Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 3,902,519 – 3,902,613 |
Length | 94 |
Max. P | 0.551680 |
Location | 3,902,519 – 3,902,613 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 97 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.87 |
Mean single sequence MFE | -40.45 |
Consensus MFE | -22.41 |
Energy contribution | -22.99 |
Covariance contribution | 0.59 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.83 |
Structure conservation index | 0.55 |
SVM decision value | 0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.551680 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 3902519 94 - 20766785 ACUGCGUCUGCAGGUG---AUGGUGCAGGUGCGUCUGAGUCUCGGGCUUGAUGUGCAGUUGCUGCUGUAGCAGAAAGGCGGCUCCAGGAGGAGGAGG .((((.(((((.....---((((((((.(..((((.((((.....))))))))..)...))).))))).)))))...))))((((....)))).... ( -33.30) >DroVir_CAF1 23887 91 - 1 --UGC-CGUGCAGAUGA---UGAUGCAGGUGCGUUUGCGUCUCAGGCUUGAUGUGCAGCUGCUGUUGCAGCAAGAACGCCGCAGCCGGCGGUGGCGG --.((-(.((.(((((.---.(((((....)))))..))))))))))......(((.(((((....))))).....((((((.....))))))))). ( -38.50) >DroPse_CAF1 7760 94 - 1 CCUGCGGCGGCAGGUG---AUGAUGCAGAUGCGUCUGCGUCUCCGGUUUUAUGUGGAGCUGCUGCUGCAGCAGGAACGCGGCGCCUGGCGGUGGUGG (((((.(((((((..(---(.((((((((....))))))))))(((((((....)))))))))))))).)))))....((.((((....)))).)). ( -45.60) >DroMoj_CAF1 16839 94 - 1 --UGU-UGUGCAGAUGAUGAUGAUGCAGAUGCGUCUGCGUCUCAGGCUUGAUGUGCAGCUGCUGUUGCAGCAGGAAUGCCGCUGCCGGCGGCGGCGG --...-((..((...(.(((.((((((((....)))))))))))..)....))..))((((((((((((((.((....)))))).)))))))))).. ( -44.70) >DroAna_CAF1 8177 94 - 1 ACUGCUGCUGCAGGUG---AUGAUGGAGGUGGGUCUGCGUUUCGGGCUUGAUGUGCAGCUGUUGCUGCAGCAGAAAAGCGGCUCCGGGUGGUGGAGG .(((((.((((((((.---..((((.(((....))).))))....))))....((((((....))))))))))...)))))(((((.....))))). ( -34.80) >DroPer_CAF1 7728 94 - 1 CCUGCGGCGGCAGGUG---AUGAUGCAGAUGCGUCUGCGUCUCCGGUUUGAUGUGGAGCUGCUGCUGCAGCAGGAACGCAGCGCCUGGCGGUGGUGG (((((.(((((((..(---(.((((((((....))))))))))((((((......))))))))))))).)))))....((.((((....)))).)). ( -45.80) >consensus _CUGCGGCUGCAGGUG___AUGAUGCAGAUGCGUCUGCGUCUCAGGCUUGAUGUGCAGCUGCUGCUGCAGCAGGAACGCGGCUCCCGGCGGUGGAGG .((((..(((((.........((((((((....))))))))..........))))).(((((....)))))......))))((((.......)))). (-22.41 = -22.99 + 0.59)
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