Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,956,628 – 3,956,748 |
Length | 120 |
Max. P | 0.690043 |
Location | 3,956,628 – 3,956,748 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.17 |
Mean single sequence MFE | -46.97 |
Consensus MFE | -37.56 |
Energy contribution | -38.37 |
Covariance contribution | 0.81 |
Combinations/Pair | 1.20 |
Mean z-score | -2.14 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.33 |
SVM RNA-class probability | 0.690043 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3956628 120 + 20766785 GUUGCAUAUCUGGAGUUGAGCACAUUCCGCCGGAGAAGAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCCCGCGGCCUGCCGCUGAUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCGUCAGGUGGG ......(((((((.(((((((((.((((....).)))..)))))))))..((((....((((..((((....))))(((((((.....)))))))...))))..))))...))))))).. ( -43.90) >DroPse_CAF1 3570 120 + 1 GUGGCCUAUCUGGAGCUGAGCACGUUUCGGCGCAGAAGAGCUCUGAAUAAAUUCAAGGGCCCGAGCCGGUUGCCAAUCGUGGGCAAUGCCCACCAGGCCGGCAAGAAUCCCACAGGUGUG ((((....((((..((((((.....)))))).)))).(.((((((((....))).))))).)..(((((((.......((((((...))))))..))))))).......))))....... ( -44.30) >DroSec_CAF1 3603 120 + 1 GUUGCCUAUCUGGAGUUGAGCACAUUCCGGCGGAGAAGAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCAAGCGGCCUGCCACUGAUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCGUCAGGUGGG ....(((((((((.(((((((((.((((....).)))..)))))))))..((((...((((.....))))((((..(((((((.....)))))))....)))).))))...))))))))) ( -47.50) >DroSim_CAF1 6158 120 + 1 GUUGCCUAUCUGGAGUUGAGCACAUUCCGGCGGAGAAGAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCCCGCGGCCUGCCACUGAUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCGUCAGGUGGG ....(((((((((.(((((((((.((((....).)))..)))))))))..((((...((((.....))))((((..(((((((.....)))))))....)))).))))...))))))))) ( -47.50) >DroEre_CAF1 3327 120 + 1 GUUGCCUAUCUGGAGUUGAGCACGUAUCGGCGGAAAAAAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCAAGCGGCCUGCCGCUGGUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCCGCAGGUGGG ....((((((((..(((((((((.(.((....)).)...)))))))))..((((....((((((((((....)))))((((((.....))))))...)))))..))))....)))))))) ( -48.50) >DroYak_CAF1 4069 120 + 1 GUGGCCUAUCUGGAGUUGAGCACGUUCCGUCGGAAGAAAAUGCUUAACAAGUUCAAAGGCCCCAGCGGCCUGCCGCUGGUGGGAAACGCCCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCCACAGGUUGG ..(((((...((((((((((((..(((........)))..))))))))...)))).))))).((((((....))))))((((((...((((((...)))))).....))))))....... ( -50.10) >consensus GUUGCCUAUCUGGAGUUGAGCACAUUCCGGCGGAGAAGAGUGCUUAACAAGUUCAACGGCCCCAGCGGCCUGCCACUGAUGGGAAACGCUCAUCAAAUGGGCAAGAAUCCCUCAGGUGGG ....((((((((..(((((((((.((((...))))....)))))))))..((((...((((.....))))((((..(((((((.....)))))))....)))).))))....)))))))) (-37.56 = -38.37 + 0.81)
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