability	0.996101
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 869419 111 + 20766785
------AGCGCUGCUGCAGCCGCUGCUGC---GGAGGUGGAAGAACCAUCUGGCUUUGCAGAGGGGUCCAUUACAGCUUUAUUAGUAGCUUCAGCAGCUAAUGCUGCAGCUCGGCGCCCG
------.(((((((((((((.(((((((.---.(..(((((....((.((((......)))).)).)))))..)((((........)))).)))))))....))))))))..)))))... ( -51.70)
>DroVir_CAF1 6801 114 + 1
UCAUGAAACGCAGCUGCA---GCUGCUGC---CGAAGUUGAGGAACCUGCAGGCUUAGCUGUUGGAUCCAUGACAGCUUUAUUGACCGCUUCGGCAGCGACAGCCGCAGCACGACGACCA
............(((((.---((((((((---((((((.(.(((.((.((((......)))).)).)))....(((.....))).).)))))))))))...))).))))).......... ( -45.00)
>DroPse_CAF1 1586 117 + 1
UCCGAAAAUGCAGCAGCUGCUGCUGCAGC---UGAGGUUGAAGAGCCUUCUGGCUUAGCUGUUGGAUCCAUUACAGCCUUAUUAGCAGCUUCGGCAGCCACUGCUGCAGCGCGACGACCA
..((....((((((((..(((((((.(((---((....(((.(((((....))))).(((((((....))..))))).)))....))))).)))))))..))))))))...))....... ( -52.10)
>DroWil_CAF1 16127 114 + 1
------GCCGCAGCGGCAGCCGCUGCUGCCUUCGAAGUGGAUGAACCUUCUGGCUUGGCUGUGGGAUCCAUAACAGCCUUAUUAACUGCUUCAGCAGCCACUGCUGCAGCACGACGUCCU
------(((((((((((....))))))))....((((.(......))))).)))..((((((.(....)...))))))........((((.((((((...)))))).))))......... ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 6153 114 + 1
UCGUUGAAUGCAGCUACA---GCUGCUGC---UGAAGUUGAGGAACCUGGGGGCUUUGCUGUAGGAUCCAUAACAGCCUUAUUAACCGCUUCGGCGGCAACAGCUGCAGCACGACGGCCA
((((((..(((((((.((---((....))---))..((((.(((.((((.((......)).)))).)))................((((....)))))))))))))))...))))))... ( -48.00)
>DroPer_CAF1 27357 116 + 1
U-CGAAAAUGCAGCAGCUGCUGCUGCAGC---UGAGGUUGAAGAGCCUUCUGGCUUAGCUGUUGGAUCCAUUACAGCCUUAUUAGCAGCUUCGGCAGCCACUGCUGCAGCGCGACGACCA
(-((....((((((((..(((((((.(((---((....(((.(((((....))))).(((((((....))..))))).)))....))))).)))))))..))))))))...)))...... ( -53.10)
>consensus
U____AAACGCAGCUGCAGC_GCUGCUGC___UGAAGUUGAAGAACCUUCUGGCUUAGCUGUUGGAUCCAUUACAGCCUUAUUAACAGCUUCGGCAGCCACUGCUGCAGCACGACGACCA
.........(((((.......))))).((....(((((.(.....((....))....(((((.(....)...)))))........).))))).(((((....))))).)).......... (-25.60 = -25.77 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	869,419 – 869,530
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.75
Mean single sequence MFE	-47.30
Consensus MFE	-28.76
Energy contribution	-29.90
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-2.86
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	2.31
SVM RNA-class probability	0.992093
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 869419 111 - 20766785
CGGGCGCCGAGCUGCAGCAUUAGCUGCUGAAGCUACUAAUAAAGCUGUAAUGGACCCCUCUGCAAAGCCAGAUGGUUCUUCCACCUCC---GCAGCAGCGGCUGCAGCAGCGCU------
..(((((...((((((((....(((((((.((((........)))).....(((((..((((......)))).)))))..........---.))))))).)))))))).)))))------ ( -49.30)
>DroVir_CAF1 6801 114 - 1
UGGUCGUCGUGCUGCGGCUGUCGCUGCCGAAGCGGUCAAUAAAGCUGUCAUGGAUCCAACAGCUAAGCCUGCAGGUUCCUCAACUUCG---GCAGCAGC---UGCAGCUGCGUUUCAUGA
(((.(((...(((((((((...((((((((((..(.......((((((..((....)))))))).((((....))))...)..)))))---))))))))---)))))).)))..)))... ( -49.50)
>DroPse_CAF1 1586 117 - 1
UGGUCGUCGCGCUGCAGCAGUGGCUGCCGAAGCUGCUAAUAAGGCUGUAAUGGAUCCAACAGCUAAGCCAGAAGGCUCUUCAACCUCA---GCUGCAGCAGCAGCUGCUGCAUUUUCGGA
......(((...(((((((((.(((((.(.(((((.......((((((..((....)))))))).((((....)))).........))---))).).))))).)))))))))....))). ( -47.40)
>DroWil_CAF1 16127 114 - 1
AGGACGUCGUGCUGCAGCAGUGGCUGCUGAAGCAGUUAAUAAGGCUGUUAUGGAUCCCACAGCCAAGCCAGAAGGUUCAUCCACUUCGAAGGCAGCAGCGGCUGCCGCUGCGGC------
..........((((((((.(..(((((((.............((((((...((...))))))))..(((.((((.........))))...)))..)))))))..).))))))))------ ( -50.40)
>DroMoj_CAF1 6153 114 - 1
UGGCCGUCGUGCUGCAGCUGUUGCCGCCGAAGCGGUUAAUAAGGCUGUUAUGGAUCCUACAGCAAAGCCCCCAGGUUCCUCAACUUCA---GCAGCAGC---UGUAGCUGCAUUCAACGA
........(((((((((((((((((((....))))).......((((....(((.(((...((...))....))).))).......))---))))))))---)))))).))......... ( -39.70)
>DroPer_CAF1 27357 116 - 1
UGGUCGUCGCGCUGCAGCAGUGGCUGCCGAAGCUGCUAAUAAGGCUGUAAUGGAUCCAACAGCUAAGCCAGAAGGCUCUUCAACCUCA---GCUGCAGCAGCAGCUGCUGCAUUUUCG-A
......(((...(((((((((.(((((.(.(((((.......((((((..((....)))))))).((((....)))).........))---))).).))))).)))))))))....))-) ( -47.50)
>consensus
UGGUCGUCGUGCUGCAGCAGUGGCUGCCGAAGCUGCUAAUAAGGCUGUAAUGGAUCCAACAGCUAAGCCAGAAGGUUCUUCAACCUCA___GCAGCAGC_GCUGCAGCUGCAUUU____A
............(((((((((.(((((.(..((.........((((((...(....).)))))).((((....))))..............))..).))))).)))))))))........ (-28.76 = -29.90 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

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