Locus 881

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,034,067 – 4,034,261
Length 194
Max. P 0.998568
window1534 window1535 window1536 window1537 window1538

overview

Window 4

Location 4,034,067 – 4,034,181
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.12
Mean single sequence MFE -40.47
Consensus MFE -31.68
Energy contribution -32.80
Covariance contribution 1.12
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.668443
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4034067 114 + 20766785
UAGC------AGUACAAGCGUUGAAUUUAAAUUGUCACUUAAUGCGGCGGCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCUCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUG
..((------(((....(((((((..............))))))).((((((((((....((.((.(((((...))))).)).)).)))))))))))))))....(((((.....))))) ( -42.14)
>DroSec_CAF1 16691 114 + 1
UACC------AGUACAAGCGUUGAAUUUAAAUUGUCGCUUAAUGCGGCGGCCGACAUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUG
....------.......(((((((.......(((((((.....)))))))..(((.....))).)))).)))..(((((((((((((((.(((......))).)))))))))))..)))) ( -40.10)
>DroSim_CAF1 18841 114 + 1
UAAC------AGUACAAGCGUUGAAUUUAAAUUGUCGCUUAAUGCGGCGGGCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGUUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUG
...(------((((....((.............(((((.....)))))(((((((............)))))))))..(((((((((((.(((......))).))))))))))).))))) ( -43.30)
>DroEre_CAF1 16030 114 + 1
UACC------AGUACAAGCGUUGAAUUUAAAUUGCCGCUUAAUGCGGCGCCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGGCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGGCCUGGCUGCCAGCAAUUGCUGCUG
...(------(((((((..((((..........(((((.....)))))((((((((..(((.(....).))).(((((.....)))))..)))))....)))...))))..))).))))) ( -43.00)
>DroYak_CAF1 19835 120 + 1
UACCAGUGCCAGUACAAGCGUUGCAUUUAAAUUGUCGCUUAAUGCGACGGCCGACCUUCCGUCAUCAUUCGCCCCUGCUAAUUGCUGUUCGGUGGGCCCGCCUGCCAGCAAUUGUUGAUG
..(((((((..((....))...)))))......(((((.....)))))))..(((.....)))((((...((....))(((((((((...((((....))))...))))))))).)))). ( -33.80)
>consensus
UACC______AGUACAAGCGUUGAAUUUAAAUUGUCGCUUAAUGCGGCGGCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUG
.................(((((((........((((((.....))))))...(((.....))).)))).)))..(((((((((((((((.(((......))).)))))))))))..)))) (-31.68 = -32.80 +   1.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,034,101 – 4,034,221
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.75
Mean single sequence MFE -54.92
Consensus MFE -43.20
Energy contribution -44.68
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.96
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 2.41
SVM RNA-class probability 0.993533
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4034101 120 + 20766785
AAUGCGGCGGCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCUCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAACAUGAACGCAAGCAGCAGCGGUGGCAUC
.((((.((((((((((....((.((.(((((...))))).)).)).))))))))))(((((.(((..((...(((((((((....))))))))).....))..))))))))....)))). ( -59.20)
>DroSec_CAF1 16725 120 + 1
AAUGCGGCGGCCGACAUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGCGGCAUC
.((((.(((((((((....((.(....).))...((((.....))))))))))).((((((.(((..((...(((((((((....))))))))).....))..))))))))))).)))). ( -57.50)
>DroSim_CAF1 18875 120 + 1
AAUGCGGCGGGCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGUUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGCGGCAUC
....(((((((((((............)))))))((((.....))))))))((((((((((.(((..((...(((((((((....))))))))).....))..)))))))).)))))... ( -57.50)
>DroEre_CAF1 16064 120 + 1
AAUGCGGCGCCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGGCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGGCCUGGCUGCCAGCAAUUGCUGCUGCUGCAGCAGCAAAAUGAAGGCGAGCAGCAACAGUUGCAUC
...(((((..((((((..(((.(....).))).(((((.....)))))..))))))....)))))..(((((((.(((((((((..((......))...)).))))))).)))))))... ( -54.80)
>DroYak_CAF1 19875 120 + 1
AAUGCGACGGCCGACCUUCCGUCAUCAUUCGCCCCUGCUAAUUGCUGUUCGGUGGGCCCGCCUGCCAGCAAUUGUUGAUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGAAGCGGUUGCAUC
.(((((((((........))))).....((((..(((((((((((((...((((....))))...))))))))(((.(((.(((....))).))).)))...)))))..))))..)))). ( -45.60)
>consensus
AAUGCGGCGGCCGACCUUCCGUCAUCAGUCGCCCCGGCUAAUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGUGGCAUC
.(((((((((........)))))......((((......((((((((((.(((......))).))))))))))(((((((((((..((......))...)).))))))))))))))))). (-43.20 = -44.68 +   1.48)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 4,034,101 – 4,034,221
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.75
Mean single sequence MFE -53.52
Consensus MFE -41.70
Energy contribution -43.30
Covariance contribution 1.60
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.76
SVM RNA-class probability 0.975780
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4034101 120 - 20766785
GAUGCCACCGCUGCUGCUUGCGUUCAUGUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAUUAGCCGGAGCGACUGAUGACGGAAGGUCGGCCGCCGCAUU
(((((....(((((((((.(((....(((((((((....)))))))))..))).)))).)))))(((.((((((..(.(((((.((...)).)))))....)..)))))).))).))))) ( -56.90)
>DroSec_CAF1 16725 120 - 1
GAUGCCGCCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAUUAGCCGGGGCGACUGAUGACGGAAUGUCGGCCGCCGCAUU
(((((..((((((((((..((((.......)).)).))))))))...(((((((((..((........))..)))))))))....))((((.(((((........))))).))))))))) ( -52.80)
>DroSim_CAF1 18875 120 - 1
GAUGCCGCCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAUUAACCGGGGCGACUGAUGACGGAAGGUCGCCCGCCGCAUU
(((((.((.((((((((..((((.......)).)).))))))))...(((((((((..((........))..))))))))).....((((((((..........)))))))))).))))) ( -55.50)
>DroEre_CAF1 16064 120 - 1
GAUGCAACUGUUGCUGCUCGCCUUCAUUUUGCUGCUGCAGCAGCAGCAAUUGCUGGCAGCCAGGCCGACCGACCAGCAAUUAGCCGGGCCGACUGAUGACGGAAGGUCGGGCGCCGCAUU
(((((....(((((((.(((((..((..(((((((((...))))))))).))..))).....((....)))).)))))))..(((.((((..(((....)))..)))).)))...))))) ( -52.80)
>DroYak_CAF1 19875 120 - 1
GAUGCAACCGCUUCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAUCAACAAUUGCUGGCAGGCGGGCCCACCGAACAGCAAUUAGCAGGGGCGAAUGAUGACGGAAGGUCGGCCGUCGCAUU
(((((...((((((((((.........(((((((((((((((........)))).)))).(((.....)))..))))))).))))))))))......(((((........)))))))))) ( -49.60)
>consensus
GAUGCCACCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAUUAGCCGGGGCGACUGAUGACGGAAGGUCGGCCGCCGCAUU
(((((..((((((((((..(((.......)))....))))))))...(((((((((..((........))..)))))))))....))((((.(((((..(....)))))).))))))))) (-41.70 = -43.30 +   1.60)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 7

