Locus 879

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,033,008 – 4,033,167
Length 159
Max. P 0.999893
window1527 window1528 window1529

overview

Window 7

Location 4,033,008 – 4,033,128
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.83
Mean single sequence MFE -57.16
Consensus MFE -55.20
Energy contribution -55.52
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.86
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 4.42
SVM RNA-class probability 0.999893
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4033008 120 + 20766785
CGGCAGCAGCUGUUGCUUGUUCACCUGGUCCAAGGUGUAUAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAAGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((((((....))))))........(((((((..((((((((((((((......((((((((((((((...)))))))).)))))).....))))))))))....))))...))))))). ( -53.70)
>DroSec_CAF1 15659 120 + 1
CGGCAGGAGCUGUUGCUUGUUCACCUGGUCCAAGGUGUACAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((...((((........)))).))(((((((..((((((((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))))....))))...))))))). ( -59.00)
>DroSim_CAF1 17802 120 + 1
CGGCAGGAGCUGUUGCUUGUUCACCUGGUCCAAGGUGUACAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((...((((........)))).))(((((((..((((((((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))))....))))...))))))). ( -59.00)
>DroEre_CAF1 15010 120 + 1
CGGCAGGAGCUGUUGCUUGUUUACCUGGUCCAAGGUGUACAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGGGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((.(.((((....)))).)...))(((((((..((((((((((((((((.(..((((((((((((.(....))))))).)))))).).))))))))))))....))))...))))))). ( -55.60)
>DroYak_CAF1 18743 120 + 1
CGGCAGAAGCUGUUGCUUGUUAACCUGGUCCAAGGUGUACAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((.(.((((....)))).)...))(((((((..((((((((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))))....))))...))))))). ( -58.50)
>consensus
CGGCAGGAGCUGUUGCUUGUUCACCUGGUCCAAGGUGUACAGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAU
.((.(.((((....)))).)...))(((((((..((((((((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))))....))))...))))))). (-55.20 = -55.52 +   0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 4,033,008 – 4,033,128
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.83
Mean single sequence MFE -51.14
Consensus MFE -49.92
Energy contribution -50.24
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.44
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 3.96
SVM RNA-class probability 0.999729
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4033008 120 - 20766785
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACUUGCGGACCCAUAAUGCCGCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUAUACACCUUGGACCAGGUGAACAAGCAACAGCUGCUGCCG
.((((((((((....)))...((((((.(((.(((..((...(((((((...)))))))...))..))).))).))))))........)))))))((((....(((....)))..)))). ( -46.30)
>DroSec_CAF1 15659 120 - 1
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACCUGCGGACCCAUAAUGCCGCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUGUACACCUUGGACCAGGUGAACAAGCAACAGCUCCUGCCG
.((((((((((....))).((((((((.(((.(((..((...(((((((...)))))))...))..))).))).))))))))......)))))))((((....(((....)))..)))). ( -52.30)
>DroSim_CAF1 17802 120 - 1
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACCUGCGGACCCAUAAUGCCGCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUGUACACCUUGGACCAGGUGAACAAGCAACAGCUCCUGCCG
.((((((((((....))).((((((((.(((.(((..((...(((((((...)))))))...))..))).))).))))))))......)))))))((((....(((....)))..)))). ( -52.30)
>DroEre_CAF1 15010 120 - 1
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACCUGCGGACCCAUAAUGCCCCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUGUACACCUUGGACCAGGUAAACAAGCAACAGCUCCUGCCG
.((((((((((....))).((((((((......(....).....((((((((((.........))))))).)))))))))))......)))))))((((....(((....)))..)))). ( -50.60)
>DroYak_CAF1 18743 120 - 1
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACCUGCGGACCCAUAAUGCCGCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUGUACACCUUGGACCAGGUUAACAAGCAACAGCUUCUGCCG
.((((((((((....))).((((((((.(((.(((..((...(((((((...)))))))...))..))).))).))))))))......)))))))(((....((((....))))..))). ( -54.20)
>consensus
AUGGUCCACUCGCGCGAGGACAGCAUCACCUGCGGACCCAUAAUGCCGCAGGGCGGCAUCCAGGCCUUGGAGGCGAUGCUGUACACCUUGGACCAGGUGAACAAGCAACAGCUCCUGCCG
.((((((((((....))).((((((((.(((.(((..((...(((((((...)))))))...))..))).))).))))))))......)))))))((((....(((....)))..)))). (-49.92 = -50.24 +   0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 9

Location 4,033,048 – 4,033,167
Length 119
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 95.06
Mean single sequence MFE -48.38
Consensus MFE -45.24
Energy contribution -45.48
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 2.46
SVM RNA-class probability 0.994230
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4033048 119 + 20766785
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAAGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCGCCCAAUAUAACAUCGCCCUCGAGC-ACAGC
((((((((......((((((((((((((...)))))))).)))))).....))))))))((.((((.((((((((.((.......))))))...........))))...)))).-))... ( -44.60)
>DroSec_CAF1 15699 119 + 1
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCGCCCAAUAUAACAUCGCCCUCGAGC-ACAGC
((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))((.((((.((((((((.((.......))))))...........))))...)))).-))... ( -49.70)
>DroSim_CAF1 17842 120 + 1
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCGCCUAAUAUAACAUCGCCCUCGAGUUAUUUU
((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))...((((.((((((((.((.......))))))...........))))...))))....... ( -47.80)
>DroEre_CAF1 15050 119 + 1
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGGGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCGCCCAGGAUGACAUCGCCCUCGAGC-ACAGC
((((((((((.(..((((((((((((.(....))))))).)))))).).))))))))))......((.((((.((....(((((.((....))..))))).....)))))).))-..... ( -48.50)
>DroYak_CAF1 18783 119 + 1
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCACCCAGGAUUACAUCGCCCUCGAGC-ACAGC
((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))((.((((.((((((((.((.......))))))...(.....).))))...)))).-))... ( -51.30)
>consensus
AGCAUCGCCUCCAAGGCCUGGAUGCCGCCCUGCGGCAUUAUGGGUCCGCAGGUGAUGCUGUCCUCGCGCGAGUGGACCAUCAUCAGGCCGCCCAAUAUAACAUCGCCCUCGAGC_ACAGC
((((((((((.(..((((((((((((((...)))))))).)))))).).))))))))))...((((.((((((((.((.......))))))...........))))...))))....... (-45.24 = -45.48 +   0.24)

alignment

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