Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,018,834 – 4,018,993 |
Length | 159 |
Max. P | 0.982218 |
Location | 4,018,834 – 4,018,953 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.29 |
Mean single sequence MFE | -28.21 |
Consensus MFE | -25.52 |
Energy contribution | -25.12 |
Covariance contribution | -0.40 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -1.57 |
Structure conservation index | 0.90 |
SVM decision value | 1.49 |
SVM RNA-class probability | 0.958655 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4018834 119 - 20766785 CGUUUUCAGACAACAACUACUUUCAGAUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA ......((((.((((........(((..(((((((..(((((((((.....)))))))))..)))).....)))..)))............))))..)))).................. ( -19.15) >DroSec_CAF1 1688 119 - 1 CGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUAGAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA .......((((((((...((..((((((((.((((..((((((((((...))))))))))..))))..))))))))..))...........))).....)))))............... ( -30.04) >DroSim_CAF1 3740 119 - 1 CGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCCGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA .......((((((((...((..((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))..))...........))).....)))))............... ( -28.54) >DroEre_CAF1 1671 119 - 1 CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAGCGCGGGGAUUUUAGAUCCUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUUUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA .(((....))).......((..((((((((..(((((((((((((((...)))))))))).)))))..))))))))..))((((((((.((((...........)).)).)))))))). ( -35.50) >DroYak_CAF1 3581 119 - 1 CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUUGCCAUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA .(((....)))...........((((((((.((((..((..(((((.....)))))..))..))))..))))))))((((((...((((.(((...........))).)))))))))). ( -27.80) >consensus CGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUGUUUAUUUCUCCGUGUUUAUCUGCCUCAUCGUAAAAAUAGA ......((((.((((...((..((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))..))...........))))..)))).................. (-25.52 = -25.12 + -0.40)
Location | 4,018,874 – 4,018,993 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.63 |
Mean single sequence MFE | -33.20 |
Consensus MFE | -32.94 |
Energy contribution | -32.38 |
Covariance contribution | -0.56 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.99 |
SVM decision value | 1.91 |
SVM RNA-class probability | 0.982218 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4018874 119 - 20766785 AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUUCAGAUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....))))))..........(((..(((((((..(((((((((.....)))))))))..)))).....)))..))) ( -25.30) >DroSec_CAF1 1728 119 - 1 AGAUCCAUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUAGAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..((((((((((...))))))))))..))))..))))))))... ( -34.20) >DroSim_CAF1 3780 119 - 1 AGAUCCAUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGGCAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCCG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))... ( -33.60) >DroEre_CAF1 1711 119 - 1 AGAUCCUUUGUCUAACCGGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAGCGCGGGGAUUUUAGAUCCUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((..(((((((((((((((...)))))))))).)))))..))))))))... ( -40.30) >DroYak_CAF1 3621 119 - 1 AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUUGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..((..(((((.....)))))..))..))))..))))))))... ( -32.60) >consensus AGAUCCUUUGUCUAACCAGCUCUUGUGGUGCGGCUAUUAACGUUUUCAGACAACAACUACUUGCAGCUGGCAAAAAUCGUGGGGAUUUUACAUCUUCGCGUCUUUUAUUCAGCUGCCUG .......((((((.((((.(....)))))(((........)))....)))))).........((((((((.((((..(((((((((.....)))))))))..))))..))))))))... (-32.94 = -32.38 + -0.56)
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