Location 4,034,141 – 4,034,261
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.08
Mean single sequence MFE -54.48
Consensus MFE -44.74
Energy contribution -46.74
Covariance contribution 2.00
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -3.08
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 3.14
SVM RNA-class probability 0.998568
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4034141 120 + 20766785
AUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAACAUGAACGCAAGCAGCAGCGGUGGCAUCGUUAUUCCUGGUGCACUUCAGCUGCAGUGGGCGAUCAGUG
...((((((((.(((((((((.(((...((..(((((((((....)))))))))))...))).))))).(((((.((((((.......))))))......))))).)))).)))))))). ( -60.00)
>DroSec_CAF1 16765 120 + 1
AUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGCGGCAUCGUUAUUCCUGGUGCACUUCAGCUGUAGUGGGCGAUCAGUG
...((((((((.(((((((((.(((...((..(((((((((....)))))))))))...))).))))).(((((.((((((.......))))))......))))).)))).)))))))). ( -56.70)
>DroSim_CAF1 18915 120 + 1
AUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGCGGCAUCGUUAUUCCUGGUGCACUUCAGCUGCAGUGGGCGAUCAGUG
...((((((((.(((((((((.(((...((..(((((((((....)))))))))))...))).))))).(((((.((((((.......))))))......))))).)))).)))))))). ( -59.00)
>DroEre_CAF1 16104 119 + 1
AUUGCUGGUCGGUCGGCCUGGCUGCCAGCAAUUGCUGCUGCUGCAGCAGCAAAAUGAAGGCGAGCAGCAACAGUUGCAUCGUUACUCCUGGUGCACUUCAGCUGCAGA-GGCGAUCAGUG
...(((((((.....((((..((((.(((..(((((((((...)))))))))..((((((((((((((....))))).))))(((.....)))..)))))))))))))-)))))))))). ( -50.70)
>DroYak_CAF1 19915 120 + 1
AUUGCUGUUCGGUGGGCCCGCCUGCCAGCAAUUGUUGAUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGAAGCGGUUGCAUCGUUAUUCCUGGUGCACUUCAGCUGCGGUGGGCGAUCAGUG
...((((.((.....((((((((((.((((........)))))))(((((........(((........)))..(((((((.......))))))).....)))))))))))))).)))). ( -46.00)
>consensus
AUUGCUGGUCGGUCGCGCUGCCUGCCAGCAAUUGUUGCUGCUGCAGCAGCAAUAUGAACGCGAGCAGCAGCGGUGGCAUCGUUAUUCCUGGUGCACUUCAGCUGCAGUGGGCGAUCAGUG
...((((((((.(((((((((.(((...((..(((((((((....)))))))))))...))).))))).(((((.((((((.......))))))......))))).)))).)))))))). (-44.74 = -46.74 +   2.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 4,034,141 – 4,034,261
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.08
Mean single sequence MFE -41.68
Consensus MFE -34.76
Energy contribution -35.40
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.38
SVM RNA-class probability 0.712727
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4034141 120 - 20766785
CACUGAUCGCCCACUGCAGCUGAAGUGCACCAGGAAUAACGAUGCCACCGCUGCUGCUUGCGUUCAUGUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAU
...(((.(((.....(((((.(..(((((...(......)..)).)))..).)))))..))).)))(((((((((....)))))))))((((((((..((........))..)))))))) ( -46.50)
>DroSec_CAF1 16765 120 - 1
CACUGAUCGCCCACUACAGCUGAAGUGCACCAGGAAUAACGAUGCCGCCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAU
..................((((....(((...(......)..)))(((.(((((((((.(((......(((((((....)))))))....))).)))).))))))))......))))... ( -40.00)
>DroSim_CAF1 18915 120 - 1
CACUGAUCGCCCACUGCAGCUGAAGUGCACCAGGAAUAACGAUGCCGCCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAU
...(((.(((.....(((((....(.(((...(......)..))))...))))).....))).)))..(((((((....)))))))..((((((((..((........))..)))))))) ( -41.60)
>DroEre_CAF1 16104 119 - 1
CACUGAUCGCC-UCUGCAGCUGAAGUGCACCAGGAGUAACGAUGCAACUGUUGCUGCUCGCCUUCAUUUUGCUGCUGCAGCAGCAGCAAUUGCUGGCAGCCAGGCCGACCGACCAGCAAU
..(((.(((((-(((((((((((((.((...((.(((((((.......))))))).)).)))))))..(((((((((...)))))))))..))).))))..)))).....)).))).... ( -43.70)
>DroYak_CAF1 19915 120 - 1
CACUGAUCGCCCACCGCAGCUGAAGUGCACCAGGAAUAACGAUGCAACCGCUUCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAUCAACAAUUGCUGGCAGGCGGGCCCACCGAACAGCAAU
...(((.(((.....((((..(...((((...(......)..))))....)..))))..))).))).(((((((((((((((........)))).)))).(((.....)))..))))))) ( -36.60)
>consensus
CACUGAUCGCCCACUGCAGCUGAAGUGCACCAGGAAUAACGAUGCCACCGCUGCUGCUCGCGUUCAUAUUGCUGCUGCAGCAGCAACAAUUGCUGGCAGGCAGCGCGACCGACCAGCAAU
...(((.(((.....(((((.(..(((((...(......)..))).))..).)))))..))).)))..(((((((....)))))))..((((((((..((........))..)))))))) (-34.76 = -35.40 +   0.64)

alignment

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